应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » vmd-做径向分布函数
71/1返回列表
查看: 5763  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

zhang_jaj

木虫 (正式写手)

[交流] vmd-做径向分布函数 已有4人参与

各位大牛，知道怎么用vmd做hcp结构的对关联函数吗？我按照默认的基矢建立unit，就没法计算rdf，如果把角度设置成90,90,90可以计算但是出来没有东西啊?我想知道这个vmd计算rdf必须是要正交坐标系吗？那我把hcp单胞的体积算出来，转换成正交的，为什么算不出东西呢？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-07-10 20:52:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流，貌似VMD可以算 2012-07-11 07:49:46
本帖仅楼主可见
赞一下
2楼2012-07-11 00:34:10
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

issp-hao

银虫 (正式写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-07-11 08:46:45
可以参考分子动力学模拟艺术上的程序（art of .........)，自己改改也能算出来
赞一下 回复此楼
3楼2012-07-11 08:36:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhang_jaj

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小蜗牛8728 at 2012-07-11 00:34:10
vmd可以算么？
我知道ambertools的ptraj工具可以处理，很方便。前提是你的trajectory文件符合它要求的格式。
如果不行的话，自己写一个程序算rdf也还是很方便的。

谢谢啊，vmd的可以算，ms的两个模块也可以算。就是vmd的好像只能算正交坐标的
赞一下 回复此楼
4楼2012-07-11 23:41:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhang_jaj

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by issp-hao at 2012-07-11 08:36:28
可以参考分子动力学模拟艺术上的程序（art of .........)，自己改改也能算出来

其实就是懒得自己去改或者编程序，感觉实在没精力整
赞一下 回复此楼
5楼2012-07-11 23:41:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zc081044

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小蜗牛8728 at 2012-07-11 00:34:10
vmd可以算么？
我知道ambertools的ptraj工具可以处理，很方便。前提是你的trajectory文件符合它要求的格式。
如果不行的话，自己写一个程序算rdf也还是很方便的。

你好。我遇到了这个问题，我的盒子，三个方向是非正交的，现在只有轨迹文件，我想计算rdf,麻烦你发一个anber的轨迹文件给我，我照着它的格式修改一下。谢谢

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
6楼2014-05-25 14:56:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小龙也123

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小蜗牛8728 at 2012-07-11 00:34:10
vmd可以算么？
我知道ambertools的ptraj工具可以处理，很方便。前提是你的trajectory文件符合它要求的格式。
如果不行的话，自己写一个程序算rdf也还是很方便的。

请教如何写程序 能给个例子么 谢谢
赞一下 回复此楼
7楼2014-11-12 11:01:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhang_jaj 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 6/300 2026-09-15 15:02 by CgyNCDVNhGVg
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 6/300 2026-09-15 14:38 by VMDqgnlKimtZ
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-15 14:34 by VMDqgnlKimtZ
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-15 14:14 by VMDqgnlKimtZ
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 23jxep3nCNZb 2026-09-14 3/150 2026-09-15 09:38 by VMDqgnlKimtZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-15 08:02 by C79jjtjAKjEn
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-15 07:50 by C79jjtjAKjEn
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 6/300 2026-09-15 07:38 by C79jjtjAKjEn
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-15 07:26 by C79jjtjAKjEn
[公派出国] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-15 07:14 by C79jjtjAKjEn
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 5/250 2026-09-15 06:49 by 5BDX0d0WFp7t
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-15 06:01 by 5BDX0d0WFp7t
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +6 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 7/350 2026-09-15 05:22 by 5BDX0d0WFp7t
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 23jxep3nCNZb 2026-09-14 3/150 2026-09-15 01:21 by mibUvS8DDCwf
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:25 by vZfe6xYu34yj
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-14 21:37 by vZfe6xYu34yj
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-14 17:48 by Aj1rhIDL5ixY
[基金申请] 求教各位大神：2026教育部人文社科青年基金项目何时公示呀？ +5 云宴山人 2026-09-10 7/350 2026-09-14 12:11 by ecnu2013
[找工作] 浙江师范大学是怎么坑我的 +6 recruit123 2026-09-09 6/300 2026-09-14 12:00 by 萨仁其其格
[考博] 27秋季材料博士申请求助 10+3 Cahal1 2026-09-11 4/200 2026-09-14 08:50 by 北京莱茵编辑
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭