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autodock柔性对接缺少MAP文件相关问题 已有2人参与
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grid之前都很顺利，不过在dock的时候说是缺少SA.map文件，具体的见图 哪位大侠能帮帮我，不胜感激！！  grid.gpf.png  autodock-sorry.png |
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 AutoDock问题汇总 |
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2楼2014-07-31 21:10:52
3楼2014-08-01 10:27:50
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在gpf文件里面的原子类型中添加SA，然后再用autogrid命令生成grid文件。这个错误是因为你的配体中含有S，但是gpf文件中默认的原子类型不包括SA。 不建议用autodock，可以试试vina，无需预先生成grid文件，计算速度是autodock的10倍到100倍，准确度提高了一倍到80%。 也可以试试LeDock（http://lephar.com），计算速度与vina相当，不过更准确，使用更为简便（无需将配体Mol2转换成pdbqt文件，输出时含有所有的氢原子），有windows下的图形界面，免安装。BioMS论坛（http://bioms.org）上有个LeDock专区，有不少介绍使用的帖子。 |
4楼2014-08-02 18:06:31
5楼2014-08-04 09:26:05
6楼2014-08-04 17:18:57
7楼2014-08-05 10:31:49
8楼2014-10-29 16:19:12
9楼2014-10-29 16:28:38