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天空般明朗

金虫 (小有名气)

[求助] 求助如何计算速度自相关函数。已有2人参与

用dump得到了系统原子不同时刻的速度文件，想进一步计算其速度自相关函数，无奈编程能力弱，求助各位虫友，有没有人做过这方面的，求指导。
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人生就是不停的战斗！
1楼2014-07-24 15:21:28
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whl2dxl

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-07-30 16:52:02
Gromacs 中的g_velacc 是否能够满足你的需要？
The program g_velacc calculates the velocity autocorrelation function。。。。
详情请参见Gromacs说明书（manual-4.5.4是P206    8.5.4  ）
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2楼2014-07-27 18:21:46
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
天空般明朗: 金币+5, ★有帮助 2014-07-29 23:33:15
http://lammps.sandia.gov/doc/compute_vacf.html
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3楼2014-07-28 01:13:20
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天空般明朗

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by whl2dxl at 2014-07-27 18:21:46
Gromacs 中的g_velacc 是否能够满足你的需要？
The program g_velacc calculates the velocity autocorrelation function。。。。
详情请参见Gromacs说明书（manual-4.5.4是P206    8.5.4  ）

我用的是LAMMPS。
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人生就是不停的战斗！
4楼2014-07-29 23:25:11
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天空般明朗

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lsloneil at 2014-07-28 01:13:20
http://lammps.sandia.gov/doc/compute_vacf.html

谢谢，我今天一直在看Lammps的用户指导，但水平有限，依然鼓捣不出来。我现在在算一种碳结构的热导，先做了npt，再做了nve，得到重启动文件，再做nve+tc，在做nve+tc的时候添加了“compute         2 all vacf
                                   fix             5 all vector 1 c_2[4]
                                   variable        diff equal dt*trap(f_5)
                                   thermo_style    custom step v_diff ”
用户说明里的这几句话试了一下，结果运行总是出现“invalid compute style”这句话。唉，对速度自相关函数不是很懂，头大了都。
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人生就是不停的战斗！
5楼2014-07-29 23:32:52
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-07-30 16:52:13
引用回帖:
5楼: Originally posted by 天空般明朗 at 2014-07-29 03:32:52
谢谢，我今天一直在看Lammps的用户指导，但水平有限，依然鼓捣不出来。我现在在算一种碳结构的热导，先做了npt，再做了nve，得到重启动文件，再做nve+tc，在做nve+tc的时候添加了“compute         2 all vacf
   ...

我也不清楚是怎么回事，你把fix variable thermo_style那几行从输入文件里先拿掉看有没有问题。只能一点点排查了。
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6楼2014-07-30 12:55:03
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nicoleguozi

铜虫 (正式写手)
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reset_timestep  0
compute         vacf all vacf
thermo          1
thermo_style    custom step c_vacf[1] c_vacf[2] c_vacf[3] c_vacf[4]

可以运行，在log文件中可以找到，对不对我就不知道了
但是后续不会处理了，求大神出现
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7楼2014-08-12 21:46:35
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天空般明朗

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by nicoleguozi at 2014-08-12 21:46:35
分享我的几行
reset_timestep  0
compute         vacf all vacf
thermo          1
thermo_style    custom step c_vacf c_vacf c_vacf c_vacf

可以运行，在log文件中可以找到，对不对我就不知道了
但是后 ...

我的log文件总是出现 ” Invalid compute style (../modify.cpp:857)，看来是LAMMPS的版本太旧？
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人生就是不停的战斗！
8楼2014-08-14 15:36:15
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nicoleguozi

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 天空般明朗 at 2014-08-14 15:36:15
我的log文件总是出现 ” Invalid compute style (../modify.cpp:857)，看来是LAMMPS的版本太旧？...

不是c_vacf,是c_vacf[1] c_vacf[2] c_vacf[3] c_vacf[4]
别的命令输出到文件，输出到log文件不方便处理数据
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9楼2014-08-15 10:40:43
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Materialman

新虫 (初入文坛)
不知楼主的速度关联函数的问题解决没有，小弟最近也遇到了同样的问题，一头雾水，望多多指教啊！！
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10楼2015-03-25 08:37:32
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