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autodock对接的氢键 已有2人参与
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| 在用autodock做对接时，对接结果中配体NAD+和受体丙氨酸脱氢酶之间的氢键很少（就2、3个），感觉不合理，应该怎么办？请高手指教，谢谢 |
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柯艳萍: 金币+5, ★有帮助 2014-03-31 22:31:34
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2楼2014-03-31 21:39:08
3楼2014-03-31 22:31:15
arthurii
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【答案】应助回帖
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柯艳萍: 金币+10 2014-04-12 08:11:43
柯艳萍: 金币+10 2014-04-12 08:11:43
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如2楼所说，对接是一个粗略结果。如果你计算出来的跟原晶体结构等实验结果相距较多，那说明用的对接体系与你的目标分子不是太合适，你可以更换几个不同的对接软件比较一下。或者你可以检查一下你autodock准备分子时候的电荷有没有什么问题，还有NAD+与酶口袋的构象，是不是不合适。软件对接从初始构象开始，你初始的NAD+的构象不对，结果也会不好，建议你可以把那几个能量能垒的数值调高，然后多用几个不同的构象做对接，比较一下。 动力学的结果更精确，但时间比对接长，最好能够把对接先优化好，有一个好的起始构象再开始动力学。 |
4楼2014-04-12 01:02:07
5楼2014-04-12 08:21:21
arthurii
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7楼2014-04-13 08:09:32
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8楼2014-04-13 20:48:20