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heikuyu新虫 (正式写手)
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[求助]
哪位老师肯帮助我看下，安装lammps到最后时出现什么问题 已有1人参与
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我在ubuntukylin13.1下安装lammps 安装前安装了gnu compiler, gnu fortran compiler, C++和 f90 compiler等插件，也不知道哪个需要 然后开始按网页上的说明分别安装fftw-3.3.4.tar.gz、mpich_3.0.4.orig.tar.gz和lammps-1Feb14.tar.gz， 都是lammps网站上的。我把这三个文件安装到了/usr/local下。我主要想安装reaxx。 然后修改Makefile.serial, 运行make serial.就始终出现问题。 换成mpich2_1.4.1.orig.tar.gz，结果也一样。 MPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICXX -I/usr/local/mpich3/include/ MPI_PATH = -L/usr/local/mpich3/lib MPI_LIB = -L/usr/local/mpich3/lib/libmpich FFT_INC = -I/usr/local/fftw/include/ -DFFT_fftw3 FFT_PATH = -L/usr/local/fftw/lib FFT_LIB = -L/usr/local/fftw/lib/libfftw3 reax_SYSLIB= -L/usr/local/lmp/lib/reax -libreax reax_SYSPATH= -L/usr/local/lmp/lib/reax/ 运行错误结果是： （省略前面一部分，感觉类似） /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../verlet_split.cpp:544：对‘MPI_Bcast’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../verlet_split.cpp:545：对‘MPI_Bcast’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../verlet_split.cpp:550：对‘MPI_Scatterv’未定义的引用 verlet_split.o：在函数‘LAMMPS_NS::VerletSplit::run(int)’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../verlet_split.cpp:274：对‘MPI_Barrier’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../verlet_split.cpp:316：对‘MPI_Bcast’未定义的引用 write_data.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteData::WriteData(LAMMPS_NS::LAMMPS*)’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:47：对‘MPI_Comm_rank’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:48：对‘MPI_Comm_size’未定义的引用 write_data.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteData::atoms()’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:313：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:335：对‘MPI_Irecv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:336：对‘MPI_Send’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:337：对‘MPI_Wait’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:338：对‘MPI_Get_count’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:346：对‘MPI_Recv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:347：对‘MPI_Rsend’未定义的引用 write_data.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteData::velocities()’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:366：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:388：对‘MPI_Irecv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:389：对‘MPI_Send’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:390：对‘MPI_Wait’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:391：对‘MPI_Get_count’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:399：对‘MPI_Recv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:400：对‘MPI_Rsend’未定义的引用 write_data.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteData::bonds()’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:417：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:440：对‘MPI_Irecv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:441：对‘MPI_Send’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:442：对‘MPI_Wait’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:443：对‘MPI_Get_count’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:452：对‘MPI_Recv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:453：对‘MPI_Rsend’未定义的引用 write_data.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteData::angles()’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:470：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:493：对‘MPI_Irecv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:494：对‘MPI_Send’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:495：对‘MPI_Wait’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:496：对‘MPI_Get_count’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:505：对‘MPI_Recv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:506：对‘MPI_Rsend’未定义的引用 write_data.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteData::dihedrals()’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:541：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:564：对‘MPI_Irecv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:565：对‘MPI_Send’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:566：对‘MPI_Wait’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:567：对‘MPI_Get_count’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:576：对‘MPI_Recv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:577：对‘MPI_Rsend’未定义的引用 write_data.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteData::impropers()’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:612：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:635：对‘MPI_Irecv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:636：对‘MPI_Send’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:637：对‘MPI_Wait’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:638：对‘MPI_Get_count’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:647：对‘MPI_Recv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:648：对‘MPI_Rsend’未定义的引用 write_data.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteData::fix(int, int)’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:665：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:688：对‘MPI_Irecv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:689：对‘MPI_Send’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:690：对‘MPI_Wait’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:691：对‘MPI_Get_count’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:700：对‘MPI_Recv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:701：对‘MPI_Rsend’未定义的引用 write_data.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteData::write(char*)’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:148：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:157：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:161：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用 write_restart.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteRestart::WriteRestart(LAMMPS_NS::LAMMPS*)’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:71：对‘MPI_Comm_rank’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:72：对‘MPI_Comm_size’未定义的引用 write_restart.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteRestart::file_layout(int)’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:555：对‘MPI_Gather’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:572：对‘MPI_Bcast’未定义的引用 write_restart.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteRestart::write(char*)’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:239：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:289：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:402：对‘MPI_Irecv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:403：对‘MPI_Send’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:404：对‘MPI_Wait’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:405：对‘MPI_Get_count’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:413：对‘MPI_Recv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:414：对‘MPI_Rsend’未定义的引用 collect2: error: ld returned 1 exit status make[1]: *** [../lmp_serial] 错误 1 make[1]:正在离开目录 `/usr/local/lmp/src/Obj_serial' make: *** [serial] 错误 2 |
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对于lib的路径要具体到那个执行包。比如mpi 要指明libmpich.a 把MPI_LIB = -L/usr/local/mpich3/lib/libmpich.a 同理 fftw 路径也一样 FFT_LIB = -L/usr/local/fftw/lib/libfftw3.a 当然很多情形下lammps是不支持fftw3 的 一般安装的是fftw2版本！希望这对你有帮助。我也是新手！以后方便可以多交流！ |
4楼2014-03-29 19:19:00
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