| 查看: 1926 | 回复: 7 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
autodock对接的氢键 已有2人参与
|
||
| 在用autodock做对接时，对接结果中配体NAD+和受体丙氨酸脱氢酶之间的氢键很少（就2、3个），感觉不合理，应该怎么办？请高手指教，谢谢 |
回复此楼» 猜你喜欢
论文终于录用啦！满足毕业条件了
已经有12人回复
-
2025年遐想
已经有4人回复
-
投稿Elsevier的杂志（返修），总是在选择OA和subscription界面被踢皮球
已经有8人回复
-
求个博导看看
已经有18人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- autodock柔性对接
已经有5人回复
- Autodock对接构象准确性的评价——RMSD
已经有10人回复
- AutoDock怎么分析大分子与小分子之间的结合能
已经有7人回复
- 求助 Autodock 氢键能的问题
已经有7人回复
- autodock对接时蛋白的处理问题
已经有6人回复
- Pymol分析对接后的pdb文件
已经有6人回复
- sybyl做分子对接，画的小分子对接不成功
已经有16人回复
- autodock的安装
已经有10人回复
- 用autodock做对接，box设置无法包括受体活性区域和配体
已经有6人回复
- Autodock的操作流程---win下
已经有565人回复
- Autodock时 gridbox的参数怎么设置??
已经有18人回复
- 用AutoDock作分子对接前的小分子能量最小化问题
已经有6人回复
- Autodock对接构象有问题，请教
已经有7人回复
- 【求助】autodock vina 输入命令报无法读取
已经有8人回复
- 【求助】求助：怎样将Autodock做出来的对接图保存成pdb格式？谢谢
已经有12人回复
- 【求助】autodock 如何对含金属化合物的分子做对接
已经有8人回复
- 【原创】AutoDock使用笔记总结－原创始发
已经有32人回复
arthurii
木虫 (正式写手)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 3025.8
- 红花: 2
- 帖子: 902
- 在线: 207.3小时
- 虫号: 816600
- 注册: 2009-07-27
- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
柯艳萍: 金币+10 2014-04-12 08:11:43
柯艳萍: 金币+10 2014-04-12 08:11:43
|
如2楼所说，对接是一个粗略结果。如果你计算出来的跟原晶体结构等实验结果相距较多，那说明用的对接体系与你的目标分子不是太合适，你可以更换几个不同的对接软件比较一下。或者你可以检查一下你autodock准备分子时候的电荷有没有什么问题，还有NAD+与酶口袋的构象，是不是不合适。软件对接从初始构象开始，你初始的NAD+的构象不对，结果也会不好，建议你可以把那几个能量能垒的数值调高，然后多用几个不同的构象做对接，比较一下。 动力学的结果更精确，但时间比对接长，最好能够把对接先优化好，有一个好的起始构象再开始动力学。 |
4楼2014-04-12 01:02:07
arthurii
木虫 (正式写手)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 3025.8
- 红花: 2
- 帖子: 902
- 在线: 207.3小时
- 虫号: 816600
- 注册: 2009-07-27
- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
6楼2014-04-12 10:45:36
arthurii
木虫 (正式写手)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 3025.8
- 红花: 2
- 帖子: 902
- 在线: 207.3小时
- 虫号: 816600
- 注册: 2009-07-27
- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
8楼2014-04-13 20:48:20