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小朱大宝

新虫 (初入文坛)

[求助] PCR反应体系改变会导致电泳不出带吗已有2人参与

以反转录后的cDNA为模板,在扩增管家基因(18s RNA)的时候,刚开始用的是10μl反应体系,体系中用的是PCR Mix,电泳后有出现条带。但由于是新手的关系,忘记加空白对照跟Marker,加上电泳时间长了一点,所以无法确定P出来的条带是否为目的的管家基因。因此,后来又重新做了一次实验,这次用的是25μl反应体系,而且没有用PCR Mix,用的是HSTaq酶。就只是改变了反应体系,PCR反应条件一直没有改变,但是电泳后跑不出条带。

10μl反应体系:                                       25μl反应体系:                                             
PCR Mix    5                                          10X  Buffer         2.5
Pf             0.2                                        dNTPs               2
pr            0.2                                         pf                      0.2
cDNA       0.5                                        pr                     0.5
ddH2O    4.1                                        Taq                  0.125
                                                            cDNA               1
                                                            ddH2O              18.675
total       10 μl                                      total                   25μl

请问各位高手,是哪里出了问题。

PCR反应体系改变会导致电泳不出带吗
10μl反应体系电泳图.jpg
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HalaRoller

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by yelon315 at 2014-10-21 01:21:31
建议:克隆基因的时候不要用mix,用taq 或者高保真酶~~18s 片段不大用taq就好。。

请问为什么克隆基因的时候不要用MIX而要推荐用Taq或者高保真酶呢?我是新手小白,谢谢指点!
6楼2015-01-17 00:17:34
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+2, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-10-20 19:44:53
小朱大宝: 金币+3 2014-10-21 14:26:23
跟体系的扩大没关系。应该跟你用的试剂不同有关。你第一次用的mix,又没有加对照,无法确定是不是mix本身污染导致的条带。第二次用的HSTaq酶体系,没有阳性对照,不能排除试剂是否有问题,比如酶失活了。你这个图是第一次还是第二次?
2楼2014-10-20 16:42:02
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小朱大宝

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by peterrjp at 2014-10-20 16:42:02
跟体系的扩大没关系。应该跟你用的试剂不同有关。你第一次用的mix,又没有加对照,无法确定是不是mix本身污染导致的条带。第二次用的HSTaq酶体系,没有阳性对照,不能排除试剂是否有问题,比如酶失活了。你这个图是 ...

是第一次的10μl体系的图,用PCR Mix去扩增的。用HS Taq酶的体系,实验组与阴性对照组都没有条带,只有Marker跑出条带
3楼2014-10-20 17:21:04
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


小朱大宝: 金币+1, 有帮助 2014-10-21 14:25:52
引用回帖:
3楼: Originally posted by 小朱大宝 at 2014-10-20 17:21:04
是第一次的10μl体系的图,用PCR Mix去扩增的。用HS Taq酶的体系,实验组与阴性对照组都没有条带,只有Marker跑出条带...

PCR一次两次失败很正常的。用HS Taq酶重做一边,加上阳性对照试试吧,看看是不是酶的问题。pcr mix相对来说容易扩出污染条带,阴性对照是不可少的
4楼2014-10-20 19:27:51
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