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a356926674

金虫 (小有名气)

[求助] 关于autodock vina对接的conf.txt写法已有2人参与

我准备好了受体和配体的pdbqt文件,受体命名为3MQ1.pdbqt,配体是11.pdbqt然后conf.txt里写的程序如下
receptor = /Program Files/The Scripps Research Institute/Vina/3MQ1.pdbqt
ligand = /Program Files/The Scripps Research Institute/Vina/11.pdbqt

out = /Program Files/The Scripps Research Institute/Vina/all_modes.pdbqt


center_x = 37.5
center_y = 45.9
center_z = 78.1
size_x = 64
size_y = 68
size_z = 96

然后我在cmd里输入c:\users\Adminstrator>"\Program Files\The Scripps Research Institute\Vina\vina.exe" --config conf.txt --log log.txt
就出现Error:could not open “conf.txt” for reading
我直接在命令行里输入,就会出现不能打开3MQ1。pdbqt文件,这个是以蛋白命名,能在蛋白库里搜到,会的帮我看看,谢谢了
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Nothingisimpossible
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alicew

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

路径问题,VINA找不到文件。建议把文件当到当前目录下,不要写相对路径。
5楼2014-10-14 15:33:37
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