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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 模拟温度一直下不去，急！请教！！
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congtaiupc

金虫 (小有名气)

[求助] 模拟温度一直下不去，急！请教！！ 已有1人参与

小虫我最近在跑一个固液界面模型，温度设定为298k，可是Dynamic跑了有10几ps了，温度还是1000k以上。
以前的几个固液界面模型温度都能控制在298k附近，这个模型就不行了。在优化的基础上又优化，Dynamic
之后温度还是下不来，怎么办呢？

模拟温度一直下不去，急！请教！！
动力学参数.png


模拟温度一直下不去，急！请教！！-1
控温.png


模拟温度一直下不去，急！请教！！-2
温度.png
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用青春书写青春
1楼 2015-01-31 21:49:22
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
congtaiupc: 金币+30, ★★★很有帮助, 谢谢指导！ 2015-02-02 10:47:22
方法一，继续用Anderden恒温器的话，调节Collision ratio，调小试试。
方法二，换用Velocity Scale恒温器。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
2楼2015-02-01 17:10:55
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congtaiupc

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2015-02-01 17:10:55
方法一，继续用Anderden恒温器的话，调节Collision ratio，调小试试。
方法二，换用Velocity Scale恒温器。

版主，Andersen控温和Velocity Scale控温有什么原则上的区别吗？
平时默认的都是Andersen，Velocity Scale是控制实际温度和目标温度的差值在一定范围内，这样强制性控制我不知道合不合适？请指导下
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用青春书写青春
3楼2015-02-02 09:48:30
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by congtaiupc at 2015-02-02 09:48:30
版主，Andersen控温和Velocity Scale控温有什么原则上的区别吗？
平时默认的都是Andersen，Velocity Scale是控制实际温度和目标温度的差值在一定范围内，这样强制性控制我不知道合不合适？请指导下...

请参阅MS help文档 恒温器这一部分，毕竟官方教程比较权威。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
4楼2015-02-02 10:08:51
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congtaiupc

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 月只蓝 at 2015-02-02 10:08:51
请参阅MS help文档 恒温器这一部分，毕竟官方教程比较权威。...

版主，这是采用Nose控温方式，我用自己电脑试跑了1ps，看趋势是将温度控制在298k了。
我还想请教的是：这四种控温方式我们都可以试试，哪种比较理想就用哪种？因为我目前只用过默认的Andersen。（Help中只是对不同的控温方式介绍了，并没有展示应用的场合）
模拟温度一直下不去，急！请教！！-3
Nose控温.png
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用青春书写青春
5楼2015-02-02 11:27:15
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
congtaiupc(abinitio代发): 金币+20, 鼓励交流，正解 2015-02-02 21:45:15
引用回帖:
5楼: Originally posted by congtaiupc at 2015-02-02 11:27:15
版主，这是采用Nose控温方式，我用自己电脑试跑了1ps，看趋势是将温度控制在298k了。
我还想请教的是：这四种控温方式我们都可以试试，哪种比较理想就用哪种？因为我目前只用过默认的Andersen。（Help中只是对不同 ...

都试试，哪种温度波动最小，就用哪种吧。
VS一般常用于平衡系统，其余三个常用于数据采集阶段。
其实推荐你用Forcite模块，里面的NHL控温器比Nose更强大。不知道你用的是什么系统，如果win7的话，我个人的经验，跑MD 用Forcite会比用Discover快得不是一点两点，有兴趣，你可以在相同参数下，跑相同时间，用一样的核数比较试试。
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6楼2015-02-02 13:39:51
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congtaiupc

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 月只蓝 at 2015-02-02 13:39:51
都试试，哪种温度波动最小，就用哪种吧。
VS一般常用于平衡系统，其余三个常用于数据采集阶段。
其实推荐你用Forcite模块，里面的NHL控温器比Nose更强大。不知道你用的是什么系统，如果win7的话，我个人的经验， ...

谢谢！
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用青春书写青春
7楼2015-02-02 14:25:17
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awaken2013

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by congtaiupc at 2015-02-02 11:27:15
版主，这是采用Nose控温方式，我用自己电脑试跑了1ps，看趋势是将温度控制在298k了。
我还想请教的是：这四种控温方式我们都可以试试，哪种比较理想就用哪种？因为我目前只用过默认的Andersen。（Help中只是对不同 ...

Nose链法更适合已平衡德体系。
andersen随机法。没用过。感觉对生物体系不靠谱。gromacs上也不推荐。未平衡体系用v-rescale弱控温度效果比较好。rmsd基本1左右。
不知楼主体系如何，个人觉得模拟的时间太短了点吧（针对生物体系）
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8楼2015-02-03 18:01:04
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congtaiupc

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by awaken2013 at 2015-02-03 18:01:04
Nose链法更适合已平衡德体系。
andersen随机法。没用过。感觉对生物体系不靠谱。gromacs上也不推荐。未平衡体系用v-rescale弱控温度效果比较好。rmsd基本1左右。
不知楼主体系如何，个人觉得模拟的时间太短了点吧 ...

谢谢指教
我的体系全原子也只有7000多个原子，相比较生物大分子肯定差远了O(∩_∩)O。对，时间有些短，500ps只是个试算。
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用青春书写青春
9楼2015-02-04 08:42:03
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