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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » vmd-做径向分布函数
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)

[交流] vmd-做径向分布函数 已有4人参与

各位大牛，知道怎么用vmd做hcp结构的对关联函数吗？我按照默认的基矢建立unit，就没法计算rdf，如果把角度设置成90,90,90可以计算但是出来没有东西啊?我想知道这个vmd计算rdf必须是要正交坐标系吗？那我把hcp单胞的体积算出来，转换成正交的，为什么算不出东西呢？
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1楼 2012-07-10 20:52:17
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匿名

用户注销 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流，貌似VMD可以算 2012-07-11 07:49:46
本帖仅楼主可见
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2楼2012-07-11 00:34:10
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issp-hao

银虫 (正式写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-07-11 08:46:45
可以参考分子动力学模拟艺术上的程序（art of .........)，自己改改也能算出来
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3楼2012-07-11 08:36:28
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小蜗牛8728 at 2012-07-11 00:34:10
vmd可以算么？
我知道ambertools的ptraj工具可以处理，很方便。前提是你的trajectory文件符合它要求的格式。
如果不行的话，自己写一个程序算rdf也还是很方便的。

谢谢啊，vmd的可以算，ms的两个模块也可以算。就是vmd的好像只能算正交坐标的
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4楼2012-07-11 23:41:25
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by issp-hao at 2012-07-11 08:36:28
可以参考分子动力学模拟艺术上的程序（art of .........)，自己改改也能算出来

其实就是懒得自己去改或者编程序，感觉实在没精力整
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5楼2012-07-11 23:41:51
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zc081044

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小蜗牛8728 at 2012-07-11 00:34:10
vmd可以算么？
我知道ambertools的ptraj工具可以处理，很方便。前提是你的trajectory文件符合它要求的格式。
如果不行的话，自己写一个程序算rdf也还是很方便的。

你好。我遇到了这个问题，我的盒子，三个方向是非正交的，现在只有轨迹文件，我想计算rdf,麻烦你发一个anber的轨迹文件给我，我照着它的格式修改一下。谢谢

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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6楼2014-05-25 14:56:44
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小龙也123

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小蜗牛8728 at 2012-07-11 00:34:10
vmd可以算么？
我知道ambertools的ptraj工具可以处理，很方便。前提是你的trajectory文件符合它要求的格式。
如果不行的话，自己写一个程序算rdf也还是很方便的。

请教如何写程序 能给个例子么 谢谢
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7楼2014-11-12 11:01:54
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