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绿茶QJM

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】autodock vina 输入命令报无法读取 已有7人参与

看到AUTODOCK主页新出了个软件,VINA,想学学如何用,按照VIDEO教程走的,在命令窗口中最后一步执行TXT文件时,出现:Error:could not open "conf.txt" for reading

      我亦是按照原版教程上输入,--config conf.txt --log log.txt

        而且,TXT文件也是按照视频上做的
            为了防止目录文件有错,我把蛋白受体和配体都放进了VINA的目录下,没有另建目录





      求助:是否是输入命有误,还是其它呢?
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单志杰

木虫 (初入文坛)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
我也遇到相同问题,请问你是怎样解决的呢?
2楼2011-09-19 16:43:26
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zusongpeng

铁虫 (初入文坛)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2012-02-06 21:28:39
不要完全按照那个视频来,可能是视频的版本是更老的原因,你要利用vina的help查看相应参数的设置名称。
3楼2012-01-16 17:57:46
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2012-02-06 21:28:49
我勒个去,多老的帖子了,居然被翻上来了,估计lz早解决了。
书中自有黄金屋,书中自有颜如玉。
4楼2012-01-19 12:48:13
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
大家好,怎么快捷删除自己的帖子呢》?

[ Last edited by longytu on 2012-4-3 at 08:23 ]
5楼2012-03-23 19:20:17
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PSA

专家顾问 (著名写手)

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
zh1987hs: 金币+3, 谢谢PSA姐~~~ 2012-11-17 15:51:05
引用回帖:
607598楼: Originally posted by 绿茶QJM at 2010-12-06 11:32:43
看到AUTODOCK主页新出了个软件,VINA,想学学如何用,按照VIDEO教程走的,在命令窗口中最后一步执行TXT文件时,出现:Error:could not open "conf.txt" for reading

      我亦是按照原版教程上输入, ...

今天碰到了同样问题!好,说下我的方法!
1. 可能是你在命名txt文件时,你也按照viedo上是conf.txt,那么你的这个文件名应该是conf.txt而不是conf(PS:其实命名时不要多加那个.txt,它本身就是txt文件啦)
2. 要在cmd中切换你的当前工作目录是你的配体、蛋白和txt文件中的那个目录下,然后再执行相应的vina程序。
供参考!
6楼2012-11-16 16:36:30
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Ancker

铁杆木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by PSA at 2012-11-16 16:36:30
今天碰到了同样问题!好,说下我的方法!
1. 可能是你在命名txt文件时,你也按照viedo上是conf.txt,那么你的这个文件名应该是conf.txt而不是conf(PS:其实命名时不要多加那个.txt,它本身就是txt文件啦)
2. 要 ...

您好,我用vina是按照视频操作的显示unknown option all,是什么原因啊?谢谢

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

7楼2017-03-08 16:18:28
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zhaocheng76

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by Ancker at 2017-03-08 16:18:28
您好,我用vina是按照视频操作的显示unknown option all,是什么原因啊?谢谢...

我也发现这样的问题,你解决了吗
【求助】autodock vina 输入命令报无法读取



发自小木虫IOS客户端
8楼2017-03-19 19:12:52
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Ancker

铁杆木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by zhaocheng76 at 2017-03-19 19:12:52
我也发现这样的问题,你解决了吗

...

把txt里面的all=那一行去掉
9楼2017-03-20 21:23:48
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