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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请问如何利用VMD选择氧原子
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njut

新虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by luxujie3 at 2012-11-14 18:59:56
我想问下你是使用什么软件模拟的结果呀，是动力学模拟的吧是MC还是经典动力学。好像他们的模拟结果都是轨迹文件即所有原子在不同时间点的坐标，通过这个坐标文件可以使用程序计算出径向分布函数的，不过要计算这个函 ...

好吧  我其实最想做density profile
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努力学，抓紧毕业
11楼2012-11-20 13:20:12
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无饿不做

金虫 (小有名气)
mark，以后可能会用到LZ的软件。
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一切向前看
12楼2014-02-14 19:07:06
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孟广昊

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-02-23 20:18:00
你可以用*.gro文件，之前就将水分子中的H和O以及白云母中的H和O分开表示，在力场中相应的定义好。计算完成后用VMD打开生成的*.gro文件，有个带represent还是representive的选项中可以只显示你想要的原子。
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13楼2014-02-23 19:25:50
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zc081044

新虫 (初入文坛)
月只蓝: 应助指数-1, 非应助回帖 2014-05-16 19:14:22
你好，我遇到了这个问题。和你说的一样。矿物和水的界面，只想求水中o原子的rdf，应该怎么做。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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14楼2014-04-08 21:07:34
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zc081044

新虫 (初入文坛)
月只蓝: 应助指数-1, 非应助回帖 2014-05-16 19:14:31
引用回帖:
2楼: Originally posted by luxujie3 at 2012-11-12 14:29:26
通过type类型选择来选中你想要的原子，而这个type是你些data输入文件的时候的原子分类是一样的。如果不行你可以自己编个fortran程序来算的。反正我是自己编的，还没有用过VMD或是其它软件来算的。

你好，请问对于非正交的体系，通过轨迹文件如何求rdf. 谢谢

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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15楼2014-05-09 15:18:58
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杨一Yjy

木虫 (初入文坛)
您好！请问您这个问题解决了吗？我现在遇到相类似的问题，将.xyz文件导入后想选择其中的水分子，不知道该怎么办。
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16楼2014-11-02 09:34:07
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搬砖的狗子

禁虫
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17楼2021-11-03 15:46:22
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搬砖的狗子

禁虫
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18楼2021-11-03 15:46:47
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搬砖的狗子

禁虫
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19楼2021-11-03 17:06:23
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kt_flash

铜虫 (初入文坛)
利用vmd中的tk脚本选择，这个是最简单的操作了，看看手册就行了。set  sel [atomselect top "name OH2"]
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20楼2022-02-28 16:49:22
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