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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 哪位老师肯帮助我看下，安装lammps到最后时出现什么问题
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heikuyu

新虫 (正式写手)

[求助] 哪位老师肯帮助我看下，安装lammps到最后时出现什么问题 已有1人参与

我在ubuntukylin13.1下安装lammps
安装前安装了gnu compiler, gnu fortran compiler, C++和 f90 compiler等插件，也不知道哪个需要
然后开始按网页上的说明分别安装fftw-3.3.4.tar.gz、mpich_3.0.4.orig.tar.gz和lammps-1Feb14.tar.gz， 都是lammps网站上的。我把这三个文件安装到了/usr/local下。我主要想安装reaxx。
然后修改Makefile.serial, 运行make serial.就始终出现问题。 换成mpich2_1.4.1.orig.tar.gz，结果也一样。
MPI_INC =       -DMPICH_SKIP_MPICXX -I/usr/local/mpich3/include/
MPI_PATH =      -L/usr/local/mpich3/lib
MPI_LIB =        -L/usr/local/mpich3/lib/libmpich

FFT_INC =       -I/usr/local/fftw/include/ -DFFT_fftw3
FFT_PATH =      -L/usr/local/fftw/lib
FFT_LIB =       -L/usr/local/fftw/lib/libfftw3

reax_SYSLIB= -L/usr/local/lmp/lib/reax -libreax
reax_SYSPATH= -L/usr/local/lmp/lib/reax/

运行错误结果是：
（省略前面一部分，感觉类似）
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../verlet_split.cpp:544：对‘MPI_Bcast’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../verlet_split.cpp:545：对‘MPI_Bcast’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../verlet_split.cpp:550：对‘MPI_Scatterv’未定义的引用
verlet_split.o：在函数‘LAMMPS_NS::VerletSplit::run(int)’中：
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../verlet_split.cpp:274：对‘MPI_Barrier’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../verlet_split.cpp:316：对‘MPI_Bcast’未定义的引用
write_data.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteData::WriteData(LAMMPS_NS::LAMMPS*)’中：
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:47：对‘MPI_Comm_rank’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:48：对‘MPI_Comm_size’未定义的引用
write_data.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteData::atoms()’中：
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:313：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:335：对‘MPI_Irecv’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:336：对‘MPI_Send’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:337：对‘MPI_Wait’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:338：对‘MPI_Get_count’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:346：对‘MPI_Recv’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:347：对‘MPI_Rsend’未定义的引用
write_data.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteData::velocities()’中：
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:366：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:388：对‘MPI_Irecv’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:389：对‘MPI_Send’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:390：对‘MPI_Wait’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:391：对‘MPI_Get_count’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:399：对‘MPI_Recv’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:400：对‘MPI_Rsend’未定义的引用
write_data.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteData::bonds()’中：
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:417：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:440：对‘MPI_Irecv’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:441：对‘MPI_Send’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:442：对‘MPI_Wait’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:443：对‘MPI_Get_count’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:452：对‘MPI_Recv’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:453：对‘MPI_Rsend’未定义的引用
write_data.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteData::angles()’中：
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:470：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:493：对‘MPI_Irecv’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:494：对‘MPI_Send’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:495：对‘MPI_Wait’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:496：对‘MPI_Get_count’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:505：对‘MPI_Recv’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:506：对‘MPI_Rsend’未定义的引用
write_data.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteData::dihedrals()’中：
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:541：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:564：对‘MPI_Irecv’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:565：对‘MPI_Send’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:566：对‘MPI_Wait’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:567：对‘MPI_Get_count’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:576：对‘MPI_Recv’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:577：对‘MPI_Rsend’未定义的引用
write_data.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteData::impropers()’中：
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:612：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:635：对‘MPI_Irecv’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:636：对‘MPI_Send’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:637：对‘MPI_Wait’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:638：对‘MPI_Get_count’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:647：对‘MPI_Recv’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:648：对‘MPI_Rsend’未定义的引用
write_data.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteData::fix(int, int)’中：
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:665：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:688：对‘MPI_Irecv’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:689：对‘MPI_Send’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:690：对‘MPI_Wait’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:691：对‘MPI_Get_count’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:700：对‘MPI_Recv’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:701：对‘MPI_Rsend’未定义的引用
write_data.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteData::write(char*)’中：
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:148：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:157：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_data.cpp:161：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用
write_restart.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteRestart::WriteRestart(LAMMPS_NS::LAMMPS*)’中：
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:71：对‘MPI_Comm_rank’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:72：对‘MPI_Comm_size’未定义的引用
write_restart.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteRestart::file_layout(int)’中：
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:555：对‘MPI_Gather’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:572：对‘MPI_Bcast’未定义的引用
write_restart.o：在函数‘LAMMPS_NS::WriteRestart::write(char*)’中：
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:239：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:289：对‘MPI_Allreduce’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:402：对‘MPI_Irecv’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:403：对‘MPI_Send’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:404：对‘MPI_Wait’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:405：对‘MPI_Get_count’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:413：对‘MPI_Recv’未定义的引用
/usr/local/lmp/src/Obj_serial/../write_restart.cpp:414：对‘MPI_Rsend’未定义的引用
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[1]: *** [../lmp_serial] 错误 1
make[1]:正在离开目录 `/usr/local/lmp/src/Obj_serial'
make: *** [serial] 错误 2
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myloveisyou.
1楼 2014-03-23 11:36:06
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heikuyu

新虫 (正式写手)
老师呀，跟我说的不是一回事啊。
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myloveisyou.
2楼2014-03-23 11:47:54
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heikuyu

新虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 值得讨论。 2014-03-26 20:28:58
没人来帮忙啊！
这两天又尝试了下，
把mpi的路径改成默认值，倒是可以运行。但不是并行，是串行。
谁能给个意见呀。
赞一下 回复此楼
myloveisyou.
3楼2014-03-25 22:14:26
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qq914346414

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-31 16:50:35
月只蓝: 金币+5, 鼓励新手参与讨论。 2014-03-31 16:50:41
引用回帖:
3楼: Originally posted by heikuyu at 2014-03-25 22:14:26
没人来帮忙啊！
这两天又尝试了下，
把mpi的路径改成默认值，倒是可以运行。但不是并行，是串行。
谁能给个意见呀。

对于lib的路径要具体到那个执行包。比如mpi  要指明libmpich.a   把MPI_LIB =        -L/usr/local/mpich3/lib/libmpich.a 同理 fftw 路径也一样 FFT_LIB =       -L/usr/local/fftw/lib/libfftw3.a  当然很多情形下lammps是不支持fftw3 的 一般安装的是fftw2版本！希望这对你有帮助。我也是新手！以后方便可以多交流！
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4楼2014-03-29 19:19:00
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