24小时热门版块排行榜    

查看: 3525  |  回复: 4

a356926674

金虫 (小有名气)

[求助] 关于autodock vina对接的conf.txt写法 已有2人参与

我准备好了受体和配体的pdbqt文件,受体命名为3MQ1.pdbqt,配体是11.pdbqt然后conf.txt里写的程序如下
receptor = /Program Files/The Scripps Research Institute/Vina/3MQ1.pdbqt
ligand = /Program Files/The Scripps Research Institute/Vina/11.pdbqt

out = /Program Files/The Scripps Research Institute/Vina/all_modes.pdbqt


center_x = 37.5
center_y = 45.9
center_z = 78.1
size_x = 64
size_y = 68
size_z = 96

然后我在cmd里输入c:\users\Adminstrator>"\Program Files\The Scripps Research Institute\Vina\vina.exe" --config conf.txt --log log.txt
就出现Error:could not open “conf.txt” for reading
我直接在命令行里输入,就会出现不能打开3MQ1。pdbqt文件,这个是以蛋白命名,能在蛋白库里搜到,会的帮我看看,谢谢了
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

Nothingisimpossible
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tbw258

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-06-19 14:54:34
你确定你是按教程来的?  VINA大家都用老了,你这样写是不是太繁琐了 空格什么的一个不能有 你看看
我来了~~
2楼2014-06-19 09:43:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

a356926674

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by tbw258 at 2014-06-19 09:43:14
你确定你是按教程来的?  VINA大家都用老了,你这样写是不是太繁琐了 空格什么的一个不能有 你看看

。。。没问题的 ,问题是我不在txt里写告诉我出现的最后error是什么问题
Nothingisimpossible
3楼2014-06-19 17:20:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tbw258

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-06-21 14:03:37
所以我建议你严格按照教程依葫芦画瓢呗, 熟练了在该 例外你的 .txt放的位置对不对
我来了~~
4楼2014-06-20 12:45:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alicew

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

路径问题,VINA找不到文件。建议把文件当到当前目录下,不要写相对路径。
5楼2014-10-14 15:33:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 a356926674 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[博后之家] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-29 19:27 by cqwQDCxMcL3I
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 4/200 2026-09-29 16:54 by yCO1Ll7aHtsw
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 4/200 2026-09-29 16:47 by yCO1Ll7aHtsw
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 4/200 2026-09-29 16:37 by etmYJ6d2rquH
[博后之家] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 16:30 by etmYJ6d2rquH
[考博] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-29 15:46 by etmYJ6d2rquH
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-29 14:58 by etmYJ6d2rquH
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 3/150 2026-09-29 14:30 by etmYJ6d2rquH
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 3/150 2026-09-29 14:24 by etmYJ6d2rquH
[博后之家] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 3/150 2026-09-29 13:56 by etmYJ6d2rquH
[教师之家] 某top大学教授说“能够在市场中兑现的能力才是真能力”无比同意! +8 zju2000 2026-09-26 9/450 2026-09-29 13:47 by ahsoarli
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-29 09:59 by JzYBbHIXWSrW
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:42 by ZvyPK8n6Nfki
[找工作] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:28 by ZvyPK8n6Nfki
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-28 23:46 by b8fCuTHqckEt
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 3/150 2026-09-28 23:12 by b8fCuTHqckEt
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 22:55 by ez6fGg9abYaj
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 4/200 2026-09-28 22:55 by ez6fGg9abYaj
[考博] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 6/300 2026-09-28 22:15 by ez6fGg9abYaj
[论文投稿] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 3/150 2026-09-28 19:08 by 9lS3ad5oOymn
信息提示
请填处理意见