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njut

新虫 (小有名气)

[求助] 请问如何利用VMD选择氧原子 已有2人参与

问题是这样的,我将模拟的结果导入了VMD中,图中所示,上面是大量水分子(含O原子和H原子),下面基质是白云母(同样含O原子和H原子)。问题是我只想分析water的O和H的径向分布函数,该怎么选取使得water-O是一个集合儿water-H是另外一个集合呢?
我是用选择命令时,程序貌似不能自己认出water
ps:大家知道我这个体系下怎么利用VMD分析atomic density 分布么?或者利用什么软件可以分析atomic density 分布
感激不尽~

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[ Last edited by njut on 2012-11-10 at 12:40 ]
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努力学,抓紧毕业
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luxujie3

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-11-12 21:01:33
njut: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-11-12 21:09:25
通过type类型选择来选中你想要的原子,而这个type是你些data输入文件的时候的原子分类是一样的。如果不行你可以自己编个fortran程序来算的。反正我是自己编的,还没有用过VMD或是其它软件来算的。
2楼2012-11-12 14:29:26
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luxujie3

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-14 19:43:20
我想问下你是使用什么软件模拟的结果呀,是动力学模拟的吧是MC还是经典动力学。好像他们的模拟结果都是轨迹文件即所有原子在不同时间点的坐标,通过这个坐标文件可以使用程序计算出径向分布函数的,不过要计算这个函数先的明白这个函数的基本公式,而fortran又是转化数学公式的最好的最简单的计算机语言。所以建议楼主编个程序,在分子模拟论坛里面应该有径向分布函数rdf的程序例子,你不妨去搜下。
10楼2012-11-14 18:59:56
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