24小时热门版块排行榜    

查看: 3142  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

a356926674

金虫 (小有名气)

[求助] 关于autodock vina对接的conf.txt写法 已有2人参与

我准备好了受体和配体的pdbqt文件,受体命名为3MQ1.pdbqt,配体是11.pdbqt然后conf.txt里写的程序如下
receptor = /Program Files/The Scripps Research Institute/Vina/3MQ1.pdbqt
ligand = /Program Files/The Scripps Research Institute/Vina/11.pdbqt

out = /Program Files/The Scripps Research Institute/Vina/all_modes.pdbqt


center_x = 37.5
center_y = 45.9
center_z = 78.1
size_x = 64
size_y = 68
size_z = 96

然后我在cmd里输入c:\users\Adminstrator>"\Program Files\The Scripps Research Institute\Vina\vina.exe" --config conf.txt --log log.txt
就出现Error:could not open “conf.txt” for reading
我直接在命令行里输入,就会出现不能打开3MQ1。pdbqt文件,这个是以蛋白命名,能在蛋白库里搜到,会的帮我看看,谢谢了
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

Nothingisimpossible
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tbw258

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-06-21 14:03:37
所以我建议你严格按照教程依葫芦画瓢呗, 熟练了在该 例外你的 .txt放的位置对不对
我来了~~
4楼2014-06-20 12:45:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

tbw258

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-06-19 14:54:34
你确定你是按教程来的?  VINA大家都用老了,你这样写是不是太繁琐了 空格什么的一个不能有 你看看
我来了~~
2楼2014-06-19 09:43:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

a356926674

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by tbw258 at 2014-06-19 09:43:14
你确定你是按教程来的?  VINA大家都用老了,你这样写是不是太繁琐了 空格什么的一个不能有 你看看

。。。没问题的 ,问题是我不在txt里写告诉我出现的最后error是什么问题
Nothingisimpossible
3楼2014-06-19 17:20:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alicew

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

路径问题,VINA找不到文件。建议把文件当到当前目录下,不要写相对路径。
5楼2014-10-14 15:33:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0856调剂,是学校就去 +8 sllhht 2026-03-19 9/450 2026-03-20 14:25 by 无懈可击111
[考研] 286分人工智能专业请求调剂愿意跨考! +3 lemonzzn 2026-03-17 4/200 2026-03-20 11:04 by lemonzzn
[考研] 288求调剂 +15 于海海海海 2026-03-19 15/750 2026-03-19 22:41 by 学员8dgXkO
[考研] 梁成伟老师课题组欢迎你的加入 +9 一鸭鸭哟 2026-03-14 11/550 2026-03-19 17:22 by !本暗一次!
[考研] 一志愿中海洋材料工程专硕330分求调剂 +7 小材化本科 2026-03-18 7/350 2026-03-19 10:46 by Linda Hu
[考研] 311求调剂 +4 冬十三 2026-03-18 4/200 2026-03-18 21:47 by 尽舜尧1
[考研] 0854可跨调剂,一作一项核心论文五项专利,省、国级证书40+数一英一287 +8 小李0854 2026-03-16 8/400 2026-03-18 14:35 by 搏击518
[考研] 收复试调剂生 +4 雨后秋荷 2026-03-18 4/200 2026-03-18 14:16 by elevennnne
[考研] 070300化学319求调剂 +6 锦鲤0909 2026-03-17 6/300 2026-03-18 13:22 by Iveryant
[考研] 材料,纺织,生物(0856、0710),化学招生啦 +3 Eember. 2026-03-17 9/450 2026-03-18 10:28 by Eember.
[考研] 268求调剂 +6 简单点0 2026-03-17 6/300 2026-03-18 09:04 by 无际的草原
[硕博家园] 湖北工业大学 生命科学与健康学院-课题组招收2026级食品/生物方向硕士 +3 1喜春8 2026-03-17 5/250 2026-03-17 17:18 by ber川cool子
[考研] 材料与化工专硕调剂 +5 heming3743 2026-03-16 5/250 2026-03-17 14:03 by 勇敢太监王公公
[考研] 材料工程专硕274一志愿211求调剂 +6 薛云鹏 2026-03-15 6/300 2026-03-17 11:05 by 学员h26Tkc
[考研] 070303 总分349求调剂 +3 LJY9966 2026-03-15 5/250 2026-03-16 14:24 by xwxstudy
[考研] 326求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-15 3/150 2026-03-16 07:33 by Iveryant
[考研] 22408总分284求调剂 +3 InAspic 2026-03-13 3/150 2026-03-15 11:10 by zhq0425
[考研] 297一志愿上交085600求调剂 +5 指尖八千里 2026-03-14 5/250 2026-03-14 17:26 by a不易
[考研] 复试调剂 +3 呼呼?~+123456 2026-03-14 3/150 2026-03-14 16:53 by WTUChen
[考研] 招收0805(材料)调剂 +3 18595523086 2026-03-13 3/150 2026-03-14 00:33 by 123%、
信息提示
请填处理意见