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zhang_jaj

木虫 (正式写手)

[交流] vmd-做径向分布函数 已有4人参与

各位大牛,知道怎么用vmd做hcp结构的对关联函数吗?我按照默认的基矢建立unit,就没法计算rdf,如果把角度设置成90,90,90可以计算但是出来没有东西啊?我想知道这个vmd计算rdf必须是要正交坐标系吗?那我把hcp单胞的体积算出来,转换成正交的,为什么算不出东西呢?
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匿名

用户注销 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流,貌似VMD可以算 2012-07-11 07:49:46
本帖仅楼主可见
2楼2012-07-11 00:34:10
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

issp-hao

银虫 (正式写手)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-07-11 08:46:45
可以参考分子动力学模拟艺术上的程序(art of .........),自己改改也能算出来
3楼2012-07-11 08:36:28
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 小蜗牛8728 at 2012-07-11 00:34:10
vmd可以算么?
我知道ambertools的ptraj工具可以处理,很方便。前提是你的trajectory文件符合它要求的格式。
如果不行的话,自己写一个程序算rdf也还是很方便的。

谢谢啊,vmd的可以算,ms的两个模块也可以算。就是vmd的好像只能算正交坐标的
4楼2012-07-11 23:41:25
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by issp-hao at 2012-07-11 08:36:28
可以参考分子动力学模拟艺术上的程序(art of .........),自己改改也能算出来

其实就是懒得自己去改或者编程序,感觉实在没精力整
5楼2012-07-11 23:41:51
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zc081044

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小蜗牛8728 at 2012-07-11 00:34:10
vmd可以算么?
我知道ambertools的ptraj工具可以处理,很方便。前提是你的trajectory文件符合它要求的格式。
如果不行的话,自己写一个程序算rdf也还是很方便的。

你好。我遇到了这个问题,我的盒子,三个方向是非正交的,现在只有轨迹文件,我想计算rdf,麻烦你发一个anber的轨迹文件给我,我照着它的格式修改一下。谢谢

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
6楼2014-05-25 14:56:44
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小龙也123

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小蜗牛8728 at 2012-07-11 00:34:10
vmd可以算么?
我知道ambertools的ptraj工具可以处理,很方便。前提是你的trajectory文件符合它要求的格式。
如果不行的话,自己写一个程序算rdf也还是很方便的。

请教如何写程序 能给个例子么 谢谢
7楼2014-11-12 11:01:54
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