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工大新生

银虫 (正式写手)

[求助] 求助 Autodock 氢键能的问题

各位大神麻烦了,使用Autodock 对接小分子与DNA,如何查看对接后的氢键能,只看到了范德华力,疏水作用力和氢键力的总和,如果单独看到氢键能?
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aspect3000

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
对接文件里没有吗?
2楼2013-08-04 16:03:52
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aspect3000

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

在结果分析里面,导入大分子和对接的结果后,show interaction (显示相互作用)就会出现了,详情请阅读autodock说明书(百度也有中文教程)。
3楼2013-08-04 16:04:34
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工大新生

银虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by aspect3000 at 2013-08-04 16:04:34
在结果分析里面,导入大分子和对接的结果后,show interaction (显示相互作用)就会出现了,详情请阅读autodock说明书(百度也有中文教程)。

点击 docking--- show interactions 然后也没有发现啊
4楼2013-08-04 20:29:03
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工大新生

银虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by aspect3000 at 2013-08-04 16:04:34
在结果分析里面,导入大分子和对接的结果后,show interaction (显示相互作用)就会出现了,详情请阅读autodock说明书(百度也有中文教程)。

是Autodock 4.0 吗?
5楼2013-08-04 20:29:19
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
用写字板打开dlg文件,查看里面的能量参数!
show interaction 可以显示图片的距离
如果真找不到氢键,可能你的配体与受体根本就没有形成氢键
6楼2013-08-05 20:58:45
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工大新生

银虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by longytu at 2013-08-05 20:58:45
用写字板打开dlg文件,查看里面的能量参数!
show interaction 可以显示图片的距离
如果真找不到氢键,可能你的配体与受体根本就没有形成氢键

dlg里面是有vdw+H-bond的能量之和,但是我希望可以看到单独的H键能
7楼2013-08-08 19:13:30
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工大新生

银虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by longytu at 2013-08-05 20:58:45
用写字板打开dlg文件,查看里面的能量参数!
show interaction 可以显示图片的距离
如果真找不到氢键,可能你的配体与受体根本就没有形成氢键

不好意思,还有一个问题是我在打开dlg文件之后打开大分子,大分子显示不出来是怎么一回事?
8楼2013-08-08 19:14:38
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