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njut

新虫 (小有名气)

[求助] 请问如何利用VMD选择氧原子 已有2人参与

问题是这样的,我将模拟的结果导入了VMD中,图中所示,上面是大量水分子(含O原子和H原子),下面基质是白云母(同样含O原子和H原子)。问题是我只想分析water的O和H的径向分布函数,该怎么选取使得water-O是一个集合儿water-H是另外一个集合呢?
我是用选择命令时,程序貌似不能自己认出water
ps:大家知道我这个体系下怎么利用VMD分析atomic density 分布么?或者利用什么软件可以分析atomic density 分布
感激不尽~

3333333.gif

[ Last edited by njut on 2012-11-10 at 12:40 ]
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努力学,抓紧毕业
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kt_flash

铜虫 (初入文坛)

利用vmd中的tk脚本选择,这个是最简单的操作了,看看手册就行了。set  sel [atomselect top "name OH2"]
20楼2022-02-28 16:49:22
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luxujie3

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-11-12 21:01:33
njut: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-11-12 21:09:25
通过type类型选择来选中你想要的原子,而这个type是你些data输入文件的时候的原子分类是一样的。如果不行你可以自己编个fortran程序来算的。反正我是自己编的,还没有用过VMD或是其它软件来算的。
2楼2012-11-12 14:29:26
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
njut: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-11-12 21:09:31
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-12 22:01:04
你导入到VMD的文件格式是什么样的?
你知不知道 name type  resname segname 等信息的意思吗?
如果你导入VMD的文件中含有这些信息的话,就很容易选择了。
3楼2012-11-12 21:04:16
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njut

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by luxujie3 at 2012-11-12 14:29:26
通过type类型选择来选中你想要的原子,而这个type是你些data输入文件的时候的原子分类是一样的。如果不行你可以自己编个fortran程序来算的。反正我是自己编的,还没有用过VMD或是其它软件来算的。

你好~


我输入的是xyz文件,里面只有坐标,我估计就是这个原因。请问你联系方式是?邮件有么,我想问问xtd文件怎么做原子密度图
谢谢啦~
努力学,抓紧毕业
4楼2012-11-12 21:09:11
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