24小时热门版块排行榜    

查看: 2883  |  回复: 8
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

liutingtina

木虫 (小有名气)

[求助] autodock柔性对接缺少MAP文件相关问题 已有2人参与

grid之前都很顺利,不过在dock的时候说是缺少SA.map文件,具体的见图
哪位大侠能帮帮我,不胜感激!!

autodock柔性对接缺少MAP文件相关问题
grid.gpf.png
autodock柔性对接缺少MAP文件相关问题-1
autodock-sorry.png
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

AutoDock问题汇总

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zurich190

新虫 (初入文坛)

在gpf文件里面的原子类型中添加SA,然后再用autogrid命令生成grid文件。这个错误是因为你的配体中含有S,但是gpf文件中默认的原子类型不包括SA。

不建议用autodock,可以试试vina,无需预先生成grid文件,计算速度是autodock的10倍到100倍,准确度提高了一倍到80%。

也可以试试LeDock(http://lephar.com),计算速度与vina相当,不过更准确,使用更为简便(无需将配体Mol2转换成pdbqt文件,输出时含有所有的氢原子),有windows下的图形界面,免安装。BioMS论坛(http://bioms.org)上有个LeDock专区,有不少介绍使用的帖子。
4楼2014-08-02 18:06:31
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
liutingtina: 金币+1 2014-08-06 10:20:23
liutingtina: 金币+1 2014-10-30 16:18:42
重新构建盒子试试
2楼2014-07-31 21:10:52
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liutingtina

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2014-07-31 21:10:52
重新构建盒子试试

试过了,没用还是一样的!
3楼2014-08-01 10:27:50
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liutingtina

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zurich190 at 2014-08-02 18:06:31
在gpf文件里面的原子类型中添加SA,然后再用autogrid命令生成grid文件。这个错误是因为你的配体中含有S,但是gpf文件中默认的原子类型不包括SA。

不建议用autodock,可以试试vina,无需预先生成grid文件,计算速 ...

谢谢!
在gpf文件里面的原子类型中添加SA,具体要怎么操作啊?
我的配体中没有S原子。
5楼2014-08-04 09:26:05
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 cqwQDCxMcL3I 2026-09-29 4/200 2026-09-30 13:35 by C3vABopYbZJS
[有机交流] 同一个分子,一条来自文献,一条来自AI——不告诉你答案,你会选哪条? +4 tianxiaoxian 2026-09-28 7/350 2026-09-30 08:34 by 88817753
[博后之家] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-29 19:27 by cqwQDCxMcL3I
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 4/200 2026-09-29 16:54 by yCO1Ll7aHtsw
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 4/200 2026-09-29 16:37 by etmYJ6d2rquH
[硕博家园] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 16:03 by etmYJ6d2rquH
[考博] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-29 15:46 by etmYJ6d2rquH
[论文投稿] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 4/200 2026-09-29 15:15 by etmYJ6d2rquH
[博后之家] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-29 15:04 by etmYJ6d2rquH
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 6/300 2026-09-29 14:41 by etmYJ6d2rquH
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 3/150 2026-09-29 14:30 by etmYJ6d2rquH
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 3/150 2026-09-29 14:24 by etmYJ6d2rquH
[公派出国] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 5/250 2026-09-29 13:50 by etmYJ6d2rquH
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-29 09:59 by JzYBbHIXWSrW
[教师之家] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 4/200 2026-09-29 09:49 by JzYBbHIXWSrW
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-28 23:46 by b8fCuTHqckEt
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 3/150 2026-09-28 23:12 by b8fCuTHqckEt
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 22:55 by ez6fGg9abYaj
[论文投稿] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 3/150 2026-09-28 19:08 by 9lS3ad5oOymn
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 18:51 by 9lS3ad5oOymn
信息提示
请填处理意见