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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps 计算径向分布函数并作图-求助
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Ergon

金虫 (著名写手)

[求助] lammps 计算径向分布函数并作图-求助 已有1人参与

初学lammps，想计算体系的径向分布函数。（其实我是想得到碳材料的无定型结构，但是不知道计算什么可以表征？）

官网上找到的命令为：
compute myRDF all rdf 50
fix 1 all ave/time 100 1 100 c_myRDF file tmp.rdf mode vector


计算时我把上面的命令改成了（其实想看看50 100的含义，官网上是”number of RDF bins “没理解）
compute myRDF all rdf 500
fix 1 all ave/time 1000 1 1000 c_myRDF file tmp.rdf mode vector

计算得到的结果tmp.rdf
直接拖到打开的origin（不太熟悉）中，要选一些东西，点了好几个next后有数据导入
作图后是图上的样子，看着有点像我计算体系的径向分布函数，但是不确定。特此请教。

lammps 计算径向分布函数并作图-求助
径向分布函数求助.png
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huoyin1

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认真生活
1楼 2015-06-01 22:08:03
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Ergon: 金币+20, ★有帮助, 感谢版主，看了好些求助贴都是版主回答的。真心感谢。那我的大概做法是对的吧？ 2015-06-02 15:43:41
compute myRDF all rdf 50
中的数字50表示输出50个数据点，100就表示输出100个点
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2楼2015-06-02 08:13:10
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普通回帖

huoyin1

新虫 (小有名气)
送红花一朵
你得到的纵坐标有没有处理过？我得到的会很大

[ 发自小木虫客户端 ]
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3楼2015-07-22 10:44:25
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Ergon

金虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by huoyin1 at 2015-07-22 10:44:25
你得到的纵坐标有没有处理过？我得到的会很大

没有处理过。还暂时不明白那个命令。用的时候再细看。
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认真生活
4楼2015-07-22 17:33:23
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没落的华丽

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by huoyin1 at 2015-07-22 10:44:25
你得到的纵坐标有没有处理过？我得到的会很大

请问你的数值最终处理归一化了吗。。。我还没得到最终结果趋一的图
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5楼2015-09-26 22:08:11
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11B329

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2015-06-02 08:13:10
compute myRDF all rdf 50
中的数字50表示输出50个数据点，100就表示输出100个点

请问大神，50个数据点在体系里面是怎么分布的？这个值的选择应该如何确定呢?
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往前走吧！
6楼2016-02-20 11:19:46
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匿名

用户注销 (正式写手)

泰坦星球联邦总裁
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7楼2017-07-10 09:11:15
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daipacu2

新虫 (初入文坛)
compute         myRDF all rdf 1000 1 1 cutoff 5
fix             11 all ave/time 100 1 100 c_myRDF[1] c_myRDF[2] c_myRDF[3] file tmp.rdf mode vector
我的理解是 计算1和1的rdf，fix中 每一百步抽样一次，c_myRDF[1] ：表示rdf中的1 1横坐标；c_myRDF[2]：表示rdf 1 1纵坐标 ；c_myRDF[3]：表示半径内的原子个数
取样一般是cutoff/原子的半径，越大越精细
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8楼2019-11-18 22:08:43
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pl978

禁虫 (小有名气)
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9楼2020-01-02 09:50:33
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pl967

禁虫 (小有名气)
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10楼2020-01-03 11:18:03
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