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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps计算结果xyz文件中每个数字代表的字符长短。
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herarysara

木虫 (小有名气)

[求助] lammps计算结果xyz文件中每个数字代表的字符长短。

lammps计算结果xyz文件，想提出文件中的数据，用c++的文件指针，可是不知道每个数据的字符长短，应该怎么确定，求赐教！
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1楼2012-12-04 19:55:57
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-05 08:13:34
1、lammps是开源软件，你为什么不去看看源程序呢？

2、你为什么不试试用lammps输出那么一小段xyz格式的结果，查看一下呢？
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2楼2012-12-04 22:12:40
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herarysara

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-04 22:12:40
1、lammps是开源软件，你为什么不去看看源程序呢？

2、你为什么不试试用lammps输出那么一小段xyz格式的结果，查看一下呢？

谢谢你的回复，其实我就是想知道他的输出文件每一行所占的字符数，单纯从文件上看到的字节数是不一样的。
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3楼2012-12-05 09:49:33
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herarysara

木虫 (小有名气)
既是从xyz文件中，用fgets命令取走每个坐标如fgets(str,20,from)中间的20指每个坐标的字符长度，我想知道的就是这个数字应该怎么确定。xyz文件每行对应多少个字符。
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4楼2012-12-05 11:47:01
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jiangtao9571

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
herarysara: 金币+5 2012-12-06 17:07:58
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-12-09 14:59:30
我试了一下得到的xyz中数据的格式如下：
ITEM: TIMESTEP
0
ITEM: NUMBER OF ATOMS
10000
ITEM: BOX BOUNDS
0 22.66
0 22.66
0 22.66
ITEM: ATOMS id type xs ys zs
5943 1 0.0583092 0.053962 0.061988
412 1 0.0225291 0.0612129 0.058574
2582 1 0.0497735 0.0260711 0.0323743

这些都是数据，不要把它当成字符啊，这样不存在长短了啊，只要输出用浮点型，保证几位小数就行，我写的小程序供你参考：
struct bankdata
{                                                                        
        int num1;                                                                                                                       
        int num2;                                                       
        double x;
        double y;
        double z;
}data[200000],datastation;

struct boxsize_infomation
{

        double a;
        double b;
}boxsize[3];

void readdata()               
{
        int i=0;
        char line[80];
        printf("Reading atoms.xyz.........\n";
        fgets(line,80,fp1);
        fgets(line,80,fp1); sscanf(line,"%d\n",×tep);
        fgets(line,80,fp1);
        fgets(line,80,fp1); sscanf(line,"%d\n",&atom_tol);
        fgets(line,80,fp1);
        fgets(line,80,fp1); sscanf(line,"%lf %lf\n",&boxsize[0].a,&boxsize[0].b);
        fgets(line,80,fp1); sscanf(line,"%lf %lf\n",&boxsize[1].a,&boxsize[1].b);
        fgets(line,80,fp1); sscanf(line,"%lf %lf\n",&boxsize[2].a,&boxsize[2].b);
        fgets(line,80,fp1);

        printf("step=%d,timestep=%d\n",step,timestep);

        while(i         {
                fgets(line,80,fp1);
                sscanf(line,"%d %d %lf %lf %lf\n",&datastation.num1,&datastation.num2,&datastation.x,&datastation.y,&datastation.z);

                data.num1=datastation.num1;
                data.num2=datastation.num2;
                data.x=datastation.x;
                data.y=datastation.y;
                data.z=datastation.z;
                i++;
        }
}

void writefile()                        
{
                fprintf(fp,"ITEM: TIMESTEP\n";
                fprintf(fp,"%d\n",timestep);
                fprintf(fp,"ITEM: NUMBER OF ATOMS\n";
                fprintf(fp,"%d\n",atom_tol);
                fprintf(fp,"ITEM: BOX BOUNDS\n";
                fprintf(fp,"%g %g\n",boxsize[0].a,boxsize[0].b);
                fprintf(fp,"%g %g\n",boxsize[1].a,boxsize[1].b);
                fprintf(fp,"%g %g\n",boxsize[2].a,boxsize[2].b);
                fprintf(fp,"ITEM: ATOMS id type xs ys zs\n";
               
                for (i=0; i                 {
                        fprintf(fp,"%d %d %lf %lf %lf \n",data.num1,data.num2,data.x,data.y,data.z);
                }
}

这个很详细了哦，仔细看看哦，估计你能看懂，如果不行的话要去补习C++了。
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5楼2012-12-06 16:38:59
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herarysara

木虫 (小有名气)
确实没咋看懂，我是用文件指针形式逐个读取xyz文件中的数据，因为涉及到轨迹文件几十万帧，感觉这样实现不了。不过还是非常感谢你的回复。
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6楼2012-12-06 17:07:34
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jiangtao9571

新虫 (正式写手)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-09 14:59:46
引用回帖:
6楼: Originally posted by herarysara at 2012-12-06 17:07:34
确实没咋看懂，我是用文件指针形式逐个读取xyz文件中的数据，因为涉及到轨迹文件几十万帧，感觉这样实现不了。不过还是非常感谢你的回复。

你看不出来我也是用文件指针形式逐个读取xyz文件中的数据吗？？？  涉及几十万帧  加一个循环即可：
如下：step = timestep/10000；
        step=0;
        while(step<20)
        {
        readdata();
        mol=atom_tol/atom_per;
        writefile();
        }
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7楼2012-12-07 09:56:01
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herarysara

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by jiangtao9571 at 2012-12-07 09:56:01
你看不出来我也是用文件指针形式逐个读取xyz文件中的数据吗？？？  涉及几十万帧  加一个循环即可：
如下：step = timestep/10000；
        step=0;
        while(step<20)
        {
        readdata();
        mol=atom_tol/ato ...

你上面的程序，是有指定选取80个字符吗？如果是，我就是想知道读取这个字符长度该怎样确定。
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8楼2012-12-07 16:54:34
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-09 15:00:01
不知道你的问题解决了没？
xyz文件内，主要就是存储的是原子的坐标信息吧？
如果把xyz轨迹文件导入到VMD，使用命令：
set sel [atomselect top "the atoms you need"]
$sel get {x y z}
就可以读取出你所需要的原子的坐标了
如果只需x坐标，就写成 $sel get {x }
即可
这比自己写那么长的程序简单多了，楼主不妨试试
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9楼2012-12-08 10:25:32
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herarysara

木虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-08 10:25:32
不知道你的问题解决了没？
xyz文件内，主要就是存储的是原子的坐标信息吧？
如果把xyz轨迹文件导入到VMD，使用命令：
set sel
$sel get {x y z}
就可以读取出你所需要的原子的坐标了
如果只需x坐标，就写成  ...

谢谢你的回复，我不是要单纯得到某个原子的坐标数字，我是想以字符串的的形式读取。
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10楼2012-12-09 10:56:50
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