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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock柔性对接缺少MAP文件相关问题
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liutingtina

木虫 (小有名气)

[求助] autodock柔性对接缺少MAP文件相关问题 已有2人参与

grid之前都很顺利，不过在dock的时候说是缺少SA.map文件，具体的见图
哪位大侠能帮帮我，不胜感激！！

autodock柔性对接缺少MAP文件相关问题
grid.gpf.png
autodock柔性对接缺少MAP文件相关问题-1
autodock-sorry.png
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1楼 2014-07-31 08:33:56
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
liutingtina: 金币+1 2014-08-06 10:20:23
liutingtina: 金币+1 2014-10-30 16:18:42
重新构建盒子试试
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2楼2014-07-31 21:10:52
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liutingtina

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2014-07-31 21:10:52
重新构建盒子试试

试过了，没用还是一样的！
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3楼2014-08-01 10:27:50
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zurich190

新虫 (初入文坛)
在gpf文件里面的原子类型中添加SA，然后再用autogrid命令生成grid文件。这个错误是因为你的配体中含有S，但是gpf文件中默认的原子类型不包括SA。

不建议用autodock，可以试试vina，无需预先生成grid文件，计算速度是autodock的10倍到100倍，准确度提高了一倍到80%。

也可以试试LeDock（http://lephar.com），计算速度与vina相当，不过更准确，使用更为简便（无需将配体Mol2转换成pdbqt文件，输出时含有所有的氢原子），有windows下的图形界面，免安装。BioMS论坛（http://bioms.org）上有个LeDock专区，有不少介绍使用的帖子。
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4楼2014-08-02 18:06:31
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liutingtina

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zurich190 at 2014-08-02 18:06:31
在gpf文件里面的原子类型中添加SA，然后再用autogrid命令生成grid文件。这个错误是因为你的配体中含有S，但是gpf文件中默认的原子类型不包括SA。

不建议用autodock，可以试试vina，无需预先生成grid文件，计算速 ...

谢谢！
在gpf文件里面的原子类型中添加SA，具体要怎么操作啊？
我的配体中没有S原子。
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5楼2014-08-04 09:26:05
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zurich190

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by liutingtina at 2014-08-04 09:26:05
谢谢！
在gpf文件里面的原子类型中添加SA，具体要怎么操作啊？
我的配体中没有S原子。...

在你gpf文件里面有一行ligand_types A C NA ...

如果你是用autodock tools在你生成gpf文件时候，可以选择添加原子类型。也可以直接用记事本打开这个gpf参数文件，在这一行里面直接添加。

如果你的配体含有Cl、Br等其它原子，把这些原子类型一起都加进去。

如果你配体没有S，运行autodock还要SA的map文件，这就很奇怪了。仔细查查吧。
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6楼2014-08-04 17:18:57
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liutingtina

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by zurich190 at 2014-08-04 17:18:57
在你gpf文件里面有一行ligand_types A C NA ...

如果你是用autodock tools在你生成gpf文件时候，可以选择添加原子类型。也可以直接用记事本打开这个gpf参数文件，在这一行里面直接添加。

如果你的配体含有Cl ...

好的，谢谢！
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7楼2014-08-05 10:31:49
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聂安政521

新虫 (初入文坛)
# atom-specific affinity mapmap 3top.SA.map  
把这一行粘进dpf文件中去
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8楼2014-10-29 16:19:12
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聂安政521

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
liutingtina: 金币+5, ★有帮助 2014-10-30 16:19:17
自己按上面HD文件的编一个SA代码，再生成 一次
autodock柔性对接缺少MAP文件相关问题-2
}@8ARO88AST)Z7QRJ}37Y3W.jpg


autodock柔性对接缺少MAP文件相关问题-3
}@8ARO88AST)Z7QRJ}37Y3W.jpg
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9楼2014-10-29 16:28:38
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