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tianxing1230

金虫 (小有名气)

[求助] 妹子急求: 甲基化特异性PCR引物设计 已有1人参与

我要设计引物,现提供的信息如下:
1. 生物物种:c57bl/6 小鼠
2.实验目的:APP、BACE1 和PS1 作为靶基因,检测其启动子区甲基化状态
3. 实验方法:MSPCR(甲基化特异性PCR)
4.物种基因的序列或者序列号: 在NCBI GENEBANK数据库查询得到,但因为我没有分子生物学基础,我不知道具体的启动子区等信息,请帮帮我,查阅下这几个基因的启动子区,并列出,以便后续设计AD相关基因APP、PS1、BACE1 的甲基化和非甲基化引物, 如您的朋友在引物设计方面很经验,能不能帮我看下,谢谢!期待您回复!
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David勇

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-10-23 16:19:34
http://www.urogene.org/methprimer/
把你要设计引物的甲基化岛序列不经过转换复制进去,自动会帮你设计的。
2楼2013-10-23 16:17:39
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kehan777

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by David勇 at 2013-10-23 16:17:39
http://www.urogene.org/methprimer/
把你要设计引物的甲基化岛序列不经过转换复制进去,自动会帮你设计的。

请问甲基化岛序列,从哪里得来?
3楼2013-10-23 20:24:27
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David勇

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by kehan777 at 2013-10-23 20:24:27
请问甲基化岛序列,从哪里得来?...

参考文献,或者将DNA序列输入在我给你的这个网站,自动会出来甲基化岛,还可以帮你设计引物。
4楼2013-10-23 20:48:09
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tianxing1230

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by kehan777 at 2013-10-23 20:24:27
请问甲基化岛序列,从哪里得来?...

大侠,启动子区怎么找?我想是不是找到启动子序列,吧序列放在在线软件,就有引物,是吗?请多赐教,谢谢了
5楼2013-10-27 09:46:27
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dorisdou

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

http://www.dxy.cn/bbs/topic/9550398?ppg=1
丁香园一篇文章,你看一下,不过是07年的。
6楼2014-09-04 10:46:16
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dorisdou

木虫 (小有名气)

再去预测CpG岛
7楼2014-09-04 10:46:44
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15836073150

金虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by dorisdou at 2014-09-04 10:46:16
http://www.dxy.cn/bbs/topic/9550398?ppg=1
丁香园一篇文章,你看一下,不过是07年的。

上面没有小麦的选项,怎么找小麦的某个基因的启动子啊。
8楼2015-11-05 17:42:48
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