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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【已求助成功】如何从radial distribution function得到各层配位数
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wjqhp

木虫 (正式写手)

[交流] 【已求助成功】如何从radial distribution function得到各层配位数 已有6人参与

求助：想从RDF得到各层配位数。
困难：RDF图从Forcite里面的radial distribution function已经 得到。cluster模型为309个原子的icosahedron. 请教大家如何得到原子周围的配位数？我不会分析这个RDF. 为什么只是得到一张图和表格数据，而没有所谓的函数呢？似乎通过函数积分可以计算，但从图和数据表出发也得不到函数。

期待大家帮助了，谢谢；

模型数据图片和RDF数据：
http://cid-da311af543e0273b.office.live.com/browse.aspx/.Public

[ Last edited by zzy870720z on 2010-7-1 at 08:15 ]
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1楼 2010-06-29 12:09:23
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
gavinliu7390(金币+2):谢谢交流！ 2010-06-29 15:15:33
xiaohunhun(金币+1):谢谢 2010-06-29 15:30:10
wjqhp(金币+2):希望能继续给点指导，很多人说积分，问题是俺不知道怎么积分法。 2010-06-30 08:43:25
如果是多元体系，要得到组元a附近的B的话，就要算偏rdf。如果只是要得到某个原子周围的总配位数，将RDF对距离积分即可。
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2楼2010-06-29 14:37:26
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wjqhp

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by wuchenwf at 2010-06-29 14:37:26:
如果是多元体系，要得到组元a附近的B的话，就要算偏rdf。如果只是要得到某个原子周围的总配位数，将RDF对距离积分即可。

似乎看到了解决问题的希望，谢谢你的回复。

您能下载我附的文件吗？我做的是单组分，Au 的cluster，形状为icosahedron.得到的RDF以导出为txt文件。我的问题就是不会利用这些数据进行积分。我想通过这个RDF得到Au 原子第一、第二近邻层的原子数目。
希望大侠指点，谢谢
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3楼2010-06-30 04:06:43
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
★
lvjian8596(金币+1):感谢交流！ 2010-06-30 19:35:22
引用回帖:
Originally posted by wjqhp at 2010-06-30 04:06:43:

似乎看到了解决问题的希望，谢谢你的回复。

您能下载我附的文件吗？我做的是单组分，Au 的cluster，形状为icosahedron.得到的RDF以导出为txt文件。我的问题就是不会利用这些数据进行积分。我想通过这个RDF得 ...

积分是思想、理论。但是实际上的处理方法是，给定一个截断半径，然后数这个半径内原子的个数，就叫在这个半径范围内的积分了
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4楼2010-06-30 18:00:42
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wjqhp

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by wuchenwf at 2010-06-30 18:00:42:

积分是思想、理论。但是实际上的处理方法是，给定一个截断半径，然后数这个半径内原子的个数，就叫在这个半径范围内的积分了

您是说在RDF图上数截断半径内的原子个数吗？我也不会数啊。能否具体指点一下？谢谢了
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5楼2010-06-30 21:18:47
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guojialin
wjqhp(金币+1): 2010-07-01 05:54:34
6楼2010-06-30 22:22:05
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wjqhp

木虫 (正式写手)

问题已解决

★ ★
cenwanglai(金币+2):谢谢分享.希望求助贴成功后,都能总结分享. 2010-07-01 08:05:41
感谢各位的讨论，金币持续发放中。

解决方案如下：

1. 重新认识由Forcite analysis 得到的radial distribution function
本以为得到的RDF需要使用(N/V)*g(r)*4Pi*r^2*dr进行积分，一直没有得到正确结果。
实际上发现g(r)*4Pi*r^2*dr对（0，Rmax)积分结果为1. 这个定义在我看来，是MS的错误，只要能解决问题就行，我也不议论这些了。
2. 利用N*g(r)*4Pi*r^2*dr对.std数据表中所有数据加和，采用bin size=dr；就得到径向分布各层的配位数；
3. 壳层的定义
壳层的定义具有一定的主观性，要根据自己的需要来定义“哪些相邻的配位数是否属于同一层“。
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星空0206
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7楼2010-07-01 06:14:05
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jwucn

至尊木虫 (文坛精英)
学习了。
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8楼2010-07-01 08:02:04
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wanna_get

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by wjqhp at 2010-07-01 06:14:05
感谢各位的讨论，金币持续发放中。

解决方案如下：

1. 重新认识由Forcite analysis 得到的radial distribution function
本以为得到的RDF需要使用(N/V)*g(r)*4Pi*r^2*dr进行积分，一直没有得到正确结果。
实 ...

您好，在ms中得出r和g（r）后，计算配位数这部分看的不是很明白，其中数据加和及后面的bin size指的是什么呢？望能指点一二
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9楼2018-05-27 20:33:22
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星空0206

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by wjqhp at 2010-07-01 06:14:05
感谢各位的讨论，金币持续发放中。

解决方案如下：

1. 重新认识由Forcite analysis 得到的radial distribution function
本以为得到的RDF需要使用(N/V)*g(r)*4Pi*r^2*dr进行积分，一直没有得到正确结果。
实 ...

请问bin size=dr 是什么意思？怎么操作。感谢。
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10楼2020-01-07 09:53:48
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