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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请问如何利用VMD选择氧原子
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njut

新虫 (小有名气)

[求助] 请问如何利用VMD选择氧原子 已有2人参与

问题是这样的，我将模拟的结果导入了VMD中，图中所示，上面是大量水分子（含O原子和H原子），下面基质是白云母（同样含O原子和H原子）。问题是我只想分析water的O和H的径向分布函数，该怎么选取使得water-O是一个集合儿water-H是另外一个集合呢？
我是用选择命令时，程序貌似不能自己认出water
ps：大家知道我这个体系下怎么利用VMD分析atomic density 分布么？或者利用什么软件可以分析atomic density 分布
感激不尽~

3333333.gif

[ Last edited by njut on 2012-11-10 at 12:40 ]
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努力学，抓紧毕业
1楼 2012-11-09 16:58:20
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luxujie3

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-11-12 21:01:33
njut: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-11-12 21:09:25
通过type类型选择来选中你想要的原子，而这个type是你些data输入文件的时候的原子分类是一样的。如果不行你可以自己编个fortran程序来算的。反正我是自己编的，还没有用过VMD或是其它软件来算的。
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2楼2012-11-12 14:29:26
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
njut: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-11-12 21:09:31
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-12 22:01:04
你导入到VMD的文件格式是什么样的？
你知不知道 name type  resname segname 等信息的意思吗？
如果你导入VMD的文件中含有这些信息的话，就很容易选择了。
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3楼2012-11-12 21:04:16
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njut

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by luxujie3 at 2012-11-12 14:29:26
通过type类型选择来选中你想要的原子，而这个type是你些data输入文件的时候的原子分类是一样的。如果不行你可以自己编个fortran程序来算的。反正我是自己编的，还没有用过VMD或是其它软件来算的。

你好~


我输入的是xyz文件，里面只有坐标，我估计就是这个原因。请问你联系方式是？邮件有么，我想问问xtd文件怎么做原子密度图
谢谢啦~
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努力学，抓紧毕业
4楼2012-11-12 21:09:11
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njut

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-11-12 21:04:16
你导入到VMD的文件格式是什么样的？
你知不知道 name type  resname segname 等信息的意思吗？
如果你导入VMD的文件中含有这些信息的话，就很容易选择了。

我导入的只是xyz文件~我就是想分析ms计算出来的原子密度图，听说vmd可以分析，但是我发现在vmd里面没有选择特定的原子这应该和我输出的只是xyz坐标有关，请问版主还有其他方法直接在ms里求径向原子或者平面原子密度图么
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努力学，抓紧毕业
5楼2012-11-12 21:11:04
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by njut at 2012-11-12 21:11:04
我导入的只是xyz文件~我就是想分析ms计算出来的原子密度图，听说vmd可以分析，但是我发现在vmd里面没有选择特定的原子这应该和我输出的只是xyz坐标有关，请问版主还有其他方法直接在ms里求径向原子或者平面原子密度 ...

抱歉，我只会用MS 建模，没有做过别的分析。
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6楼2012-11-12 22:01:57
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njut

新虫 (小有名气)
内容已删除
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7楼2012-11-13 10:07:20
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-13 11:46:03
引用回帖:
7楼: Originally posted by njut at 2012-11-13 10:07:20
哦 好吧  那MS中做原子密度图估计只有perl或者btcl编程语言了。。。这个还真心不会，版主这方面清楚不？...

perl 和tcl都很好懂，和matlab 语言差不多
你在论坛里搜索一下，tcl脚本的介绍挺多的。
还有，如果你知道你需要分析的氧原子的序号，也可以用VMD选择出来。在vmd中原子序号是比如：
set  Owater [atomselect top "serial 1 2 3 8 9 12 5223 233 "]
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8楼2012-11-13 10:25:57
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njut

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-11-13 10:25:57
perl 和tcl都很好懂，和matlab 语言差不多
你在论坛里搜索一下，tcl脚本的介绍挺多的。
还有，如果你知道你需要分析的氧原子的序号，也可以用VMD选择出来。在vmd中原子序号是比如：
set  Owater ...

主要是我输出文件只有坐标，看样我要自己写了，但是不太好做到
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努力学，抓紧毕业
9楼2012-11-13 17:11:40
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luxujie3

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-14 19:43:20
我想问下你是使用什么软件模拟的结果呀，是动力学模拟的吧是MC还是经典动力学。好像他们的模拟结果都是轨迹文件即所有原子在不同时间点的坐标，通过这个坐标文件可以使用程序计算出径向分布函数的，不过要计算这个函数先的明白这个函数的基本公式，而fortran又是转化数学公式的最好的最简单的计算机语言。所以建议楼主编个程序，在分子模拟论坛里面应该有径向分布函数rdf的程序例子，你不妨去搜下。
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10楼2012-11-14 18:59:56
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