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BSP 引物问题已有1人参与
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最近在做MeDIP-Seq的验证实验，挑了些DMR做BSP(即亚硫酸氢盐测序PCR)。已经用MethPrimer设计好了引物。可是目前个人觉得有点问题，就是我们是用MethPrimer设计的引物来扩亚硫酸氢盐转换过的DMR。但是如果没有扩出来条带，是因为亚硫酸氢盐转换没成功 or 成功了 但DNA损失太多才扩不出来呢，还是因为引物没有设计好呢？是不是需要加类似阳性对照模板？可是用什么呢，没有转换过的原始DNA怕是扩不出来的吧，引物是针对转换过的序列设计的呢。 PS: 我的DMR都是500bp的（虽然有差异的可能只是其中一部分，但是MeDIP-Seq生物信息分析时设置的window大小即为500bp），那么MethPrimer设计引物时，需要引物的产物必须完全包括这500bp吗？还是能够包括差异甲基化区域即可？主要怕到时候文章里不好解释。 先谢过各位啦！ |
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您做的是什么标本的MeDIP-Seq呢?市场上有相应的阳性对照的。人的甲基化的非甲基化的；大鼠甲基化的和非甲基化的；小鼠甲基化的和非甲基化的。具体请参考：http://www.aderr.com/cn/main.php ... 06&id=24165  |
2楼2014-02-20 14:54:21
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4楼2014-02-24 16:23:15