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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求助！autodock对接结果分析！
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吴丰旭

金虫 (小有名气)

[求助] 求助！autodock对接结果分析！ 已有3人参与

在用autodock对接完毕后得到.dlg结果文件，但是这个文件将得到的分子构象分成了几大类，每一类中又包含很多分子构象，但是在Pymol里每一类只能显示一个分子构象，我想问怎么能把每一类里面包含的分子构象分开？求助，谢谢大家！
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1楼 2014-10-30 11:05:00
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autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你想得到你想要的构象，可以在autodock里面保存以下小分子的构象，然后在pymol里面分析
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2楼2014-10-30 20:23:47
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分迪科技

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
或许你可以使用Pymol的autodock插件来做分子对接，然后观察对接结果！
赞一下 回复此楼
http://www.moldesigner.com/ 分迪科技提供分子对接、分子动力学、同源模建、虚拟筛选等技术服务。
3楼2014-10-30 22:47:42
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分迪科技

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
吴丰旭: 金币+3, ★有帮助 2014-11-01 11:04:39
下载链接：http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=1075  Win版的Autodock的PYMOL插件
赞一下(1人) 回复此楼
http://www.moldesigner.com/ 分迪科技提供分子对接、分子动力学、同源模建、虚拟筛选等技术服务。
4楼2014-10-30 22:56:01
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吴丰旭

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by autodockytu at 2014-10-30 20:23:47
你想得到你想要的构象，可以在autodock里面保存以下小分子的构象，然后在pymol里面分析

但是如果构象太多的话 在autodock里面一个个保存会显的比较麻烦！
赞一下 回复此楼
5楼2014-10-31 08:48:45
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
吴丰旭: 金币+2 2014-11-01 11:04:56
引用回帖:
5楼: Originally posted by 吴丰旭 at 2014-10-31 08:48:45
但是如果构象太多的话 在autodock里面一个个保存会显的比较麻烦！...

每个簇里面选取一个构象就很有代表性了，一般就是能量最低的构象和簇最集中的构象有意义了
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2014-10-31 15:31:14
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吴丰旭

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by pymol at 2014-10-31 15:31:14
每个簇里面选取一个构象就很有代表性了，一般就是能量最低的构象和簇最集中的构象有意义了...

恩  好的 谢谢！
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7楼2014-10-31 17:01:14
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wjmed

木虫 (正式写手)
adt中有python脚本，可以从dlg文件中将所有构象另存为pdb文件，有多少个构象，就保存为多少个pdb文件
检索一下 write_all_conformations_from_dlg.py
赞一下(2人) 回复此楼
Timeandtidewaitsfornoman!
8楼2015-01-29 22:22:31
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