24小时热门版块排行榜    

查看: 3391  |  回复: 4

a356926674

金虫 (小有名气)

[求助] 关于autodock vina对接的conf.txt写法 已有2人参与

我准备好了受体和配体的pdbqt文件,受体命名为3MQ1.pdbqt,配体是11.pdbqt然后conf.txt里写的程序如下
receptor = /Program Files/The Scripps Research Institute/Vina/3MQ1.pdbqt
ligand = /Program Files/The Scripps Research Institute/Vina/11.pdbqt

out = /Program Files/The Scripps Research Institute/Vina/all_modes.pdbqt


center_x = 37.5
center_y = 45.9
center_z = 78.1
size_x = 64
size_y = 68
size_z = 96

然后我在cmd里输入c:\users\Adminstrator>"\Program Files\The Scripps Research Institute\Vina\vina.exe" --config conf.txt --log log.txt
就出现Error:could not open “conf.txt” for reading
我直接在命令行里输入,就会出现不能打开3MQ1。pdbqt文件,这个是以蛋白命名,能在蛋白库里搜到,会的帮我看看,谢谢了
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

Nothingisimpossible
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tbw258

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-06-19 14:54:34
你确定你是按教程来的?  VINA大家都用老了,你这样写是不是太繁琐了 空格什么的一个不能有 你看看
我来了~~
2楼2014-06-19 09:43:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

a356926674

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by tbw258 at 2014-06-19 09:43:14
你确定你是按教程来的?  VINA大家都用老了,你这样写是不是太繁琐了 空格什么的一个不能有 你看看

。。。没问题的 ,问题是我不在txt里写告诉我出现的最后error是什么问题
Nothingisimpossible
3楼2014-06-19 17:20:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tbw258

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-06-21 14:03:37
所以我建议你严格按照教程依葫芦画瓢呗, 熟练了在该 例外你的 .txt放的位置对不对
我来了~~
4楼2014-06-20 12:45:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alicew

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

路径问题,VINA找不到文件。建议把文件当到当前目录下,不要写相对路径。
5楼2014-10-14 15:33:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 a356926674 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 u1xkze8ybe 2026-07-30 7/350 2026-07-31 12:10 by syhhffkrym
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 u1xkze8ybe 2026-07-30 3/150 2026-07-31 12:08 by syhhffkrym
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 u1xkze8ybe 2026-07-30 6/300 2026-07-31 12:05 by syhhffkrym
[教师之家] 基础研究怎么拉横向,学校到款任务越来越多,难以完成 拉横向,都有哪些途径啊 +6 锦衣卫寒战 2026-07-28 6/300 2026-07-31 11:27 by syl200707
[高分子] HXDI做水性聚氨酯乳液,是不是特别容易出渣 15+3 yuyusuv 2026-07-29 3/150 2026-07-31 09:21 by huizingga
[基金申请] 小木虫看见有人已经知道结果了 +15 1234567wang 2026-07-25 19/950 2026-07-31 08:30 by ZJTJZ
[基金申请] 2026年国自然面上资助率 +8 布布和一二 2026-07-30 8/400 2026-07-31 01:51 by alongwaytogo
[基金申请] 系统今天又提示维护了,估计离放榜不远了 +11 winnerche 2026-07-29 15/750 2026-07-30 23:08 by jnhyjjm
[基金申请] 微信指数没变化,科研之友没阅读 +14 wangze12014 2026-07-28 17/850 2026-07-30 20:10 by kissu88
[考博] 申请2027年材料/化学类博士 10+3 考研老狗? 2026-07-25 5/250 2026-07-30 19:33 by 白色木鱼
[基金申请] 你们的时间戳变了吗 +3 archvillain 2026-07-30 4/200 2026-07-30 18:53 by levinzhwen
[基金申请] 今年的WR进展到哪一步了? +5 wsgjhwz 2026-07-25 9/450 2026-07-30 12:59 by 可淡不可忘
[有机交流] 产物和副产物价值比较 30+4 小汤02 2026-07-27 5/250 2026-07-30 12:44 by czyzsu
[基金申请] 时间戳他又来了 +14 晓晓爱翠翠 2026-07-26 17/850 2026-07-29 16:30 by 呵呵二哥
[有机交流] 这个自发加氧反应的机理是什么? 50+4 YUAN2273 2026-07-25 7/350 2026-07-29 12:27 by xiaobenpu
[基金申请] 没消息就是被刷了呗 +13 lambert2014 2026-07-24 14/700 2026-07-29 10:38 by msh145800
[基金申请] 这种情况还有戏吗 +5 drbart 2026-07-27 11/550 2026-07-29 05:50 by drbart
[基金申请] 同事接到电话了,我却没有 +4 1234567wang 2026-07-27 4/200 2026-07-28 10:11 by GOODLUCKER
[基金申请] 准备明年的基金了 +5 Tide man 2026-07-27 5/250 2026-07-28 09:25 by newfuzzy1
[分析] 水蒸气蒸馏法乳化现象 +3 月光娇娇 2026-07-26 3/150 2026-07-26 23:25 by caiyun
信息提示
请填处理意见