应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请问如何利用VMD选择氧原子
51/1返回列表
查看: 3531  |  回复: 19
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

njut

新虫 (小有名气)

[求助] 请问如何利用VMD选择氧原子 已有2人参与

问题是这样的，我将模拟的结果导入了VMD中，图中所示，上面是大量水分子（含O原子和H原子），下面基质是白云母（同样含O原子和H原子）。问题是我只想分析water的O和H的径向分布函数，该怎么选取使得water-O是一个集合儿water-H是另外一个集合呢？
我是用选择命令时，程序貌似不能自己认出water
ps：大家知道我这个体系下怎么利用VMD分析atomic density 分布么？或者利用什么软件可以分析atomic density 分布
感激不尽~

3333333.gif

[ Last edited by njut on 2012-11-10 at 12:40 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
努力学，抓紧毕业
1楼 2012-11-09 16:58:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-13 11:46:03
引用回帖:
7楼: Originally posted by njut at 2012-11-13 10:07:20
哦 好吧  那MS中做原子密度图估计只有perl或者btcl编程语言了。。。这个还真心不会，版主这方面清楚不？...

perl 和tcl都很好懂，和matlab 语言差不多
你在论坛里搜索一下，tcl脚本的介绍挺多的。
还有，如果你知道你需要分析的氧原子的序号，也可以用VMD选择出来。在vmd中原子序号是比如：
set  Owater [atomselect top "serial 1 2 3 8 9 12 5223 233 "]
赞一下 回复此楼
8楼2012-11-13 10:25:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 20 个回答

luxujie3

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-11-12 21:01:33
njut: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-11-12 21:09:25
通过type类型选择来选中你想要的原子，而这个type是你些data输入文件的时候的原子分类是一样的。如果不行你可以自己编个fortran程序来算的。反正我是自己编的，还没有用过VMD或是其它软件来算的。
赞一下 回复此楼
2楼2012-11-12 14:29:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
njut: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-11-12 21:09:31
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-12 22:01:04
你导入到VMD的文件格式是什么样的？
你知不知道 name type  resname segname 等信息的意思吗？
如果你导入VMD的文件中含有这些信息的话，就很容易选择了。
赞一下 回复此楼
3楼2012-11-12 21:04:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

njut

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by luxujie3 at 2012-11-12 14:29:26
通过type类型选择来选中你想要的原子，而这个type是你些data输入文件的时候的原子分类是一样的。如果不行你可以自己编个fortran程序来算的。反正我是自己编的，还没有用过VMD或是其它软件来算的。

你好~


我输入的是xyz文件，里面只有坐标，我估计就是这个原因。请问你联系方式是？邮件有么，我想问问xtd文件怎么做原子密度图
谢谢啦~
赞一下 回复此楼
努力学，抓紧毕业
4楼2012-11-12 21:09:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 20 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果？ +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 5/250 2026-08-14 22:32 by 4wMiSEwB6436
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 6/300 2026-08-14 22:32 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +23 医学老男孩 2026-08-13 49/2450 2026-08-14 20:02 by zhaifei
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-14 18:36 by 正能量1斤
[基金申请] 奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +8 布布和一二 2026-08-10 11/550 2026-08-14 14:58 by Equinoxhua
[基金申请] 好奇怪的filecode +6 布布和一二 2026-08-08 7/350 2026-08-14 13:38 by Equinoxhua
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] filecode +15 documentary 2026-08-10 17/850 2026-08-14 10:08 by kissu88
[基金申请] 我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人 +10 家与远方 2026-08-10 15/750 2026-08-14 02:08 by 绵羊哥哥
[硕博家园] 一作与独作在应聘高校教师时区别大吗 +3 mbygzh 2026-08-08 4/200 2026-08-13 19:31 by 龙-樱
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分？ +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 确定了，国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭