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congtaiupc

金虫 (小有名气)

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[求助] 模拟温度一直下不去，急！请教！！已有1人参与

小虫我最近在跑一个固液界面模型，温度设定为298k，可是Dynamic跑了有10几ps了，温度还是1000k以上。
以前的几个固液界面模型温度都能控制在298k附近，这个模型就不行了。在优化的基础上又优化，Dynamic
之后温度还是下不来，怎么办呢？

动力学参数.png

控温.png

温度.png

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用青春书写青春

1楼 2015-01-31 21:49:22

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awaken2013

铜虫 (小有名气)

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引用回帖:

5楼: Originally posted by congtaiupc at 2015-02-02 11:27:15
版主，这是采用Nose控温方式，我用自己电脑试跑了1ps，看趋势是将温度控制在298k了。
我还想请教的是：这四种控温方式我们都可以试试，哪种比较理想就用哪种？因为我目前只用过默认的Andersen。（Help中只是对不同 ...

Nose链法更适合已平衡德体系。
andersen随机法。没用过。感觉对生物体系不靠谱。gromacs上也不推荐。未平衡体系用v-rescale弱控温度效果比较好。rmsd基本1左右。
不知楼主体系如何，个人觉得模拟的时间太短了点吧（针对生物体系）

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