| 查看: 1342 | 回复: 3 | ||
heikuyu新虫 (正式写手)
|
[求助]
哪位老师肯帮助我看下，安装lammps到最后时出现什么问题 已有1人参与
|
|
我在ubuntukylin13.1下安装lammps 安装前安装了gnu compiler, gnu fortran compiler, C++和 f90 compiler等插件，也不知道哪个需要 然后开始按网页上的说明分别安装fftw-3.3.4.tar.gz、mpich_3.0.4.orig.tar.gz和lammps-1Feb14.tar.gz， 都是lammps网站上的。我把这三个文件安装到了/usr/local下。我主要想安装reaxx。 然后修改Makefile.serial, 运行make serial.就始终出现问题。 换成mpich2_1.4.1.orig.tar.gz，结果也一样。 MPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICXX -I/usr/local/mpich3/include/ MPI_PATH = -L/usr/local/mpich3/lib MPI_LIB = -L/usr/local/mpich3/lib/libmpich FFT_INC = -I/usr/local/fftw/include/ -DFFT_fftw3 FFT_PATH = -L/usr/local/fftw/lib FFT_LIB = -L/usr/local/fftw/lib/libfftw3 reax_SYSLIB= -L/usr/local/lmp/lib/reax -libreax reax_SYSPATH= -L/usr/local/lmp/lib/reax/ 运行错误结果是： （省略前面一部分，感觉类似） /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../verlet_split.cpp:544：对‘MPI_Bcast’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../verlet_split.cpp:545：对‘MPI_Bcast’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../verlet_split.cpp:550：对‘MPI_Scatterv’未定义的引用 verlet_split.o：在函数‘LAMMPS_NS::VerletSplit::run(int)’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../verlet_split.cpp:274：对‘MPI_Barrier’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../verlet_split.cpp:316：对‘MPI_Bcast’未定义的引用 write_data.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteData::WriteData(LAMMPS_NS::LAMMPS*)’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:47：对‘MPI_Comm_rank’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:48：对‘MPI_Comm_size’未定义的引用 write_data.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteData::atoms()’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:313：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:335：对‘MPI_Irecv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:336：对‘MPI_Send’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:337：对‘MPI_Wait’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:338：对‘MPI_Get_count’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:346：对‘MPI_Recv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:347：对‘MPI_Rsend’未定义的引用 write_data.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteData::velocities()’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:366：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:388：对‘MPI_Irecv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:389：对‘MPI_Send’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:390：对‘MPI_Wait’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:391：对‘MPI_Get_count’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:399：对‘MPI_Recv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:400：对‘MPI_Rsend’未定义的引用 write_data.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteData::bonds()’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:417：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:440：对‘MPI_Irecv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:441：对‘MPI_Send’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:442：对‘MPI_Wait’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:443：对‘MPI_Get_count’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:452：对‘MPI_Recv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:453：对‘MPI_Rsend’未定义的引用 write_data.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteData::angles()’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:470：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:493：对‘MPI_Irecv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:494：对‘MPI_Send’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:495：对‘MPI_Wait’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:496：对‘MPI_Get_count’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:505：对‘MPI_Recv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:506：对‘MPI_Rsend’未定义的引用 write_data.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteData::dihedrals()’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:541：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:564：对‘MPI_Irecv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:565：对‘MPI_Send’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:566：对‘MPI_Wait’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:567：对‘MPI_Get_count’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:576：对‘MPI_Recv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:577：对‘MPI_Rsend’未定义的引用 write_data.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteData::impropers()’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:612：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:635：对‘MPI_Irecv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:636：对‘MPI_Send’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:637：对‘MPI_Wait’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:638：对‘MPI_Get_count’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:647：对‘MPI_Recv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:648：对‘MPI_Rsend’未定义的引用 write_data.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteData::fix(int, int)’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:665：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:688：对‘MPI_Irecv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:689：对‘MPI_Send’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:690：对‘MPI_Wait’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:691：对‘MPI_Get_count’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:700：对‘MPI_Recv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:701：对‘MPI_Rsend’未定义的引用 write_data.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteData::write(char*)’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:148：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:157：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:161：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用 write_restart.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteRestart::WriteRestart(LAMMPS_NS::LAMMPS*)’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:71：对‘MPI_Comm_rank’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:72：对‘MPI_Comm_size’未定义的引用 write_restart.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteRestart::file_layout(int)’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:555：对‘MPI_Gather’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:572：对‘MPI_Bcast’未定义的引用 write_restart.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteRestart::write(char*)’中： /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:239：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:289：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:402：对‘MPI_Irecv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:403：对‘MPI_Send’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:404：对‘MPI_Wait’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:405：对‘MPI_Get_count’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:413：对‘MPI_Recv’未定义的引用 /usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:414：对‘MPI_Rsend’未定义的引用 collect2: error: ld returned 1 exit status make[1]: *** [../lmp_serial] 错误 1 make[1]:正在离开目录 `/usr/local/lmp/src/Obj_serial' make: *** [serial] 错误 2 |
回复此楼» 猜你喜欢
明天E口面上会评
已经有5人回复
-
售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急
已经有4人回复
-
售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急
已经有4人回复
-
售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急
已经有4人回复
-
售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急
已经有3人回复
-
大龄残疾硕士的一点执念
已经有27人回复
-
售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急
已经有4人回复
-
售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急
已经有4人回复
-
不要再数国自然申请书的 filecode 的分隔符个数了
已经有15人回复
-
祈祷青基必中
已经有16人回复
heikuyu
新虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 82.1
- 帖子: 320
- 在线: 62.8小时
- 虫号: 458797
- 注册: 2007-11-13
- 性别: GG
- 专业: 爆炸与冲击动力学
2楼2014-03-23 11:47:54
heikuyu
新虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 82.1
- 帖子: 320
- 在线: 62.8小时
- 虫号: 458797
- 注册: 2007-11-13
- 性别: GG
- 专业: 爆炸与冲击动力学
3楼2014-03-25 22:14:26
qq914346414
金虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 247.2
- 红花: 1
- 帖子: 180
- 在线: 73.5小时
- 虫号: 1869782
- 注册: 2012-06-26
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-31 16:50:35
月只蓝: 金币+5, 鼓励新手参与讨论。 2014-03-31 16:50:41
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-31 16:50:35
月只蓝: 金币+5, 鼓励新手参与讨论。 2014-03-31 16:50:41
|
对于lib的路径要具体到那个执行包。比如mpi 要指明libmpich.a 把MPI_LIB = -L/usr/local/mpich3/lib/libmpich.a 同理 fftw 路径也一样 FFT_LIB = -L/usr/local/fftw/lib/libfftw3.a 当然很多情形下lammps是不支持fftw3 的 一般安装的是fftw2版本！希望这对你有帮助。我也是新手！以后方便可以多交流！ |
4楼2014-03-29 19:19:00
50