应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请问如何利用VMD选择氧原子
51/1返回列表
查看: 3514  |  回复: 19
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

njut

新虫 (小有名气)

[求助] 请问如何利用VMD选择氧原子 已有2人参与

问题是这样的，我将模拟的结果导入了VMD中，图中所示，上面是大量水分子（含O原子和H原子），下面基质是白云母（同样含O原子和H原子）。问题是我只想分析water的O和H的径向分布函数，该怎么选取使得water-O是一个集合儿water-H是另外一个集合呢？
我是用选择命令时，程序貌似不能自己认出water
ps：大家知道我这个体系下怎么利用VMD分析atomic density 分布么？或者利用什么软件可以分析atomic density 分布
感激不尽~

3333333.gif

[ Last edited by njut on 2012-11-10 at 12:40 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
努力学，抓紧毕业
1楼 2012-11-09 16:58:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
njut: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-11-12 21:09:31
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-12 22:01:04
你导入到VMD的文件格式是什么样的？
你知不知道 name type  resname segname 等信息的意思吗？
如果你导入VMD的文件中含有这些信息的话，就很容易选择了。
赞一下 回复此楼
3楼2012-11-12 21:04:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 20 个回答

luxujie3

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-11-12 21:01:33
njut: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-11-12 21:09:25
通过type类型选择来选中你想要的原子，而这个type是你些data输入文件的时候的原子分类是一样的。如果不行你可以自己编个fortran程序来算的。反正我是自己编的，还没有用过VMD或是其它软件来算的。
赞一下 回复此楼
2楼2012-11-12 14:29:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

njut

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by luxujie3 at 2012-11-12 14:29:26
通过type类型选择来选中你想要的原子，而这个type是你些data输入文件的时候的原子分类是一样的。如果不行你可以自己编个fortran程序来算的。反正我是自己编的，还没有用过VMD或是其它软件来算的。

你好~


我输入的是xyz文件，里面只有坐标，我估计就是这个原因。请问你联系方式是？邮件有么，我想问问xtd文件怎么做原子密度图
谢谢啦~
赞一下 回复此楼
努力学，抓紧毕业
4楼2012-11-12 21:09:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

njut

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-11-12 21:04:16
你导入到VMD的文件格式是什么样的？
你知不知道 name type  resname segname 等信息的意思吗？
如果你导入VMD的文件中含有这些信息的话，就很容易选择了。

我导入的只是xyz文件~我就是想分析ms计算出来的原子密度图，听说vmd可以分析，但是我发现在vmd里面没有选择特定的原子这应该和我输出的只是xyz坐标有关，请问版主还有其他方法直接在ms里求径向原子或者平面原子密度图么
赞一下 回复此楼
努力学，抓紧毕业
5楼2012-11-12 21:11:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 20 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 yPv6ndDtiRxQ 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:15 by CLKTSgjM0Uqj
[基金申请] 奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-11 16:57 by Ai19911123
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊 +7 Tide man 2026-08-10 8/400 2026-08-11 15:49 by 铁帽子农民
[论文投稿] 职称评审，求友友推荐见刊最快的期刊 +3 工厂打螺丝 2026-08-08 3/150 2026-08-11 13:42 by 会议编辑
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 6/300 2026-08-11 13:19 by JACS/Angew
[基金申请] 帮忙看看fileCode +6 wwncly 2026-08-10 12/600 2026-08-11 13:01 by wwncly
[基金申请] filecode +9 documentary 2026-08-10 9/450 2026-08-11 10:08 by wk7465
[基金申请] 基金中了 +15 laoda193707 2026-08-06 15/750 2026-08-11 00:11 by jiafei2190
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分？ +10 yufeiwaner 2026-08-09 11/550 2026-08-10 18:47 by yufeiwaner
[基金申请] 关于代码变化问题，想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +3 majunge000 2026-08-10 3/150 2026-08-10 15:46 by lch2012
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 好奇怪的filecode +4 布布和一二 2026-08-08 5/250 2026-08-10 14:20 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] fileCode有新解读？ +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode，很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭