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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » PCR最短引物多长？－－我要的引物越短越好
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cell88

新虫 (初入文坛)

[求助] PCR最短引物多长？－－我要的引物越短越好

PCR最短引物多长？
我要设计的引物越短越好！我要的是极限（不考虑特异性）。
（我在网上查到最短的10bp，还能再短吗？4 bp行吗）

[ Last edited by cell88 on 2013-1-17 at 11:53 ]
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1楼 2013-01-17 11:51:22
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
4bp的特异性会很差吧，随机出现的概率是1/256。
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2楼2013-01-17 12:36:24
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lma223

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
6bp可以一试，random hexamer 经常被用到。再短没试过。
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知行合一，致良知！
3楼2013-01-17 12:58:02
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mlanqiang

木虫之王 (文学泰斗)

蓝博士

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
应该是可以一试，成绩的几率还是挺好高的。
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蓝精灵
4楼2013-01-17 14:06:01
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cell88

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lma223 at 2013-01-17 12:58:02
6bp可以一试，random hexamer 经常被用到。再短没试过。

这个我看常用于RT-PCR，也适用于PCR吗？
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5楼2013-01-17 14:58:33
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cdl007

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
什么实验要4bp的引物？你可以在引物5‘端加长，加入酶切位点，p完以后酶切一下不就得到你要的长度了？
4bp能P出来只能说你脸洗的比较干净
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6楼2013-01-17 15:31:22
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zhang881007

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
cell88: 金币+10, ★有帮助 2013-01-18 13:47:46
PCR最短引物多长？
我要设计的引物越短越好！我要的是极限（不考虑特异性）。
（我在网上查到最短的10bp，还能再短吗？4 bp行吗）

原则上一个就行，只要有5‘端！但是那样做PCR就没有意义，因为PCR需要特异性，引物越短，非特异性增强，PCR结果越不可预期。以前用6bp 随机引物进行染色体组测序，定基因谱。所以还是根据你的需要来吧
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shine
7楼2013-01-17 16:01:52
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cell88

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by zhang881007 at 2013-01-17 16:01:52
PCR最短引物多长？
我要设计的引物越短越好！我要的是极限（不考虑特异性）。
（我在网上查到最短的10bp，还能再短吗？4 bp行吗）

原则上一个就行，只要有5‘端！但是那样做PCR就没有意义，因为PCR需要特异性， ...

我想要的就是3'－端一个碱基具有特异性，我要P的就是含有这个碱基的DNA片段。所以引物越短效果可能会越好。
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8楼2013-01-18 13:57:19
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xin641685388

铁虫 (初入文坛)
请问您设计出来了吗？我最近也要设计短引物，也是不要求特意异性很好，只要里面有目的片段就可以。您最后设设计的引物有多长啊？很短的话退火温度特别低您是怎么解决的？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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9楼2013-12-31 23:13:59
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xin641685388

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by zhang881007 at 2013-01-17 16:01:52
PCR最短引物多长？
我要设计的引物越短越好！我要的是极限（不考虑特异性）。
（我在网上查到最短的10bp，还能再短吗？4 bp行吗）

原则上一个就行，只要有5‘端！但是那样做PCR就没有意义，因为PCR需要特异性， ...

请问6bp的随机引物怎么设计的？需要什么软件吗？对于一个基因组来说最后扩增结果里的片段基因覆盖率怎么样呢？我是想同时扩一个基因组里五个不同基因的片段，用随机引物可以吗？太感谢了，期待您的回复

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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10楼2013-12-31 23:18:36
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