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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求助 Autodock 氢键能的问题
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工大新生

银虫 (正式写手)

[求助] 求助 Autodock 氢键能的问题

各位大神麻烦了，使用Autodock 对接小分子与DNA，如何查看对接后的氢键能，只看到了范德华力，疏水作用力和氢键力的总和，如果单独看到氢键能?
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1楼 2013-08-03 12:00:02
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aspect3000

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
对接文件里没有吗？
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2楼2013-08-04 16:03:52
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aspect3000

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

在结果分析里面，导入大分子和对接的结果后，show interaction （显示相互作用）就会出现了，详情请阅读autodock说明书（百度也有中文教程）。
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3楼2013-08-04 16:04:34
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工大新生

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by aspect3000 at 2013-08-04 16:04:34
在结果分析里面，导入大分子和对接的结果后，show interaction （显示相互作用）就会出现了，详情请阅读autodock说明书（百度也有中文教程）。

点击 docking--- show interactions 然后也没有发现啊
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4楼2013-08-04 20:29:03
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工大新生

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by aspect3000 at 2013-08-04 16:04:34
在结果分析里面，导入大分子和对接的结果后，show interaction （显示相互作用）就会出现了，详情请阅读autodock说明书（百度也有中文教程）。

是Autodock 4.0 吗？
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5楼2013-08-04 20:29:19
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用写字板打开dlg文件，查看里面的能量参数！
show interaction 可以显示图片的距离
如果真找不到氢键，可能你的配体与受体根本就没有形成氢键
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6楼2013-08-05 20:58:45
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工大新生

银虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by longytu at 2013-08-05 20:58:45
用写字板打开dlg文件，查看里面的能量参数！
show interaction 可以显示图片的距离
如果真找不到氢键，可能你的配体与受体根本就没有形成氢键

dlg里面是有vdw+H-bond的能量之和，但是我希望可以看到单独的H键能
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7楼2013-08-08 19:13:30
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工大新生

银虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by longytu at 2013-08-05 20:58:45
用写字板打开dlg文件，查看里面的能量参数！
show interaction 可以显示图片的距离
如果真找不到氢键，可能你的配体与受体根本就没有形成氢键

不好意思，还有一个问题是我在打开dlg文件之后打开大分子，大分子显示不出来是怎么一回事？
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8楼2013-08-08 19:14:38
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