24小时热门版块排行榜    

查看: 3139  |  回复: 4

a356926674

金虫 (小有名气)

[求助] 关于autodock vina对接的conf.txt写法 已有2人参与

我准备好了受体和配体的pdbqt文件,受体命名为3MQ1.pdbqt,配体是11.pdbqt然后conf.txt里写的程序如下
receptor = /Program Files/The Scripps Research Institute/Vina/3MQ1.pdbqt
ligand = /Program Files/The Scripps Research Institute/Vina/11.pdbqt

out = /Program Files/The Scripps Research Institute/Vina/all_modes.pdbqt


center_x = 37.5
center_y = 45.9
center_z = 78.1
size_x = 64
size_y = 68
size_z = 96

然后我在cmd里输入c:\users\Adminstrator>"\Program Files\The Scripps Research Institute\Vina\vina.exe" --config conf.txt --log log.txt
就出现Error:could not open “conf.txt” for reading
我直接在命令行里输入,就会出现不能打开3MQ1。pdbqt文件,这个是以蛋白命名,能在蛋白库里搜到,会的帮我看看,谢谢了
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

Nothingisimpossible
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tbw258

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-06-19 14:54:34
你确定你是按教程来的?  VINA大家都用老了,你这样写是不是太繁琐了 空格什么的一个不能有 你看看
我来了~~
2楼2014-06-19 09:43:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

a356926674

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by tbw258 at 2014-06-19 09:43:14
你确定你是按教程来的?  VINA大家都用老了,你这样写是不是太繁琐了 空格什么的一个不能有 你看看

。。。没问题的 ,问题是我不在txt里写告诉我出现的最后error是什么问题
Nothingisimpossible
3楼2014-06-19 17:20:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tbw258

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-06-21 14:03:37
所以我建议你严格按照教程依葫芦画瓢呗, 熟练了在该 例外你的 .txt放的位置对不对
我来了~~
4楼2014-06-20 12:45:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alicew

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

路径问题,VINA找不到文件。建议把文件当到当前目录下,不要写相对路径。
5楼2014-10-14 15:33:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 a356926674 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 298-一志愿中国农业大学-求调剂 +9 手机用户 2026-03-17 9/450 2026-03-20 14:24 by 无懈可击111
[考研] 一志愿南昌大学,327分,材料与化工085600 +5 Ncdx123456 2026-03-19 5/250 2026-03-20 11:15 by wangy0907
[考研] 一志愿武汉理工材料工程专硕调剂 +7 Doleres 2026-03-19 7/350 2026-03-20 10:39 by EBSD
[考研] 材料专硕英一数二306 +6 z1z2z3879 2026-03-18 6/300 2026-03-20 08:49 by xingguangj
[考研] 0703化学调剂 +10 妮妮ninicgb 2026-03-15 14/700 2026-03-19 22:59 by 学员8dgXkO
[考研] 生物学调剂招人!!! +3 山海天岚 2026-03-17 4/200 2026-03-19 21:34 by 怎么释怀
[考博] 申博26年 +3 八6八68 2026-03-19 3/150 2026-03-19 19:43 by nxgogo
[考研] 321求调剂 +8 何润采123 2026-03-18 10/500 2026-03-19 16:46 by 何润采123
[考研] 266求调剂 +5 阳阳哇塞 2026-03-14 10/500 2026-03-19 15:08 by 阳阳哇塞
[考研] 一志愿 西北大学 ,070300化学学硕,总分287,双非一本,求调剂。 +3 晨昏线与星海 2026-03-19 3/150 2026-03-19 13:36 by houyaoxu
[考研] 287求调剂 +3 晨昏线与星海 2026-03-19 4/200 2026-03-19 12:32 by peike
[考研] 一志愿中海洋材料工程专硕330分求调剂 +7 小材化本科 2026-03-18 7/350 2026-03-19 10:46 by Linda Hu
[考研] 一志愿武理材料305分求调剂 +5 想上岸的鲤鱼 2026-03-18 6/300 2026-03-18 17:53 by 无际的草原
[考研] 化学工程321分求调剂 +15 大米饭! 2026-03-15 18/900 2026-03-18 14:52 by haxia
[考研] 070300化学319求调剂 +6 锦鲤0909 2026-03-17 6/300 2026-03-18 13:22 by Iveryant
[考研] 材料工程专硕274一志愿211求调剂 +6 薛云鹏 2026-03-15 6/300 2026-03-17 11:05 by 学员h26Tkc
[考研] 278求调剂 +3 Yy7400 2026-03-13 3/150 2026-03-17 08:24 by laoshidan
[考研] 283求调剂 +3 听风就是雨; 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:41 by 热情沙漠
[考研] 0854控制工程 359求调剂 可跨专业 +3 626776879 2026-03-14 9/450 2026-03-16 17:42 by 626776879
[考研] 327求调剂 +6 拾光任染 2026-03-15 11/550 2026-03-15 22:47 by 拾光任染
信息提示
请填处理意见