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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock对接的氢键
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柯艳萍

铜虫 (初入文坛)

[求助] autodock对接的氢键 已有2人参与

在用autodock做对接时，对接结果中配体NAD+和受体丙氨酸脱氢酶之间的氢键很少（就2、3个），感觉不合理，应该怎么办？请高手指教，谢谢
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1楼 2014-03-31 20:36:19
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smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-31 21:42:08
柯艳萍: 金币+5, ★有帮助 2014-03-31 22:31:34
本帖内容被屏蔽
2楼2014-03-31 21:39:08
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柯艳萍

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-03-31 21:39:08
对接这东西只能提供初始的猜测位置
要得到合理的位置需要做动力学模拟

谢谢啊，本人是新手，很水，请问怎么做动力学模拟啊
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3楼2014-03-31 22:31:15
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arthurii

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
柯艳萍: 金币+10 2014-04-12 08:11:43
如2楼所说，对接是一个粗略结果。如果你计算出来的跟原晶体结构等实验结果相距较多，那说明用的对接体系与你的目标分子不是太合适，你可以更换几个不同的对接软件比较一下。或者你可以检查一下你autodock准备分子时候的电荷有没有什么问题，还有NAD+与酶口袋的构象，是不是不合适。软件对接从初始构象开始，你初始的NAD+的构象不对，结果也会不好，建议你可以把那几个能量能垒的数值调高，然后多用几个不同的构象做对接，比较一下。
动力学的结果更精确，但时间比对接长，最好能够把对接先优化好，有一个好的起始构象再开始动力学。
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4楼2014-04-12 01:02:07
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柯艳萍

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by arthurii at 2014-04-12 01:02:07
如2楼所说，对接是一个粗略结果。如果你计算出来的跟原晶体结构等实验结果相距较多，那说明用的对接体系与你的目标分子不是太合适，你可以更换几个不同的对接软件比较一下。或者你可以检查一下你autodock准备分子时 ...

如何调高能垒啊?我直接从网站上下载NAD的pdb文件进行对接的，应该如何对它进行处理？用什么软件？本人是新手，很多不懂，谢谢

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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5楼2014-04-12 08:21:21
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arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流 2014-04-13 09:31:42
引用回帖:
5楼: Originally posted by 柯艳萍 at 2014-04-12 08:21:21
如何调高能垒啊?我直接从网站上下载NAD的pdb文件进行对接的，应该如何对它进行处理？用什么软件？本人是新手，很多不懂，谢谢
...

我的说法其实有点问题，也不叫能垒吧，在docking文件的paramater里面，把energy evaluations，generations，还有runs的数量提高。Torin tree里面检查结构的转动状态有没有错误。你下NAD的pdb是跟其他结构结合的晶体，还是化合物单独的晶体？如果跟其他蛋白的复合物，那你最好重新输入一下结构，例如用Gauss view画一下结构，再优化一下，看你这个项目是只做NAD的样子，虽然花点时间，但是就一个也没啥关系了。
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6楼2014-04-12 10:45:36
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柯艳萍

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by arthurii at 2014-04-12 10:45:36
我的说法其实有点问题，也不叫能垒吧，在docking文件的paramater里面，把energy evaluations，generations，还有runs的数量提高。Torin tree里面检查结构的转动状态有没有错误。你下NAD的pdb是跟其他结构结合的晶体 ...

我下的是化合物单独的结构，在torin tree设置柔性键时有什么依据啊?谢谢

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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7楼2014-04-13 08:09:32
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arthurii

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

单双键罗，NAD你看看那些可以旋转的单键有没有被固定的，具体的你得参考文献对NAD对接与立体结构特征的一些研究。
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8楼2014-04-13 20:48:20
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