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liutingtina

木虫 (小有名气)

[求助] autodock柔性对接缺少MAP文件相关问题 已有2人参与

grid之前都很顺利,不过在dock的时候说是缺少SA.map文件,具体的见图
哪位大侠能帮帮我,不胜感激!!

autodock柔性对接缺少MAP文件相关问题
grid.gpf.png
autodock柔性对接缺少MAP文件相关问题-1
autodock-sorry.png
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zurich190

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by liutingtina at 2014-08-04 09:26:05
谢谢!
在gpf文件里面的原子类型中添加SA,具体要怎么操作啊?
我的配体中没有S原子。...

在你gpf文件里面有一行ligand_types A C NA ...

如果你是用autodock tools在你生成gpf文件时候,可以选择添加原子类型。也可以直接用记事本打开这个gpf参数文件,在这一行里面直接添加。

如果你的配体含有Cl、Br等其它原子,把这些原子类型一起都加进去。

如果你配体没有S,运行autodock还要SA的map文件,这就很奇怪了。仔细查查吧。
6楼2014-08-04 17:18:57
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
liutingtina: 金币+1 2014-08-06 10:20:23
liutingtina: 金币+1 2014-10-30 16:18:42
重新构建盒子试试
2楼2014-07-31 21:10:52
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liutingtina

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2014-07-31 21:10:52
重新构建盒子试试

试过了,没用还是一样的!
3楼2014-08-01 10:27:50
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zurich190

新虫 (初入文坛)

在gpf文件里面的原子类型中添加SA,然后再用autogrid命令生成grid文件。这个错误是因为你的配体中含有S,但是gpf文件中默认的原子类型不包括SA。

不建议用autodock,可以试试vina,无需预先生成grid文件,计算速度是autodock的10倍到100倍,准确度提高了一倍到80%。

也可以试试LeDock(http://lephar.com),计算速度与vina相当,不过更准确,使用更为简便(无需将配体Mol2转换成pdbqt文件,输出时含有所有的氢原子),有windows下的图形界面,免安装。BioMS论坛(http://bioms.org)上有个LeDock专区,有不少介绍使用的帖子。
4楼2014-08-02 18:06:31
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