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WJ-MS新虫 (小有名气)
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[求助]
lammps计算粘度 GK法和rNEMD法
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最近一直在研究怎么计算液体的粘度，手册里面说有三种方法，我试了其中的两种方法，即EMD和rNEMD法，有一些问题想向各位请教一下。 1) EMD法 这个方法在6.21里面是有具体的in文件范例的，我做了修改，用于自己的体系。我发现，提高fix ave/correlation 命令里面的Nevery值，计算得到的粘度值一直在增加，这是怎么回事？这样计算的结果可靠吗？ 此外，我看到文献里面，运用GK公式计算粘度，会计算5个压力张量分量的相关函数，除了xy，xz，yz之外，还有xx-yy，2zz-xx-yy，这两个该如何实现？压力张量是矢量，矢量相减在变量定义中该如何操作？ 2）rNEMD方法（我采用了216个粒子） 该方法是对体系施加动量交换，产生动量通量，再结合相应veocity profile的斜率，计算出粘度。我采用的相应的命令如下： fix 3 all viscosity 100 x z 20 fix elocity all ave/spatial 1000 10 10000 z lower 0.05 vx file velocity.profile units box 我改变了fix viscosity命令中决定速度交换速率的N值，采用过60,100,10000，发现得到的velocity profile都是振荡的，如图所示。我计算了1000000步，所以得到的速度文件中有100组数据，我将这一百组数据每个bin求平均速度，然后对z轴bin坐标值做图，得到velocity profile。速度一直振荡，我也找不到原因，不知道是velocity profile 处理得不对呢，或者说粒子数太少了，还是其他什么问题，望大家能热心相助！  velocity profile.jpg  velocity profile 1.jpg |
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 MD分子动力学 | 动力学或热力学计算 |
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你好，你的问题解决了没有？我最近在琢磨使用Green-Kubo方法计算粘度的问题，看用户手册中提供的例子，有点想不通，我在小木虫上也发了个贴子，具体的描述这里就不说了，会不会你的结果和我怀疑的错误有关呢？ http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7659716&fpage=1&target=blank |
2楼2014-07-16 11:56:02
3楼2015-07-31 21:47:05
sanwen2100
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