应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock对接的氢键
81/1返回列表
查看: 1982  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

柯艳萍

铜虫 (初入文坛)

[求助] autodock对接的氢键 已有2人参与

在用autodock做对接时，对接结果中配体NAD+和受体丙氨酸脱氢酶之间的氢键很少（就2、3个），感觉不合理，应该怎么办？请高手指教，谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-03-31 20:36:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-31 21:42:08
柯艳萍: 金币+5, ★有帮助 2014-03-31 22:31:34
本帖内容被屏蔽
2楼2014-03-31 21:39:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

柯艳萍

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-03-31 21:39:08
对接这东西只能提供初始的猜测位置
要得到合理的位置需要做动力学模拟

谢谢啊，本人是新手，很水，请问怎么做动力学模拟啊
赞一下 回复此楼
3楼2014-03-31 22:31:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

arthurii

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
柯艳萍: 金币+10 2014-04-12 08:11:43
如2楼所说，对接是一个粗略结果。如果你计算出来的跟原晶体结构等实验结果相距较多，那说明用的对接体系与你的目标分子不是太合适，你可以更换几个不同的对接软件比较一下。或者你可以检查一下你autodock准备分子时候的电荷有没有什么问题，还有NAD+与酶口袋的构象，是不是不合适。软件对接从初始构象开始，你初始的NAD+的构象不对，结果也会不好，建议你可以把那几个能量能垒的数值调高，然后多用几个不同的构象做对接，比较一下。
动力学的结果更精确，但时间比对接长，最好能够把对接先优化好，有一个好的起始构象再开始动力学。
赞一下 回复此楼
4楼2014-04-12 01:02:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

柯艳萍

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by arthurii at 2014-04-12 01:02:07
如2楼所说，对接是一个粗略结果。如果你计算出来的跟原晶体结构等实验结果相距较多，那说明用的对接体系与你的目标分子不是太合适，你可以更换几个不同的对接软件比较一下。或者你可以检查一下你autodock准备分子时 ...

如何调高能垒啊?我直接从网站上下载NAD的pdb文件进行对接的，应该如何对它进行处理？用什么软件？本人是新手，很多不懂，谢谢

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
5楼2014-04-12 08:21:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流 2014-04-13 09:31:42
引用回帖:
5楼: Originally posted by 柯艳萍 at 2014-04-12 08:21:21
如何调高能垒啊?我直接从网站上下载NAD的pdb文件进行对接的，应该如何对它进行处理？用什么软件？本人是新手，很多不懂，谢谢
...

我的说法其实有点问题，也不叫能垒吧，在docking文件的paramater里面，把energy evaluations，generations，还有runs的数量提高。Torin tree里面检查结构的转动状态有没有错误。你下NAD的pdb是跟其他结构结合的晶体，还是化合物单独的晶体？如果跟其他蛋白的复合物，那你最好重新输入一下结构，例如用Gauss view画一下结构，再优化一下，看你这个项目是只做NAD的样子，虽然花点时间，但是就一个也没啥关系了。
赞一下 回复此楼
6楼2014-04-12 10:45:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

柯艳萍

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by arthurii at 2014-04-12 10:45:36
我的说法其实有点问题，也不叫能垒吧，在docking文件的paramater里面，把energy evaluations，generations，还有runs的数量提高。Torin tree里面检查结构的转动状态有没有错误。你下NAD的pdb是跟其他结构结合的晶体 ...

我下的是化合物单独的结构，在torin tree设置柔性键时有什么依据啊?谢谢

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
7楼2014-04-13 08:09:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

arthurii

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

单双键罗，NAD你看看那些可以旋转的单键有没有被固定的，具体的你得参考文献对NAD对接与立体结构特征的一些研究。
赞一下 回复此楼
8楼2014-04-13 20:48:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 柯艳萍 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 281求调剂（0805） +6 烟汐忆海 2026-03-16 16/800 2026-03-19 00:59 by 烟汐忆海
[考研] 一志愿天大材料与化工（085600）总分338 +4 蔡大美女 2026-03-13 4/200 2026-03-18 22:47 by walc
[考研] 求材料调剂 +8 隔壁陈先生 2026-03-12 8/400 2026-03-18 22:19 by li123456789.
[考研] 【同济软件】软件（085405）考研求调剂 +3 2026eternal 2026-03-18 3/150 2026-03-18 19:09 by 搏击518
[考研] 312求调剂 +8 陌宸希 2026-03-16 9/450 2026-03-18 12:39 by Linda Hu
[考研] 299求调剂 +5 △小透明* 2026-03-17 5/250 2026-03-18 11:49 by 尽舜尧1
[考研] 环境工程调剂 +8 大可digkids 2026-03-16 8/400 2026-03-18 09:36 by zhukairuo
[考研] 268求调剂 +7 好运连绵不绝 2026-03-12 8/400 2026-03-17 20:28 by xilongliang
[考研] 085601求调剂 +4 Du.11 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:08 by ruiyingmiao
[考研] 材料与化工专硕调剂 +5 heming3743 2026-03-16 5/250 2026-03-17 14:03 by 勇敢太监王公公
[考研] 302求调剂 +4 小贾同学123 2026-03-15 8/400 2026-03-17 10:33 by 小贾同学123
[考研] 一志愿，福州大学材料专硕339分求调剂 +3 木子momo青争 2026-03-15 3/150 2026-03-17 07:52 by laoshidan
[考研] 一志愿华中师范071000，325求调剂 +6 RuitingC 2026-03-12 6/300 2026-03-16 14:50 by 可淡不可忘
[考研] 070303 总分349求调剂 +3 LJY9966 2026-03-15 5/250 2026-03-16 14:24 by xwxstudy
[考研] 0856专硕279求调剂 +5 加油加油！? 2026-03-15 5/250 2026-03-15 11:58 by 2020015
[考研] 289求调剂 +4 这么名字咋样 2026-03-14 6/300 2026-03-14 18:58 by userper
[考研] 材料与化工求调剂一志愿 985 总分 295 +8 dream…… 2026-03-12 8/400 2026-03-13 22:17 by 星空星月
[考研] 考研调剂 +4 芬达46 2026-03-12 4/200 2026-03-13 16:04 by ruiyingmiao
[考研] 307求调剂 +5 超级伊昂大王 2026-03-12 5/250 2026-03-13 15:56 by 棒棒球手
[考研] 290求调剂 +3 ADT 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:19 by peike
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭