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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 请教　径向分布函数（ＲＤＦ）　问题
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chawk

木虫 (小有名气)

[求助] 请教　径向分布函数（ＲＤＦ）　问题

本人初学，请大家帮忙分析，先谢过啦。
在分析溶液中高分子链聚集的时候，用到ＲＤＦ（radial distribution functions) g(r)。
g(r)=*V/(4*pi*r**2*N*(N-1)),
其中：s(r)为相距为r的粒子对数，V是体系体积，N为体系总粒子数。
文献中g(r)都是收敛于1，但我怎么算出来都是收敛于0的？
（个觉得，有限体系中，没有两个粒子间距r为无穷大，所以s（无穷）=0，那么，g(无穷)也=0，怎么会是1呢？）
请牛人指点，最好给个文献能够详细说明的。
谢谢！
(不知道我的问题有没有说清楚，怎么没人来呢？)

[ Last edited by chawk on 2012-1-7 at 21:35 ]
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大家说的太好啦！大家齐努力，改造地球啊！俺是农民，俺有把小锄头哦`(~_~)`
1楼2012-01-07 20:39:44
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yorckzhang

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by chawk at 2012-01-10 13:44:06:
非常感谢！
我对ＶＭＤ脚本不懂，看例子我写了个简单的；但是还是有很多问题，脚本代码如下，麻烦你帮我改改，谢谢。
set outfile [open gr.dat w]
# 对 “name 1”的所有原子求RDF
set sel [atomselect top ...

其实不用写脚本，简单的先导入一个xyz文件，然后用图形界面的菜单就能算 extensions --analyse--radial distribution function 我也是只会用这个，呵呵
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chawk
疾风知劲草，版荡识诚臣。
9楼2012-01-12 15:24:25
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shengxiang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chawk(金币+10): ★★★很有帮助 2012-01-08 21:48:53
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2012-01-10 09:18:48
由于对于给定的距离找到原子的几率基本上相 同，所以g(r,r')随着|r-r'|的增大而变得平缓，最后趋向于恒值。通常定义g(r,r')时，归一化的条件为|r-r;|趋向于无穷大 时，g(r,r')趋向于一。
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2楼2012-01-08 08:36:58
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huanghl2010

木虫 (著名写手)
★ ★
chaizhm(金币+2): 谢谢~ 2012-01-09 09:29:52
确定一定会收敛于1.
0肯定不对的
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MOFs
3楼2012-01-08 11:40:51
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yorckzhang

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chawk(金币+10): ★★★很有帮助 2012-01-08 21:53:10
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2012-01-10 09:19:08
chawk(金币+10): ★★★★★最佳答案 2012-01-10 13:45:14
chawk(金币+20): ★★★★★最佳答案 2012-01-13 14:11:57
一般的rdf由于周期性边界条件，只算到盒子尺寸的一半，不知道你是不是算的超过了这个。
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疾风知劲草，版荡识诚臣。
4楼2012-01-08 17:36:27
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chawk

木虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by shengxiang at 2012-01-08 08:36:58:
由于对于给定的距离找到原子的几率基本上相 同，所以g(r,r')随着|r-r'|的增大而变得平缓，最后趋向于恒值。通常定义g(r,r')时，归一化的条件为|r-r;|趋向于无穷大 时，g(r,r')趋向于一。

您好，您能说说如何对g（r-r'）进行归一化么？具体用到哪些公式？或给个比较详细的文献。
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5楼2012-01-08 21:47:53
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chawk

木虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by yorckzhang at 2012-01-08 17:36:27:
一般的rdf由于周期性边界条件，只算到盒子尺寸的一半，不知道你是不是算的超过了这个。

您好，谢谢！
我用的是周期性边界，按照您说的把计算长度改成边长的一般，还是不行。我想是前面那位说的归一化问题，但是我不知道如何归一化。。。
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6楼2012-01-08 21:52:46
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yorckzhang

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by chawk at 2012-01-08 21:52:46:
您好，谢谢！
我用的是周期性边界，按照您说的把计算长度改成边长的一般，还是不行。我想是前面那位说的归一化问题，但是我不知道如何归一化。。。

the normalization constant is the average density of the system, i.e. N/V. I don't think it will cause the problem. You can try VMD to calculate the PDF.
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疾风知劲草，版荡识诚臣。
7楼2012-01-09 23:57:10
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chawk

木虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by yorckzhang at 2012-01-09 23:57:10:
the normalization constant is the average density of the system, i.e. N/V. I don't think it will cause the problem. You can try VMD to calculate the PDF.

非常感谢！
我对ＶＭＤ脚本不懂，看例子我写了个简单的；但是还是有很多问题，脚本代码如下，麻烦你帮我改改，谢谢。
set outfile [open gr.dat w]
# 对 “name 1”的所有原子求RDF
set sel [atomselect top "name 1"]
# 调用“gofr ”函数计算RDF，好多参数用不来，就都用默认值了
#将计算结果写入文档，但不知道怎么循环及其循环参数
puts $outfile"[measure gofr $sel $sel]"
close $outfile
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大家说的太好啦！大家齐努力，改造地球啊！俺是农民，俺有把小锄头哦`(~_~)`
8楼2012-01-10 13:44:06
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chawk

木虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
楼: Originally posted by yorckzhang at 2012-01-12 15:24:25:
其实不用写脚本，简单的先导入一个xyz文件，然后用图形界面的菜单就能算 extensions --analyse--radial distribution function 我也是只会用这个，呵呵

太好啦，真是帮了我的大忙了。
非常感谢！！
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大家说的太好啦！大家齐努力，改造地球啊！俺是农民，俺有把小锄头哦`(~_~)`
10楼2012-01-13 14:11:34
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