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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 求助如何计算速度自相关函数。
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天空般明朗

金虫 (小有名气)

[求助] 求助如何计算速度自相关函数。已有2人参与

用dump得到了系统原子不同时刻的速度文件，想进一步计算其速度自相关函数，无奈编程能力弱，求助各位虫友，有没有人做过这方面的，求指导。
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人生就是不停的战斗！
1楼2014-07-24 15:21:28
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天空般明朗

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by whl2dxl at 2014-07-27 18:21:46
Gromacs 中的g_velacc 是否能够满足你的需要？
The program g_velacc calculates the velocity autocorrelation function。。。。
详情请参见Gromacs说明书（manual-4.5.4是P206    8.5.4  ）

我用的是LAMMPS。
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人生就是不停的战斗！
4楼2014-07-29 23:25:11
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天空般明朗

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lsloneil at 2014-07-28 01:13:20
http://lammps.sandia.gov/doc/compute_vacf.html

谢谢，我今天一直在看Lammps的用户指导，但水平有限，依然鼓捣不出来。我现在在算一种碳结构的热导，先做了npt，再做了nve，得到重启动文件，再做nve+tc，在做nve+tc的时候添加了“compute         2 all vacf
                                   fix             5 all vector 1 c_2[4]
                                   variable        diff equal dt*trap(f_5)
                                   thermo_style    custom step v_diff ”
用户说明里的这几句话试了一下，结果运行总是出现“invalid compute style”这句话。唉，对速度自相关函数不是很懂，头大了都。
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人生就是不停的战斗！
5楼2014-07-29 23:32:52
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天空般明朗

金虫 (小有名气)
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7楼: Originally posted by nicoleguozi at 2014-08-12 21:46:35
分享我的几行
reset_timestep  0
compute         vacf all vacf
thermo          1
thermo_style    custom step c_vacf c_vacf c_vacf c_vacf

可以运行，在log文件中可以找到，对不对我就不知道了
但是后 ...

我的log文件总是出现 ” Invalid compute style (../modify.cpp:857)，看来是LAMMPS的版本太旧？
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人生就是不停的战斗！
8楼2014-08-14 15:36:15
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