| 查看: 8032 | 回复: 4 | ||||
WJ-MS新虫 (小有名气)
|
[求助]
lammps计算粘度 GK法和rNEMD法
|
|
最近一直在研究怎么计算液体的粘度，手册里面说有三种方法，我试了其中的两种方法，即EMD和rNEMD法，有一些问题想向各位请教一下。 1) EMD法 这个方法在6.21里面是有具体的in文件范例的，我做了修改，用于自己的体系。我发现，提高fix ave/correlation 命令里面的Nevery值，计算得到的粘度值一直在增加，这是怎么回事？这样计算的结果可靠吗？ 此外，我看到文献里面，运用GK公式计算粘度，会计算5个压力张量分量的相关函数，除了xy，xz，yz之外，还有xx-yy，2zz-xx-yy，这两个该如何实现？压力张量是矢量，矢量相减在变量定义中该如何操作？ 2）rNEMD方法（我采用了216个粒子） 该方法是对体系施加动量交换，产生动量通量，再结合相应veocity profile的斜率，计算出粘度。我采用的相应的命令如下： fix 3 all viscosity 100 x z 20 fix elocity all ave/spatial 1000 10 10000 z lower 0.05 vx file velocity.profile units box 我改变了fix viscosity命令中决定速度交换速率的N值，采用过60,100,10000，发现得到的velocity profile都是振荡的，如图所示。我计算了1000000步，所以得到的速度文件中有100组数据，我将这一百组数据每个bin求平均速度，然后对z轴bin坐标值做图，得到velocity profile。速度一直振荡，我也找不到原因，不知道是velocity profile 处理得不对呢，或者说粒子数太少了，还是其他什么问题，望大家能热心相助！  velocity profile.jpg  velocity profile 1.jpg |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 MD分子动力学 | 动力学或热力学计算 |
» 猜你喜欢
不要再数国自然申请书的 filecode 的分隔符个数了
已经有21人回复
-
投英文期刊如何查重
已经有5人回复
-
伯胺上甲基求助
已经有7人回复
-
生命口面上会评结束了吗大家有知道结果吗？现在还没有结果正常不？
已经有8人回复
-
跨出版社商投稿
已经有5人回复
-
5个%2F，非固定段22个字母
已经有7人回复
-
生命口C13面上会评时间
已经有10人回复
-
生生命学部会评
已经有4人回复
-
H口，面上，时间戳7月7日。
已经有3人回复
-
小木虫没落了，除了祈祷帖子，几乎看不到有价值的帖子
已经有14人回复
|
你好，你的问题解决了没有？我最近在琢磨使用Green-Kubo方法计算粘度的问题，看用户手册中提供的例子，有点想不通，我在小木虫上也发了个贴子，具体的描述这里就不说了，会不会你的结果和我怀疑的错误有关呢？ http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7659716&fpage=1&target=blank |
2楼2014-07-16 11:56:02
3楼2015-07-31 21:47:05
sanwen2100
至尊木虫 (职业作家)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 10328.3
- 散金: 585
- 红花: 8
- 沙发: 18
- 帖子: 3583
- 在线: 179.9小时
- 虫号: 3943497
- 注册: 2015-06-28
- 专业: 固体与表面物理化学
4楼2018-06-04 10:19:42
5楼2019-06-12 03:47:47