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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Hyperchem » 求教：有机分子的热力学稳定性预测Hyperchem软件操作方法
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wulindong

新虫 (小有名气)

[求助] 求教：有机分子的热力学稳定性预测Hyperchem软件操作方法 已有1人参与

求教：有机分子的热力学稳定性预测Hyperchem软件操作方法

最近因课题需要，想预测一下自己提取的一种生理活性有机分子（矢车菊素葡萄糖苷，分子式：C21H21ClO11，分子量：484）在水溶液、或酸碱溶液、金属离子（Na+、K+、Ca2+等）溶液中的稳定性。百度了网上的资料，有大量的文献介绍Hyperchem可以模拟，但不知道怎么操作，也没有搜索到相关的教程，有做这个的帮忙一下，谢谢。


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1楼 2015-01-31 16:58:27
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wbf3ng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
hyperchem仅作教学演示用途，甚少用于科研。你先找一篇文献看，有没相同类型的研究，估计是分子动力学的，加水模拟溶液环境，加氢离子模拟ph值，加其它离子模拟稳定性。

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2楼2015-01-31 19:15:17
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wulindong

新虫 (小有名气)
文献多的很，就只介绍势能场的选择，模拟结果的讨论，没有操作介绍。我需要的是操作介绍。
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3楼2015-01-31 20:20:17
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wbf3ng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

那你要先学hyperchem教程，然后才能用之做计算研究，这东西谁有时间会手把手教？况且还有那么多的基础理论知识要学，这学科就是要万金油，计算机，化学，物理啥都要会一点

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4楼2015-01-31 20:34:30
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wulindong

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wbf3ng at 2015-01-31 20:34:30
那你要先学hyperchem教程，然后才能用之做计算研究，这东西谁有时间会手把手教？况且还有那么多的基础理论知识要学，这学科就是要万金油，计算机，化学，物理啥都要会一点
...

教程我也看了，没有介绍这个的，其他的像：几何结构优化，单点能计算，前线轨道，电子光谱（实际上就是UV-VIS）模拟，红外振动光谱模拟，这些都会了，现在卡在分子相互作用能和分子热力学稳定性上了，只要介绍操作程序，其他的我自己解决，谢谢。
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5楼2015-01-31 21:05:48
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wbf3ng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
wulindong: 金币+10 2015-01-31 23:08:43
引用回帖:
5楼: Originally posted by wulindong at 2015-01-31 21:05:48
教程我也看了，没有介绍这个的，其他的像：几何结构优化，单点能计算，前线轨道，电子光谱（实际上就是UV-VIS）模拟，红外振动光谱模拟，这些都会了，现在卡在分子相互作用能和分子热力学稳定性上了，只要介绍操作 ...

在菜单那里找到周期性盒子的设置，periodic box,设置好水分子多少盒子大小，就可以模拟溶液环境，然后选择monte carol 模拟，设置好起始温度，方法选择退火还是焠火，步长等等信息，就可以开始模拟了，泡杯茶或者咖啡等结果吧。全凭记忆写，因为没win的机器，有好久没用。

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6楼2015-01-31 21:39:24
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wulindong

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wbf3ng at 2015-01-31 21:39:24
在菜单那里找到周期性盒子的设置，periodic box,设置好水分子多少盒子大小，就可以模拟溶液环境，然后选择monte carol 模拟，设置好起始温度，方法选择退火还是焠火，步长等等信息，就可以开始模拟了，泡杯茶或者咖 ...

非常感谢。。。
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7楼2015-01-31 23:09:10
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