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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 等位基因特异性PCR的引物该如何用PRIMER 5.0设计
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yjz907682

新虫 (初入文坛)

[求助] 等位基因特异性PCR的引物该如何用PRIMER 5.0设计

本人想用AS-PCR来检测基因的SNP位点，每个位点应该设计3条引物，两条3'一个碱基不同的引物和一条通用引物，该如何用PRIMER来设计呢或者还是用其他软件来设计呢？ 请赐教

[ Last edited by silicare on 2014-2-19 at 12:38 ]
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生命不息奋斗不止
1楼 2012-12-30 01:03:15
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匿名

用户注销 (正式写手)
★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+2, 鼓励发帖交流问题。 2012-12-30 18:55:33
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2楼2012-12-30 18:05:18
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yjz907682

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 大-木-虫 at 2012-12-30 18:05:18
我最近也遇到问题了，做的是不同染色体组上的。原理就是利用碱基错配，但是结果不稳定。咱可以交流一下。

我要要做不同染色体上的SNP位点呢，具体你的引物是如何设计的呢？？
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生命不息奋斗不止
3楼2012-12-30 21:22:21
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匿名

用户注销 (正式写手)
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4楼2012-12-31 15:10:28
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冰点可乐

新虫 (小有名气)
这个问题解决了吗？我现在也要设计SNP引物，跑不出差异
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5楼2013-04-19 12:46:02
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摩羯的心

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 冰点可乐 at 2013-04-19 12:46:02
这个问题解决了吗？我现在也要设计SNP引物，跑不出差异

请问你的问题是怎么解决的？我每个SNP位点设计三条引物，但也是区分不出来呢  请问你是怎么解决的？
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6楼2014-02-19 10:55:47
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SRNAWORLD

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 大-木-虫 at 2012-12-31 15:10:28
引物稍微短点20bp左右，把最末端设置在SNP上，认为加上一个错配碱基。再就是体系优化了。

想请教一下人为引入错配碱基是如何确定的
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7楼2014-08-13 22:13:28
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匿名

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8楼2014-08-14 15:59:32
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SRNAWORLD

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 大-木-虫 at 2014-08-14 15:59:32
有文章介绍这个引入原则，但是我感觉就是引入同种类型的就行了 比如A，本来是T，但是你就用A就行了...

还有一个问题，就是如何确定3‘-末端是强错配，中等错配还是弱错配，因为只有这个确定之后，才能人为的引入错配碱基啊
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9楼2014-08-14 22:41:49
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五月的风子

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by SRNAWORLD at 2014-08-14 22:41:49
还有一个问题，就是如何确定3‘-末端是强错配，中等错配还是弱错配，因为只有这个确定之后，才能人为的引入错配碱基啊...

你好，我最近也在纠结这个问题。请问你弄明白强错配、弱错配的关系了吗？求指教
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一心一意 是世上最温柔的力量
10楼2015-04-05 19:57:02
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