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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » Materials studio模拟聚合物红外光谱图
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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)

[求助] Materials studio模拟聚合物红外光谱图

怎样用Materials studio模拟聚合物红外光谱图！我想模拟两聚合物（如图）混合后的红外光谱图，请问大家应怎样操作？

壳聚糖



葡甘聚糖
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1楼 2012-04-01 10:14:04
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回帖置顶 ( 共有1个 )

aoteman6

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
wangyiyongwz: 回帖置顶 2012-04-16 09:21:37
zh1987hs: 金币+5, 鼓励讨论 2012-04-16 15:06:39
用dmol模块计算频率，calculate里设置参数，性质里勾选frequency。
计算成功会有.hesswk文件的
导出光谱的方法：在tool里选择vibrational analysis。这时出来如图1，这时caculation按钮应该是灰的，点edit  insert from 选择你算到的.hessian ,这时图一中的caculation按钮为可以按的了，点击caculation，然后出现图2，然后点击下面的三个按钮就可以得到数据和光谱了。
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wangyiyongwz wangyiyongwz yyj0510
11楼2012-04-13 11:42:40
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aoteman6

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 鼓励热心应助。。但是楼主的自觉性貌似有点弱。。。 2012-04-06 13:57:35
引用回帖:
5楼: Originally posted by wangyiyongwz at 2012-04-06 08:41:39:
具体的MS上的操作步骤呢？？

什么意思？这个。。。
在MS画好这个分子，这个是聚合物的话可以用build  polymer建模，具体的怎么建你自己看咯。。。
建好了模型，就可以用dmol模块，calculate里设置参数，性质里勾选frequency，投作业就可以了啊。。。
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6楼2012-04-06 13:23:53
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aoteman6

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-04-05 10:52:46
wangyiyongwz: 金币+4, ★★★很有帮助 2012-04-09 09:01:49
红外光谱图可以大致确官能团的类型，为什么不分开模拟？
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2楼2012-04-03 21:05:15
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aoteman6

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-04-05 16:37:33
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangyiyongwz at 2012-04-05 09:16:29:
怎样分开呢？详解

用dmol模块，计算频率不就得到红外了吗？
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wangyiyongwz
4楼2012-04-05 14:14:55
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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by aoteman6 at 2012-04-13 11:42:40:
用dmol模块计算频率，calculate里设置参数，性质里勾选frequency。
计算成功会有.hesswk文件的
导出光谱的方法：在tool里选择vibrational analysis。这时出来如图1，这时caculation按钮应该是灰的，点edit  ins ...

不好意思还想问一下，这些参数又应该怎样设置呢，例如task等等？
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14楼2012-04-16 11:26:40
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aoteman6

银虫 (小有名气)
一般看你需要什么，我一般先结构优化一下，然后再计算其他的性质
这位大侠。。。你可以看一下帮助文件。。。
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15楼2012-04-16 14:05:52
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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by aoteman6 at 2012-04-03 21:05:15:
红外光谱图可以大致确官能团的类型，为什么不分开模拟？

怎样分开呢？详解
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3楼2012-04-05 09:16:29
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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by aoteman6 at 2012-04-05 14:14:55:
用dmol模块，计算频率不就得到红外了吗？

具体的MS上的操作步骤呢？？
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5楼2012-04-06 08:41:39
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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by aoteman6 at 2012-04-06 13:23:53:
什么意思？这个。。。
在MS画好这个分子，这个是聚合物的话可以用build  polymer建模，具体的怎么建你自己看咯。。。
建好了模型，就可以用dmol模块，calculate里设置参数，性质里勾选frequency，投作业就可以 ...

首先，非常感谢，另外我还想问一下，像模拟这两个聚合物，周期边界应该怎样设置，比如a，b，c  和密度应该怎样设置，两种分子数应该放多少？
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7楼2012-04-09 09:05:28
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aoteman6

银虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by wangyiyongwz at 2012-04-09 09:05:28:
首先，非常感谢，另外我还想问一下，像模拟这两个聚合物，周期边界应该怎样设置，比如a，b，c  和密度应该怎样设置，两种分子数应该放多少？

这个应该去找文献看了，看别人怎么做的再自己根据自己的需求自己改进
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8楼2012-04-09 15:39:57
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wangyiyongwz

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by aoteman6 at 2012-04-09 15:39:57:
这个应该去找文献看了，看别人怎么做的再自己根据自己的需求自己改进

另外我还想问问：水分子的数目是不是一定要根据溶液的密度来加?如果按照密度来加水分子，我的模拟体系有8000个左右的水分子！是不是太多了？
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9楼2012-04-11 08:50:13
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summerqr

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by aoteman6 at 2012-04-05 14:14:55:
用dmol模块，计算频率不就得到红外了吗？

用dmol模块计算频率一般怎么设置呢?
好象一直没有反应,也没有出现任何图谱啊!!
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10楼2012-04-12 23:11:32
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