应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 请教　径向分布函数（ＲＤＦ）　问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
131/2返回列表12下一页
查看: 5496  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

chawk

木虫 (小有名气)

[求助] 请教　径向分布函数（ＲＤＦ）　问题

本人初学，请大家帮忙分析，先谢过啦。
在分析溶液中高分子链聚集的时候，用到ＲＤＦ（radial distribution functions) g(r)。
g(r)=*V/(4*pi*r**2*N*(N-1)),
其中：s(r)为相距为r的粒子对数，V是体系体积，N为体系总粒子数。
文献中g(r)都是收敛于1，但我怎么算出来都是收敛于0的？
（个觉得，有限体系中，没有两个粒子间距r为无穷大，所以s（无穷）=0，那么，g(无穷)也=0，怎么会是1呢？）
请牛人指点，最好给个文献能够详细说明的。
谢谢！
(不知道我的问题有没有说清楚，怎么没人来呢？)

[ Last edited by chawk on 2012-1-7 at 21:35 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

我学习计算的一些帖子 TOMA'S INDEX 径向分布函数

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
大家说的太好啦！大家齐努力，改造地球啊！俺是农民，俺有把小锄头哦`(~_~)`
1楼 2012-01-07 20:39:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

yorckzhang

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by chawk at 2012-01-10 13:44:06:
非常感谢！
我对ＶＭＤ脚本不懂，看例子我写了个简单的；但是还是有很多问题，脚本代码如下，麻烦你帮我改改，谢谢。
set outfile [open gr.dat w]
# 对 “name 1”的所有原子求RDF
set sel [atomselect top ...

其实不用写脚本，简单的先导入一个xyz文件，然后用图形界面的菜单就能算 extensions --analyse--radial distribution function 我也是只会用这个，呵呵
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

chawk
疾风知劲草，版荡识诚臣。
9楼2012-01-12 15:24:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

shengxiang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chawk(金币+10): ★★★很有帮助 2012-01-08 21:48:53
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2012-01-10 09:18:48
由于对于给定的距离找到原子的几率基本上相 同，所以g(r,r')随着|r-r'|的增大而变得平缓，最后趋向于恒值。通常定义g(r,r')时，归一化的条件为|r-r;|趋向于无穷大 时，g(r,r')趋向于一。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2012-01-08 08:36:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huanghl2010

木虫 (著名写手)
★ ★
chaizhm(金币+2): 谢谢~ 2012-01-09 09:29:52
确定一定会收敛于1.
0肯定不对的
赞一下(1人) 回复此楼
MOFs
3楼2012-01-08 11:40:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yorckzhang

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chawk(金币+10): ★★★很有帮助 2012-01-08 21:53:10
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2012-01-10 09:19:08
chawk(金币+10): ★★★★★最佳答案 2012-01-10 13:45:14
chawk(金币+20): ★★★★★最佳答案 2012-01-13 14:11:57
一般的rdf由于周期性边界条件，只算到盒子尺寸的一半，不知道你是不是算的超过了这个。
赞一下(1人) 回复此楼
疾风知劲草，版荡识诚臣。
4楼2012-01-08 17:36:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chawk

木虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by shengxiang at 2012-01-08 08:36:58:
由于对于给定的距离找到原子的几率基本上相 同，所以g(r,r')随着|r-r'|的增大而变得平缓，最后趋向于恒值。通常定义g(r,r')时，归一化的条件为|r-r;|趋向于无穷大 时，g(r,r')趋向于一。

您好，您能说说如何对g（r-r'）进行归一化么？具体用到哪些公式？或给个比较详细的文献。
赞一下 回复此楼
大家说的太好啦！大家齐努力，改造地球啊！俺是农民，俺有把小锄头哦`(~_~)`
5楼2012-01-08 21:47:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chawk

木虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by yorckzhang at 2012-01-08 17:36:27:
一般的rdf由于周期性边界条件，只算到盒子尺寸的一半，不知道你是不是算的超过了这个。

您好，谢谢！
我用的是周期性边界，按照您说的把计算长度改成边长的一般，还是不行。我想是前面那位说的归一化问题，但是我不知道如何归一化。。。
赞一下 回复此楼
大家说的太好啦！大家齐努力，改造地球啊！俺是农民，俺有把小锄头哦`(~_~)`
6楼2012-01-08 21:52:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yorckzhang

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by chawk at 2012-01-08 21:52:46:
您好，谢谢！
我用的是周期性边界，按照您说的把计算长度改成边长的一般，还是不行。我想是前面那位说的归一化问题，但是我不知道如何归一化。。。

the normalization constant is the average density of the system, i.e. N/V. I don't think it will cause the problem. You can try VMD to calculate the PDF.
赞一下 回复此楼
疾风知劲草，版荡识诚臣。
7楼2012-01-09 23:57:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chawk

木虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by yorckzhang at 2012-01-09 23:57:10:
the normalization constant is the average density of the system, i.e. N/V. I don't think it will cause the problem. You can try VMD to calculate the PDF.

非常感谢！
我对ＶＭＤ脚本不懂，看例子我写了个简单的；但是还是有很多问题，脚本代码如下，麻烦你帮我改改，谢谢。
set outfile [open gr.dat w]
# 对 “name 1”的所有原子求RDF
set sel [atomselect top "name 1"]
# 调用“gofr ”函数计算RDF，好多参数用不来，就都用默认值了
#将计算结果写入文档，但不知道怎么循环及其循环参数
puts $outfile"[measure gofr $sel $sel]"
close $outfile
赞一下 回复此楼
大家说的太好啦！大家齐努力，改造地球啊！俺是农民，俺有把小锄头哦`(~_~)`
8楼2012-01-10 13:44:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chawk

木虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
楼: Originally posted by yorckzhang at 2012-01-12 15:24:25:
其实不用写脚本，简单的先导入一个xyz文件，然后用图形界面的菜单就能算 extensions --analyse--radial distribution function 我也是只会用这个，呵呵

太好啦，真是帮了我的大忙了。
非常感谢！！
赞一下 回复此楼
大家说的太好啦！大家齐努力，改造地球啊！俺是农民，俺有把小锄头哦`(~_~)`
10楼2012-01-13 14:11:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 chawk 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085600材料与化工专硕329 求调剂 +6 额cc 2026-04-06 6/300 2026-04-06 13:30 by cql1109
[考研] 292求调剂 +3 lilllllxccc 2026-04-05 4/200 2026-04-06 10:39 by 蓝云思雨
[考研] 第一志愿东南大学物理313，有科研竞赛获奖经历，希望物理复试调剂 +3 马内橙 2026-04-05 3/150 2026-04-06 10:32 by 蓝云思雨
[考研] 085602调剂 初试总分335 +9 19123253302 2026-04-05 9/450 2026-04-06 06:14 by houyaoxu
[考研] 生物学308分求调剂（一志愿华东师大） +8 相信必会光芒万� 2026-04-05 10/500 2026-04-05 12:19 by Hdyxbekcb
[考研] 男生，一志愿沪9生物学071000，初试308求调剂 +3 刘墨墨 2026-04-04 3/150 2026-04-05 08:26 by barlinike
[考研] 材料调剂 +15 一样YWY 2026-04-01 15/750 2026-04-04 22:23 by hemengdong
[考研] 277工科求调剂 +7 1915668 2026-04-04 7/350 2026-04-04 17:21 by 啊俊！
[考研] 363求调剂 +7 zh096 2026-04-04 7/350 2026-04-04 17:13 by dongzh2009
[考研] 293求调剂 +5 末未mm 2026-04-02 6/300 2026-04-03 15:20 by 王保杰33
[考研] 274求调剂 +9 顺理成张 2026-04-03 10/500 2026-04-03 15:10 by 啊俊！
[考研] 11408，284分，二战真诚求调剂 +4 12.27 2026-04-02 4/200 2026-04-03 14:14 by dxiaoxin
[考研] 0705理学294求调剂 +3 成果成果cg5 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:04 by simons1972
[考研] 330求调剂 +3 白神呜呼呼 2026-04-02 3/150 2026-04-03 10:15 by 蓝云思雨
[考研] 325分化学调剂 +5 15771691647 2026-04-02 5/250 2026-04-03 09:58 by ChemPharm
[考研] 295求调剂 +7 愿旅途永远坦然 2026-04-02 7/350 2026-04-03 08:22 by fangshan711
[考研] 材料340分调剂 +7 夏夜晚风_long 2026-04-02 9/450 2026-04-02 21:20 by dongzh2009
[考研] 310分求调剂 +4 成功上岸wang 2026-04-01 4/200 2026-04-01 20:35 by liu823948201
[考研] 265求调剂 +11 yelck 2026-04-01 12/600 2026-04-01 19:12 by 549790059
[考研] 311求调剂 +10 李芷新1 2026-03-31 10/500 2026-04-01 14:38 by chenqifeng666
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭