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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 关于autodock vina对接的conf.txt写法
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a356926674

金虫 (小有名气)

[求助] 关于autodock vina对接的conf.txt写法已有2人参与

我准备好了受体和配体的pdbqt文件，受体命名为3MQ1.pdbqt,配体是11.pdbqt然后conf.txt里写的程序如下
receptor = /Program Files/The Scripps Research Institute/Vina/3MQ1.pdbqt
ligand = /Program Files/The Scripps Research Institute/Vina/11.pdbqt

out = /Program Files/The Scripps Research Institute/Vina/all_modes.pdbqt


center_x = 37.5
center_y = 45.9
center_z = 78.1
size_x = 64
size_y = 68
size_z = 96

然后我在cmd里输入c:\users\Adminstrator>"\Program Files\The Scripps Research Institute\Vina\vina.exe" --config conf.txt --log log.txt
就出现Error：could not open “conf.txt” for reading
我直接在命令行里输入，就会出现不能打开3MQ1。pdbqt文件，这个是以蛋白命名，能在蛋白库里搜到，会的帮我看看，谢谢了
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Nothingisimpossible
1楼2014-06-18 21:27:06
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tbw258

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-06-19 14:54:34
你确定你是按教程来的？  VINA大家都用老了，你这样写是不是太繁琐了 空格什么的一个不能有 你看看
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我来了~~
2楼2014-06-19 09:43:14
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a356926674

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by tbw258 at 2014-06-19 09:43:14
你确定你是按教程来的？  VINA大家都用老了，你这样写是不是太繁琐了 空格什么的一个不能有 你看看

。。。没问题的 ，问题是我不在txt里写告诉我出现的最后error是什么问题
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Nothingisimpossible
3楼2014-06-19 17:20:31
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tbw258

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-06-21 14:03:37
所以我建议你严格按照教程依葫芦画瓢呗， 熟练了在该 例外你的 .txt放的位置对不对
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我来了~~
4楼2014-06-20 12:45:12
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alicew

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

路径问题，VINA找不到文件。建议把文件当到当前目录下，不要写相对路径。
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5楼2014-10-14 15:33:37
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