| 查看: 3190 | 回复: 4 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
a356926674金虫 (小有名气)
|
[求助]
关于autodock vina对接的conf.txt写法 已有2人参与
|
|
|
我准备好了受体和配体的pdbqt文件，受体命名为3MQ1.pdbqt,配体是11.pdbqt然后conf.txt里写的程序如下 receptor = /Program Files/The Scripps Research Institute/Vina/3MQ1.pdbqt ligand = /Program Files/The Scripps Research Institute/Vina/11.pdbqt out = /Program Files/The Scripps Research Institute/Vina/all_modes.pdbqt center_x = 37.5 center_y = 45.9 center_z = 78.1 size_x = 64 size_y = 68 size_z = 96 然后我在cmd里输入c:\users\Adminstrator>"\Program Files\The Scripps Research Institute\Vina\vina.exe" --config conf.txt --log log.txt 就出现Error：could not open “conf.txt” for reading 我直接在命令行里输入，就会出现不能打开3MQ1。pdbqt文件，这个是以蛋白命名，能在蛋白库里搜到，会的帮我看看，谢谢了 |
回复此楼» 猜你喜欢
070300化学 求调剂
已经有12人回复
-
化工求调剂！
已经有32人回复
-
291 求调剂
已经有6人回复
-
297求调剂
已经有23人回复
-
283求调剂，工科！
已经有6人回复
-
266求调剂
已经有22人回复
-
287求调剂
已经有18人回复
-
300求调剂
已经有6人回复
-
282，求调剂
已经有3人回复
-
071000生物学调剂求助
已经有8人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- autodock对接的氢键
已经有7人回复
- 最近在研究autodock.....怎能弄都搞不出来，求大神看看什么原因
已经有21人回复
- autodock柔性对接
已经有5人回复
- 各位虫友，请问用SWISS模拟出酶结构后，怎么确定酶的活性位点呢？
已经有5人回复
- Autodock对接构象准确性的评价——RMSD
已经有10人回复
- 请教关于AUTODOCK做虚i拟筛选的问题
已经有7人回复
- 用autodock对接，用什么软件定点突变蛋白质
已经有14人回复
- autodock对接时蛋白的处理问题
已经有6人回复
- Autodock中受体的准备
已经有14人回复
- 用autodock做对接，box设置无法包括受体活性区域和配体
已经有6人回复
- 用AutoDock对接的结合能较小，可能是什么原因？
已经有7人回复
- 用AutoDock作分子对接前的小分子能量最小化问题
已经有6人回复
- Autodock对接构象有问题，请教
已经有7人回复
- 【求助】高手求助,Autodock4 最后一步无法对接,弄了几天!
已经有7人回复
- 【求助】autodock vina 输入命令报无法读取
已经有8人回复
- 【求助】求助：怎样将Autodock做出来的对接图保存成pdb格式？谢谢
已经有12人回复
- 【求助】能够计算结合自由能的分子对接软件除了autodock还有哪些？
已经有7人回复
- 【求助】关于Autodock中Grid中的问题
已经有9人回复
- 【资源】PyRx-基于autodock的虚拟筛选软件
已经有31人回复
a356926674
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1138.2
- 散金: 30
- 红花: 1
- 帖子: 262
- 在线: 97.3小时
- 虫号: 1254484
- 注册: 2011-04-03
- 专业: 植物进化生物学
3楼2014-06-19 17:20:31
tbw258
铜虫 (初入文坛)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 183.5
- 散金: 10
- 帖子: 44
- 在线: 36.3小时
- 虫号: 2537455
- 注册: 2013-07-08
- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
2楼2014-06-19 09:43:14
tbw258
铜虫 (初入文坛)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 183.5
- 散金: 10
- 帖子: 44
- 在线: 36.3小时
- 虫号: 2537455
- 注册: 2013-07-08
- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
4楼2014-06-20 12:45:12
5楼2014-10-14 15:33:37
5