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飘零的叶子

新虫 (小有名气)


[交流] PCR产物直接双酶切后电泳看不到条带

做完PCR后直接双酶切,然后跑电泳,但是看不到条带,这是什么原因啊?!是因为浓度不够?但是我PCR后跑电泳条带还是挺亮的
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
1949stone: MolEPI+1, 向你学习 2013-06-28 12:15:50
可能原因:
1.PCR的电泳的亮带可能是假阳性的非特异性扩增带,不放心就测序确认一下;
2.做酶切时的DNA浓度太低,所以需要用超滤离心浓缩一下看看;
3.PCR的电泳的亮带可能是特异性扩增带,但是从胶中回收目的DNA太少;
4.目的DNA酶切之间已经被降解;
5.酶切目的DNA的限制性内切酶失活,或受到抑制,换别的酶在尝试。
30楼2013-06-28 02:54:37
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XOooZzz

银虫 (小有名气)



飘零的叶子(金币+1): 谢谢参与
酶切前取少量pcr产物跑电泳了吗?酶切后点样时确实看着样液沉在胶孔里而不是飘出来了吗?无图无真相。
3楼2013-03-23 10:39:08
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飘零的叶子(金币+1): 谢谢参与
如果你PCR完后跑电泳很亮,直接双酶切怎么可能会没有条带?你该不会是点错了吧?双酶切后对条带大小也没有影响,repeat again
4楼2013-03-23 11:21:40
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zzzaazzzzz

新虫 (初入文坛)



飘零的叶子(金币+1): 谢谢参与
是一直都这样,还是就这次刚做出现的,重复一下,这样的结果是不对的
5楼2013-03-23 16:10:03
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飘零的叶子

新虫 (小有名气)


引用回帖:
4楼: Originally posted by 天使托 at 2013-03-23 11:21:40
如果你PCR完后跑电泳很亮,直接双酶切怎么可能会没有条带?你该不会是点错了吧?双酶切后对条带大小也没有影响,repeat again

不会点错啊,已经做了好几遍了,都是一样的结果啊
7楼2013-03-23 16:33:33
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飘零的叶子

新虫 (小有名气)


引用回帖:
5楼: Originally posted by zzzaazzzzz at 2013-03-23 16:10:03
是一直都这样,还是就这次刚做出现的,重复一下,这样的结果是不对的

做了好几次了,之前也一直是看不到条带,按着我目的条带的大小直接切胶回收再继续往下做,有做出过结果,但是最近做不出来了
8楼2013-03-23 16:34:35
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飘零的叶子

新虫 (小有名气)


引用回帖:
3楼: Originally posted by XOooZzz at 2013-03-23 10:39:08
酶切前取少量pcr产物跑电泳了吗?酶切后点样时确实看着样液沉在胶孔里而不是飘出来了吗?无图无真相。

酶切前没跑电泳了,点样也没问题,我想知道的是一般PCR产物直接酶切的话要多大的量比较合适啊
9楼2013-03-23 16:36:13
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引用回帖:
7楼: Originally posted by 飘零的叶子 at 2013-03-23 16:33:33
不会点错啊,已经做了好几遍了,都是一样的结果啊...

当然也有可能是你酶切体系的缘故,体系中有可能DNA量太少了,给稀释了;也有可能是降解了.....
10楼2013-03-23 17:04:25
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XOooZzz

银虫 (小有名气)


引用回帖:
9楼: Originally posted by 飘零的叶子 at 2013-03-23 16:36:13
酶切前没跑电泳了,点样也没问题,我想知道的是一般PCR产物直接酶切的话要多大的量比较合适啊...

把握比较大的时候可以不跑电泳。但一旦出问题你就找不到原因了。
所以实验还是做全套吧。PCR产物是回收后酶切还是直接在pcr反应液中酶切?回收后就几百到一千微克每20uL体系吧。
11楼2013-03-23 19:32:09
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飘零的叶子

新虫 (小有名气)


引用回帖:
10楼: Originally posted by 天使托 at 2013-03-23 17:04:25
当然也有可能是你酶切体系的缘故,体系中有可能DNA量太少了,给稀释了;也有可能是降解了........

之前做别的目的片段的时候酶切后可以看到条带的,但是我回收PCR产物时是同时做了4管的PCR,4管的PCR产物一起回收的
12楼2013-03-23 19:38:12
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飘零的叶子

新虫 (小有名气)


引用回帖:
11楼: Originally posted by XOooZzz at 2013-03-23 19:32:09
把握比较大的时候可以不跑电泳。但一旦出问题你就找不到原因了。
所以实验还是做全套吧。PCR产物是回收后酶切还是直接在pcr反应液中酶切?回收后就几百到一千微克每20uL体系吧。...

是PCR产物回收以后再做的酶切,而且是4管PCR产物一起回收的,这样的话DNA含量应该不会很低吧
13楼2013-03-23 19:39:37
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hesibonnie

新虫 (初入文坛)



飘零的叶子(金币+1): 谢谢参与
PCR产物不用回收,就可以直接酶切吗?
15楼2013-03-23 22:57:10
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好想懂

银虫 (小有名气)



飘零的叶子(金币+1): 谢谢参与
跑的时间是不是太久了,跑出去了
16楼2013-03-24 07:19:59
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飘零的叶子

新虫 (小有名气)


引用回帖:
16楼: Originally posted by 好想懂 at 2013-03-24 07:19:59
跑的时间是不是太久了,跑出去了

应该不会啊,Marker所有的条带都在胶上呢啊
17楼2013-03-24 08:47:58
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飘零的叶子

新虫 (小有名气)


引用回帖:
15楼: Originally posted by hesibonnie at 2013-03-23 22:57:10
PCR产物不用回收,就可以直接酶切吗?

回收了啊,回收以后再做酶切再回收然后连接
18楼2013-03-24 08:48:34
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XOooZzz

银虫 (小有名气)


引用回帖:
13楼: Originally posted by 飘零的叶子 at 2013-03-23 19:39:37
是PCR产物回收以后再做的酶切,而且是4管PCR产物一起回收的,这样的话DNA含量应该不会很低吧...

所以说,最可能就是PCR根本就没有得到产物,然后就是回收的时候弄丢了。lz赶紧补两个电泳检测呀!
20楼2013-03-24 13:59:29
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quxixing

金虫 (正式写手)



飘零的叶子(金币+1): 谢谢参与
有可能污染吗?或者搞个有图有真相!
21楼2013-03-24 14:28:15
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dhmdddd

木虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
楼主pcr以后是切胶回收的还是过柱回收的?如果是切胶回收的PCR产物亮度如何?如果是过柱回收的,做酶切之前最好跑胶确定下亮度等等,每一步都做好了,才能保证结果。好运
22楼2013-03-24 18:47:21
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飘零的叶子

新虫 (小有名气)


引用回帖:
20楼: Originally posted by XOooZzz at 2013-03-24 13:59:29
所以说,最可能就是PCR根本就没有得到产物,然后就是回收的时候弄丢了。lz赶紧补两个电泳检测呀!...

怎么检测啊?拿回收以后的PCR产物跑电泳吗?
23楼2013-03-24 18:48:16
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飘零的叶子

新虫 (小有名气)


引用回帖:
22楼: Originally posted by dhmdddd at 2013-03-24 18:47:21
楼主pcr以后是切胶回收的还是过柱回收的?如果是切胶回收的PCR产物亮度如何?如果是过柱回收的,做酶切之前最好跑胶确定下亮度等等,每一步都做好了,才能保证结果。好运

是切胶回收的,这是PCR产物电泳图,条带貌似不是特别亮而且还有非特异性条带

chuan.png

24楼2013-03-24 18:53:24
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XOooZzz

银虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
23楼: Originally posted by 飘零的叶子 at 2013-03-24 18:48:16
怎么检测啊?拿回收以后的PCR产物跑电泳吗?...

PCR完毕,取2uL电泳,其余加入等体积0.5M氯化钠后氯仿异戊醇抽提蛋白,乙醇沉淀回收DNA。回收后,取2uL电泳,其余酶切。
25楼2013-03-24 23:43:00
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shucanwei

木虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
DNA加多点,加到1ug,用浓点的胶跑
26楼2013-03-25 00:47:11
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dhmdddd

木虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
24楼: Originally posted by 飘零的叶子 at 2013-03-24 18:53:24
是切胶回收的,这是PCR产物电泳图,条带貌似不是特别亮而且还有非特异性条带

chuan.png
...

是不是引物的特异性不够好?目的条带还好吧,应该可以回收到.你切胶回收的PCR产物酶切前重新跑胶验证,看条带是否单一,也看下亮度如何.
27楼2013-03-25 20:04:18
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haitian0625

金虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
可以PCR产物电泳回收;若是没非特异,也可沉淀PCR产物再去酶切。
28楼2013-03-25 21:54:54
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oliver501

新虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by 天使托 at 2013-03-23 17:04:25
当然也有可能是你酶切体系的缘故,体系中有可能DNA量太少了,给稀释了;也有可能是降解了........

那至少原条带应该会出现吧
29楼2013-06-27 22:06:29
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fyz72322楼
2013-03-23 09:53   回复  
飘零的叶子(金币+1): 谢谢参与
haixiawu6楼
2013-03-23 16:16   回复  
飘零的叶子(金币+1): 谢谢参与
licong952714楼
2013-03-23 19:43   回复  
飘零的叶子(金币+1): 谢谢参与
2013-03-24 09:53   回复  
飘零的叶子(金币+1): 谢谢参与
ytflark31楼
2020-08-27 18:07   回复  
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