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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps的minimize会丢失原子
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digghost

木虫 (著名写手)

[交流] lammps的minimize会丢失原子 已有3人参与

今天使用了8月8日的版本运行下面的脚本，出现lost atom 错误。但使用以前 2013 12月的版本却可以运算。然后用count（all，whole）数了一下box中的原子数，发现以前的版本中的原子确实丢了，只是由于没检查，所以可以运行。最新版的要10个步长检查一次守恒条件，所以出错。希望大家在计算的时候注意一下。另外有谁知道lost atoms的原因么？
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呵呵了
1楼 2014-08-11 12:26:39
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gulubaozi

银虫 (小有名气)
★
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引用回帖:
5楼: Originally posted by digghost at 2014-08-12 13:27:12
# Input file for bi-layered crystal, Nickle and Aluminum, relaxed
# Tikelia Wright, July 2012

# ------------------------ INITIALIZATION ----------------------
clear
units                 metal
dimension        3
...

可能是minimize 1e-15 1e-15 5000 5000里边的min极限太小所致
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6楼2014-08-13 08:51:49
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huachao90

禁虫 (正式写手)
★
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本帖内容被屏蔽
2楼2014-08-12 00:32:48
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digghost

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by huachao90 at 2014-08-12 00:32:48
要么是初始构型有问题或者是势能参数有问题，导致作用力过大，位移过大lammps会是别为丢失

但是，我使用的是周期性边界条件呀，而且用的是minimize命令。原子出了box，自然就有其他原子进来。另外刚发现只有32位的系统有这个问题。64位的没有
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呵呵了
3楼2014-08-12 06:43:39
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gulubaozi

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
附上相关命令看看
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4楼2014-08-12 11:52:24
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