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wjqhp

木虫 (正式写手)

[交流] 【已求助成功】如何从radial distribution function得到各层配位数 已有6人参与

求助:想从RDF得到各层配位数。
困难:RDF图从Forcite里面的radial distribution function已经 得到。cluster模型为309个原子的icosahedron. 请教大家如何得到原子周围的配位数?我不会分析这个RDF. 为什么只是得到一张图和表格数据,而没有所谓的函数呢?似乎通过函数积分可以计算,但从图和数据表出发也得不到函数。

期待大家帮助了,谢谢;

模型数据图片和RDF数据:
http://cid-da311af543e0273b.office.live.com/browse.aspx/.Public

[ Last edited by zzy870720z on 2010-7-1 at 08:15 ]
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wjqhp

木虫 (正式写手)

问题已解决

★ ★
cenwanglai(金币+2):谢谢分享.希望求助贴成功后,都能总结分享. 2010-07-01 08:05:41
感谢各位的讨论,金币持续发放中。

解决方案如下:

1. 重新认识由Forcite analysis 得到的radial distribution function
本以为得到的RDF需要使用(N/V)*g(r)*4Pi*r^2*dr进行积分,一直没有得到正确结果。
实际上发现g(r)*4Pi*r^2*dr对(0,Rmax)积分结果为1. 这个定义在我看来,是MS的错误,只要能解决问题就行,我也不议论这些了。
2. 利用N*g(r)*4Pi*r^2*dr对.std数据表中所有数据加和,采用bin size=dr;就得到径向分布各层的配位数;
3. 壳层的定义
壳层的定义具有一定的主观性,要根据自己的需要来定义“哪些相邻的配位数是否属于同一层“。

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7楼2010-07-01 06:14:05
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查看全部 10 个回答

wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
gavinliu7390(金币+2):谢谢交流! 2010-06-29 15:15:33
xiaohunhun(金币+1):谢谢 2010-06-29 15:30:10
wjqhp(金币+2):希望能继续给点指导,很多人说积分,问题是俺不知道怎么积分法。 2010-06-30 08:43:25
如果是多元体系,要得到组元a附近的B的话,就要算偏rdf。如果只是要得到某个原子周围的总配位数,将RDF对距离积分即可。
2楼2010-06-29 14:37:26
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wjqhp

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by wuchenwf at 2010-06-29 14:37:26:
如果是多元体系,要得到组元a附近的B的话,就要算偏rdf。如果只是要得到某个原子周围的总配位数,将RDF对距离积分即可。

似乎看到了解决问题的希望,谢谢你的回复。

您能下载我附的文件吗?我做的是单组分,Au 的cluster,形状为icosahedron.得到的RDF以导出为txt文件。我的问题就是不会利用这些数据进行积分。我想通过这个RDF得到Au 原子第一、第二近邻层的原子数目。
希望大侠指点,谢谢
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3楼2010-06-30 04:06:43
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)


lvjian8596(金币+1):感谢交流! 2010-06-30 19:35:22
引用回帖:
Originally posted by wjqhp at 2010-06-30 04:06:43:

似乎看到了解决问题的希望,谢谢你的回复。

您能下载我附的文件吗?我做的是单组分,Au 的cluster,形状为icosahedron.得到的RDF以导出为txt文件。我的问题就是不会利用这些数据进行积分。我想通过这个RDF得 ...

积分是思想、理论。但是实际上的处理方法是,给定一个截断半径,然后数这个半径内原子的个数,就叫在这个半径范围内的积分了
4楼2010-06-30 18:00:42
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