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njut

新虫 (小有名气)

引用回帖:
10楼: Originally posted by luxujie3 at 2012-11-14 18:59:56
我想问下你是使用什么软件模拟的结果呀,是动力学模拟的吧是MC还是经典动力学。好像他们的模拟结果都是轨迹文件即所有原子在不同时间点的坐标,通过这个坐标文件可以使用程序计算出径向分布函数的,不过要计算这个函 ...

好吧  我其实最想做density profile
努力学,抓紧毕业
11楼2012-11-20 13:20:12
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无饿不做

金虫 (小有名气)

mark,以后可能会用到LZ的软件。
一切向前看
12楼2014-02-14 19:07:06
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孟广昊

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-02-23 20:18:00
你可以用*.gro文件,之前就将水分子中的H和O以及白云母中的H和O分开表示,在力场中相应的定义好。计算完成后用VMD打开生成的*.gro文件,有个带represent还是representive的选项中可以只显示你想要的原子。
13楼2014-02-23 19:25:50
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zc081044

新虫 (初入文坛)

月只蓝: 应助指数-1, 非应助回帖 2014-05-16 19:14:22
你好,我遇到了这个问题。和你说的一样。矿物和水的界面,只想求水中o原子的rdf,应该怎么做。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
14楼2014-04-08 21:07:34
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zc081044

新虫 (初入文坛)

月只蓝: 应助指数-1, 非应助回帖 2014-05-16 19:14:31
引用回帖:
2楼: Originally posted by luxujie3 at 2012-11-12 14:29:26
通过type类型选择来选中你想要的原子,而这个type是你些data输入文件的时候的原子分类是一样的。如果不行你可以自己编个fortran程序来算的。反正我是自己编的,还没有用过VMD或是其它软件来算的。

你好,请问对于非正交的体系,通过轨迹文件如何求rdf. 谢谢

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
15楼2014-05-09 15:18:58
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杨一Yjy

木虫 (初入文坛)

您好!请问您这个问题解决了吗?我现在遇到相类似的问题,将.xyz文件导入后想选择其中的水分子,不知道该怎么办。
16楼2014-11-02 09:34:07
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17楼2021-11-03 15:46:22
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18楼2021-11-03 15:46:47
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19楼2021-11-03 17:06:23
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kt_flash

铜虫 (初入文坛)

利用vmd中的tk脚本选择,这个是最简单的操作了,看看手册就行了。set  sel [atomselect top "name OH2"]
20楼2022-02-28 16:49:22
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