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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求助荧光定量PCR引物设计
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菜菜0929

木虫 (小有名气)

[求助] 求助荧光定量PCR引物设计 已有5人参与

如题，我们课题组转录组测序得到了一些基因的序列，想在选出一些基因，想做荧光定量PCR，要怎么设计引物呢？是拿得到的序列直接设计？还是把序列比对到NCBI找相似的序列设计呢？
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你所浪费的今天是昨天死去的人所奢望的明天，你所厌恶的现在是你回不去的曾经，活在当下
1楼 2014-01-03 09:13:42
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

Jianxiao_H

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流经验！ 2014-01-05 15:45:50
反正我们组是，上ncbi blast找出gene of interest，然后根据同源序列设计引物，然后上荧光定量
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多少辛酸不可告人。
10楼2014-01-03 15:50:35
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普通回帖

lf6220

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-01-05 15:45:58
直接根据序列设计引物

[ 发自小木虫客户端 ]
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2楼2014-01-03 09:15:42
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love_st

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
菜菜0929: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-01-04 18:45:47
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-01-05 15:46:06
可以将序列NCBI BLAST比对，找出序列特异位点设计引物探针，保证PCR的特异性
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3楼2014-01-03 10:06:43
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菜菜0929

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lf6220 at 2014-01-03 09:15:42
直接根据序列设计引物

你是这样做的吗？我关键考虑到测序的出来毕竟是拼接出来的吗，这样直接设计可以吗？
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你所浪费的今天是昨天死去的人所奢望的明天，你所厌恶的现在是你回不去的曾经，活在当下
4楼2014-01-03 10:33:27
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菜菜0929

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by love_st at 2014-01-03 10:06:43
可以将序列NCBI BLAST比对，找出序列特异位点设计引物探针，保证PCR的特异性

可是有些基因只有300多bp，能比对的上吗
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你所浪费的今天是昨天死去的人所奢望的明天，你所厌恶的现在是你回不去的曾经，活在当下
5楼2014-01-03 10:34:39
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love_st

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 菜菜0929 at 2014-01-03 10:34:39
可是有些基因只有300多bp，能比对的上吗...

比对的是你的目的片段，PCR产物只要200以内深圳50bp都没有问题，当然够了
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6楼2014-01-03 10:38:34
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菜菜0929

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by love_st at 2014-01-03 10:38:34
比对的是你的目的片段，PCR产物只要200以内深圳50bp都没有问题，当然够了...

我说的就是我的测序出来的一个基因有的才300bp，比对到NCBI能比对上的一致的也许就只有几十bp了，这样也行嘛？
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你所浪费的今天是昨天死去的人所奢望的明天，你所厌恶的现在是你回不去的曾经，活在当下
7楼2014-01-03 10:43:56
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大海一孤舟

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
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gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-01-05 15:46:19
你应该先大概弄清楚你要定量的是什么基因，从你的说法来看，你现在根据你的测序结果能获得的基因是NCBI中检索不到的；那么有可能是你们新发现的基因，应该相信测序结果，依据测序结果，设计引物。
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8楼2014-01-03 15:22:07
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菜菜0929

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 大海一孤舟 at 2014-01-03 15:22:07
你应该先大概弄清楚你要定量的是什么基因，从你的说法来看，你现在根据你的测序结果能获得的基因是NCBI中检索不到的；那么有可能是你们新发现的基因，应该相信测序结果，依据测序结果，设计引物。

好的，谢谢
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你所浪费的今天是昨天死去的人所奢望的明天，你所厌恶的现在是你回不去的曾经，活在当下
9楼2014-01-03 15:35:24
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