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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » BSP 引物问题
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bancage

银虫 (小有名气)

[求助] BSP 引物问题 已有1人参与

最近在做MeDIP-Seq的验证实验，挑了些DMR做BSP(即亚硫酸氢盐测序PCR)。已经用MethPrimer设计好了引物。可是目前个人觉得有点问题，就是我们是用MethPrimer设计的引物来扩亚硫酸氢盐转换过的DMR。但是如果没有扩出来条带，是因为亚硫酸氢盐转换没成功 or 成功了 但DNA损失太多才扩不出来呢，还是因为引物没有设计好呢？是不是需要加类似阳性对照模板？可是用什么呢，没有转换过的原始DNA怕是扩不出来的吧，引物是针对转换过的序列设计的呢。
PS: 我的DMR都是500bp的（虽然有差异的可能只是其中一部分，但是MeDIP-Seq生物信息分析时设置的window大小即为500bp），那么MethPrimer设计引物时，需要引物的产物必须完全包括这500bp吗？还是能够包括差异甲基化区域即可？主要怕到时候文章里不好解释。
先谢过各位啦！
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1楼 2014-02-18 16:24:17
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bancage

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ADTechnology at 2014-02-20 14:54:21
您做的是什么标本的MeDIP-Seq呢?市场上有相应的阳性对照的。人的甲基化的非甲基化的；大鼠甲基化的和非甲基化的；小鼠甲基化的和非甲基化的。具体请参考：http://www.aderr.com/cn/main.php?m=1349&t=3606& ...

哦 我做的是猪的呀
昨天用MethPrimer设计的引物跑了PCR  7对引物  各 10个个体 共70个产物 电泳检测只有一个产物有条带  还不是目的条带(目的条带是400bp，出来的条带在1000bp) ， 其他均无条带，  最多只有些引物二聚体。
因为没有阳性对照 所以现在也不知道是因为前面转换后DNA没有成功 (或转换后的DNA量太少才扩不出来)或是用MethPrimer设计的引物不好。我用的国产(康为世纪的)bisulfite 转换试剂盒，不知道这有没有影响。
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3楼2014-02-22 12:08:15
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ADTechnology

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感谢参与，应助指数 +1
您做的是什么标本的MeDIP-Seq呢?市场上有相应的阳性对照的。人的甲基化的非甲基化的；大鼠甲基化的和非甲基化的；小鼠甲基化的和非甲基化的。具体请参考：http://www.aderr.com/cn/main.php ... 06&id=24165  
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2楼2014-02-20 14:54:21
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不建议您使用国产的康为世纪的bisulfite 转换试剂盒，我们的产品产品转化效率，比较好！具体请参考：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=5965720&view=mp  如还有什么问题可以加我的Q1951545998  您是在北京做实验，还是说在外地呢？
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4楼2014-02-24 16:23:15
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