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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】autodock vina 输入命令报无法读取
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绿茶QJM

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】autodock vina 输入命令报无法读取 已有7人参与

看到AUTODOCK主页新出了个软件，VINA，想学学如何用，按照VIDEO教程走的，在命令窗口中最后一步执行TXT文件时，出现：Error:could not open "conf.txt" for reading

      我亦是按照原版教程上输入，--config conf.txt --log log.txt

        而且，TXT文件也是按照视频上做的
            为了防止目录文件有错，我把蛋白受体和配体都放进了VINA的目录下，没有另建目录





      求助：是否是输入命有误，还是其它呢？
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1楼 2010-12-06 11:32:43
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单志杰

木虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
我也遇到相同问题，请问你是怎样解决的呢？
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2楼2011-09-19 16:43:26
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zusongpeng

铁虫 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2012-02-06 21:28:39
不要完全按照那个视频来，可能是视频的版本是更老的原因，你要利用vina的help查看相应参数的设置名称。
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3楼2012-01-16 17:57:46
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2012-02-06 21:28:49
我勒个去，多老的帖子了，居然被翻上来了，估计lz早解决了。
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书中自有黄金屋，书中自有颜如玉。
4楼2012-01-19 12:48:13
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
大家好，怎么快捷删除自己的帖子呢》？

[ Last edited by longytu on 2012-4-3 at 08:23 ]
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5楼2012-03-23 19:20:17
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PSA

专家顾问 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zh1987hs: 金币+3, 谢谢PSA姐~~~ 2012-11-17 15:51:05
引用回帖:
607598楼: Originally posted by 绿茶QJM at 2010-12-06 11:32:43
看到AUTODOCK主页新出了个软件，VINA，想学学如何用，按照VIDEO教程走的，在命令窗口中最后一步执行TXT文件时，出现：Error:could not open "conf.txt" for reading

      我亦是按照原版教程上输入， ...

今天碰到了同样问题！好，说下我的方法！
1. 可能是你在命名txt文件时，你也按照viedo上是conf.txt，那么你的这个文件名应该是conf.txt而不是conf（PS:其实命名时不要多加那个.txt，它本身就是txt文件啦）
2. 要在cmd中切换你的当前工作目录是你的配体、蛋白和txt文件中的那个目录下，然后再执行相应的vina程序。
供参考！
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6楼2012-11-16 16:36:30
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Ancker

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by PSA at 2012-11-16 16:36:30
今天碰到了同样问题！好，说下我的方法！
1. 可能是你在命名txt文件时，你也按照viedo上是conf.txt，那么你的这个文件名应该是conf.txt而不是conf（PS:其实命名时不要多加那个.txt，它本身就是txt文件啦）
2. 要 ...

您好，我用vina是按照视频操作的显示unknown option all，是什么原因啊？谢谢
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

zhaocheng76
7楼2017-03-08 16:18:28
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zhaocheng76

新虫 (初入文坛)
★
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送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by Ancker at 2017-03-08 16:18:28
您好，我用vina是按照视频操作的显示unknown option all，是什么原因啊？谢谢...

我也发现这样的问题，你解决了吗
【求助】autodock vina 输入命令报无法读取



发自小木虫IOS客户端
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8楼2017-03-19 19:12:52
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Ancker

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by zhaocheng76 at 2017-03-19 19:12:52
我也发现这样的问题，你解决了吗

...

把txt里面的all=那一行去掉
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9楼2017-03-20 21:23:48
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