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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】应用MS计算径向分布函数
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lifei2008

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】应用MS计算径向分布函数 已有3人参与

我想用MS的discover模块中的analysis计算水的pair correlation function（也叫做径向分布函数），可是对话框中analyze按钮为非激活状态，无法计算。问题可能出现在choose sets选项上，因为其下拉列表中是空白的，我无法进行选择。可是我不知道如何能够解决这个问题。敬请各位高手帮帮忙啦！
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生命不息，奋斗不止！
1楼 2010-03-15 12:09:23
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★ ★
lifei2008(金币+5): 2010-03-15 14:09
ice_rain(金币+2):谢谢指导 2010-03-15 22:16
lifei2008(金币+10): 2010-03-22 08:49
EDIT->ATOM SELECTION,选择好整个水分子，然后还是EDIT里面的EDIT SETS,取个名字，然后在FORCITE或者DISCOVER 里面应该看得见径向分布函数的标示是黑色的了。
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好好学习，天天向上。
2楼2010-03-15 13:24:19
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lifei2008

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-03-15 13:24:19:
EDIT->ATOM SELECTION,选择好整个水分子，然后还是EDIT里面的EDIT SETS,取个名字，然后在FORCITE或者DISCOVER 里面应该看得见径向分布函数的标示是黑色的了。

多谢啦！
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生命不息，奋斗不止！
3楼2010-03-15 14:13:49
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by lifei2008 at 2010-03-15 14:13:49:

多谢啦！

小意思
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好好学习，天天向上。
4楼2010-03-22 08:56:22
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pumf

木虫 (正式写手)
请教径向分布函数如何分析啊？能分析些什么性质？
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5楼2010-03-24 10:31:37
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lifei2008

木虫 (小有名气)
★
qli0218(金币+1):谢谢 2010-03-25 12:02
引用回帖:
Originally posted by pumf at 2010-03-24 10:31:37:
请教径向分布函数如何分析啊？能分析些什么性质？

径向分布函数可以用MS的discover模块中的analysis分析，在analysis对话框中选择structural下拉列表中的pair correlation function就能分析了
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生命不息，奋斗不止！
6楼2010-03-25 10:23:05
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点点儿

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-03-15 13:24:19:
EDIT->ATOM SELECTION,选择好整个水分子，然后还是EDIT里面的EDIT SETS,取个名字，然后在FORCITE或者DISCOVER 里面应该看得见径向分布函数的标示是黑色的了。

请教一下，怎样选择整个分子？我只知道如何选择原子，我想算分子间的径向分布函数的话该如何选择？谢谢
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7楼2010-05-06 08:33:17
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278036903

金虫 (小有名气)
你只要先选择整个分子,然后再edit set就行吧
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8楼2010-05-06 09:22:57
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点点儿

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 278036903 at 2010-05-06 09:22:57:
你只要先选择整个分子,然后再edit set就行吧

可是对于大分子或者高分子，用肉眼是无法分辨出整个分子的，有没有什么方法可以选择？
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9楼2010-05-06 09:54:24
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 点点儿 at 2010-05-06 09:54:24:

可是对于大分子或者高分子，用肉眼是无法分辨出整个分子的，有没有什么方法可以选择？

先定义单个分子里你要分析的原子团，然后在轨迹里find就行了
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Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
10楼2010-05-06 10:34:09
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