| 查看: 2564 | 回复: 6 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
lammps的minimize会丢失原子 已有3人参与
|
|||
| 今天使用了8月8日的版本运行下面的脚本，出现lost atom 错误。但使用以前 2013 12月的版本却可以运算。然后用count（all，whole）数了一下box中的原子数，发现以前的版本中的原子确实丢了，只是由于没检查，所以可以运行。最新版的要10个步长检查一次守恒条件，所以出错。希望大家在计算的时候注意一下。另外有谁知道lost atoms的原因么？ |
回复此楼» 猜你喜欢
求调剂
已经有3人回复
-
265求调剂
已经有4人回复
-
085700资源与环境308求调剂
已经有6人回复
-
一志愿吉林大学材料学硕321求调剂
已经有12人回复
-
286分人工智能专业请求调剂愿意跨考！
已经有3人回复
-
329求调剂
已经有5人回复
-
申请回稿延期一个月，编辑同意了。但系统上的时间没变，给编辑又写邮件了，没回复
已经有4人回复
-
材料学硕318求调剂
已经有5人回复
-
一志愿中国海洋大学，生物学，301分，求调剂
已经有6人回复
-
081700化工学硕调剂
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- lammps文件原子属性显示问题-atomeye, OVITO, Pymol
已经有7人回复
- 请问lammps初始温度过高的问题
已经有4人回复
- MS生成Lammps的data文件，文件中原子的类型和顺序并不是自己想要的，请问如何修改？
已经有8人回复
- 求助：lammps非周期边界
已经有22人回复
- 【求助】关于LAMMPS建模
已经有9人回复
- 经过MS模型导入到LAMMPS，在运算时出现的错误求助
已经有22人回复
- 请问一步有500百万个原子的lammps构型文件用什么软件可以可视化显示？
已经有8人回复
- lammps实验拉伸Al纳米线的in文件的错误提示好久找不出？
已经有8人回复
- lammps计算中出现原子距离太近现象
已经有11人回复
- lammps中原子固定
已经有4人回复
- lammps 离子液体，离子中相邻隔的挺远的原子成键了，不知什么原因
已经有8人回复
- 关于lammps中的in文件运行时的错误问题查找
已经有10人回复
- LAMMPS 的坐标文件怎么构建呢？不可能一个一个原子的输入吧？
已经有8人回复
- LAMMPS计算无反应，nan
已经有4人回复
- LAMMPS运行结果出现nan
已经有20人回复
- lammps求助：计算含有不同原子体系的热导率的in文件该怎么修改
已经有7人回复
- nvt系综，系统总能量震荡厉害
已经有9人回复
- LAMMPS Error:lost atoms
已经有7人回复
- 【分享】LAMMPS的语法中文解释
已经有137人回复
- 【讨论】想学lammps是否应该先学习C++
已经有28人回复
4楼2014-08-12 11:52:24
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
本帖内容被屏蔽 |
2楼2014-08-12 00:32:48
3楼2014-08-12 06:43:39
|
# Input file for bi-layered crystal, Nickle and Aluminum, relaxed # Tikelia Wright, July 2012 # ------------------------ INITIALIZATION ---------------------- clear units metal dimension 3 boundary p p p atom_style atomic # ----------------------- ATOM DEFINITION ----------------------- lattice fcc 3.79 region upper block 0 9 0 9 0 2.999 lattice fcc 3.79 region lower block 0 9 0 9 3 7 region whole union 2 upper lower create_box 2 whole lattice fcc 3.79 create_atoms 1 region upper lattice fcc 3.79 create_atoms 2 region lower # ------------------------ FORCE FIELDS ----------------------- pair_style eam/alloy pair_coeff * * Mishin-Ni-Al-2009.eam.alloy Ni Al variable x equal count(all,whole) #---------------------------Settings---------------------------- #----------------------Run Minimization------------------------- variable length equal lx reset_timestep 0 fix 1 all box/relax iso 0.0 vmax 0.001 thermo_style custom v_x lx thermo 1 dump 1 all custom 10 test*.txt xs ys zs dump 2 all xyz 10 test*.xyz min_style cg minimize 1e-15 1e-15 5000 5000 # SIMULATION DONE print "All done" |
5楼2014-08-12 13:27:12
