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njut

新虫 (小有名气)

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10楼: Originally posted by luxujie3 at 2012-11-14 18:59:56
我想问下你是使用什么软件模拟的结果呀，是动力学模拟的吧是MC还是经典动力学。好像他们的模拟结果都是轨迹文件即所有原子在不同时间点的坐标，通过这个坐标文件可以使用程序计算出径向分布函数的，不过要计算这个函 ...

好吧我其实最想做density profile

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努力学，抓紧毕业

11楼2012-11-20 13:20:12

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无饿不做

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mark，以后可能会用到LZ的软件。

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一切向前看

12楼2014-02-14 19:07:06

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孟广昊

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【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-02-23 20:18:00

你可以用*.gro文件，之前就将水分子中的H和O以及白云母中的H和O分开表示，在力场中相应的定义好。计算完成后用VMD打开生成的*.gro文件，有个带represent还是representive的选项中可以只显示你想要的原子。

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13楼2014-02-23 19:25:50

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zc081044

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月只蓝: 应助指数-1, 非应助回帖 2014-05-16 19:14:22

你好，我遇到了这个问题。和你说的一样。矿物和水的界面，只想求水中o原子的rdf，应该怎么做。

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14楼2014-04-08 21:07:34

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zc081044

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月只蓝: 应助指数-1, 非应助回帖 2014-05-16 19:14:31

引用回帖:

2楼: Originally posted by luxujie3 at 2012-11-12 14:29:26
通过type类型选择来选中你想要的原子，而这个type是你些data输入文件的时候的原子分类是一样的。如果不行你可以自己编个fortran程序来算的。反正我是自己编的，还没有用过VMD或是其它软件来算的。

你好，请问对于非正交的体系，通过轨迹文件如何求rdf. 谢谢

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15楼2014-05-09 15:18:58

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